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2007 年度 実績報告書

ロドプシン群の共通構造モチーフの解析

研究課題

研究課題/領域番号 19370065
研究機関名古屋大学

研究代表者

神山 勉  名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (30170210)

研究分担者 村上 緑  名古屋大学, 大学院・理学研究科, 助教 (20324387)
井原 邦夫  名古屋大学, 遺伝子実験施設, 助教 (90223297)
キーワードバクテリオロドプシン / アーキロドプシン / イカロドプシン / X線結晶構造解析 / イオンポンプ / Gタンパク質共役レセプター / ハロロドプシン / レチナールタンパク質
研究概要

(1)古細菌由来の光駆動プロトン輸送体であるバクテリオロドプシンの3次元結晶を用いてタンパク質内空隙への希ガスの封入の様子を明らかにした。また、希ガスの結合がプロトン輸送サイクルの反応に及ぼす影響を定量的に測定し、その結果を基に「レチナールの光異性化→水分子の再配置→プロトン移動→情報伝達」という反応スキームについて考察した。
(2)バクテリオロドプシンの3次元結晶内における光反応を調べ、反応中間体の一つであるM中間体の寿命が結晶格子力により顕著に長くなることを見出した。結晶析出剤の濃度を下げることで結晶格子力の影響が低減することを示し、この結果を構造情報とも併せて考察し、タンパク質表面から突き出たループの動きが抑えられるとM中間体からN中間体への遷移が遅くなることを明らかにした。
(3)アーキロドプシン(別種の古細菌で見つかった光駆動プロトン輸送体)の3次元結晶(空間群:P6_3)がアルカリpHでも安定に保たれることを利用して、アルカリpHで長寿命となるN中間体を捕捉し、その構造に関する情報を得た。
(4)ハロロドプシン(=光駆動塩素イオン輸送体)を大量に発現する高度好塩菌の変異体から目的のタンパク質を選択的に抽出する方法を開発するとともに、膜融合法を利用した結晶化に取り組み、微結晶ではあるが3次元結晶を得るのに成功した。
(5)視物質イカロドプシンの結晶構造解析を2.5Aの分解能で決定した。得られた構造情報を基にイカロドプシンの活性化機構について論じた。

  • 研究成果

    (33件)

すべて 2008 2007

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (27件) 図書 (1件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Structural Role of Bacterioruberin in the Trimeric Structure of Archaerhodopsin-22008

    • 著者名/発表者名
      K. Yoshimura and T. Kouyama
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol. 375

      ページ: 1267-1281

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and crystal properties of squid rhodopsin2007

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami, R. Kitahara, T. Gotoh and T. Kouyama
    • 雑誌名

      Acta Cryst. F63

      ページ: 475-279

    • 査読あり
  • [雑誌論文] バクテリオロドプシンのプロトン輸送機構:蛋白質中のプロトンと水分子の動き2007

    • 著者名/発表者名
      前田章夫、神山勉
    • 雑誌名

      蛋白質・核酸・酵素 52

      ページ: 1314-1321

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Halide binding by the D212N mutant of Bacteriorhodopsin affects hydrogen bonding of water in the active site.2007

    • 著者名/発表者名
      Shibata M, Yoshitsugu M, Mizaide N, Ihara K, Kandori H.
    • 雑誌名

      Biochemistry 46

      ページ: 7525-7535

    • 査読あり
  • [学会発表] Crystal Structure of Squid Rhodopsin2008

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami
    • 学会等名
      Gordon Research Conference on "LIGAND RECO GNITION & MOLECULAR GATING"
    • 発表場所
      Ventura, CA, USA
    • 年月日
      2008-03-06
  • [学会発表] Crystal Structure of Squid Rhodopsin at 2.5A resolution2008

    • 著者名/発表者名
      T. Kouyama and M. Murakami
    • 学会等名
      GPCR symposium - Frontier on Integral Membrane Proteins in Crystal Structure Determination-
    • 発表場所
      Hyogo
    • 年月日
      2008-02-26
  • [学会発表] Crystallographic studies of squid rhodopsin and archaeal rhodopsins2008

    • 著者名/発表者名
      T. Kouyama
    • 学会等名
      Gordon Research Conference on "PHOTOSENSORY RECEPTORS & SIGNAL TRANSDUCTION"
    • 発表場所
      Ventura, CA, USA
    • 年月日
      2008-01-29
  • [学会発表] クライオ原子間力顕微鏡による凍結割断試料の液浸観察2007

    • 著者名/発表者名
      山川奈津子、真塩海里、山本昌孝、五藤俊明、神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-23
  • [学会発表] バクテリオロドプシンを発現した大腸菌の光生理反応2007

    • 著者名/発表者名
      井原 邦夫
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-23
  • [学会発表] スルメイカロドプシンのX線結晶構造解析2007

    • 著者名/発表者名
      村上緑、神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-22
  • [学会発表] アーキロドプシン-2の3量体におけるバクテリオルベリンの役割2007

    • 著者名/発表者名
      吉村恵子、神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-21
  • [学会発表] バクテリオロドプシンの疎水キャビティに結合する希ガスとその効果2007

    • 著者名/発表者名
      早川直紀、村上緑、神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-21
  • [学会発表] バクテリオロドプシン3次元結晶のM 中間体寿命に及ぼす格子力の影響2007

    • 著者名/発表者名
      山本昌孝、早川直紀、村上緑、神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-21
  • [学会発表] バクテリオロドプシンミュータントL93Aの結晶構造解析2007

    • 著者名/発表者名
      樋掛雅則、山本昌孝、早川直紀、井原邦夫、神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-21
  • [学会発表] 高度好塩性アルカリ古細菌Natronomonas pharaonisにおけるハロロドプシンの解析2007

    • 著者名/発表者名
      成澤明洋、丸山恵太、竹口優、井原邦夫、神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-21
  • [学会発表] アーキロドプシンー2のM中間体のX線構造解析2007

    • 著者名/発表者名
      藤井隆道、吉村恵子、村上緑、神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-21
  • [学会発表] イカロドプシンの結晶構造2007

    • 著者名/発表者名
      村上緑、神山勉
    • 学会等名
      日本結晶学会2007年度年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-12-02
  • [学会発表] バクテリオロドプシンの光反応サイクルに及ぼすXeガスの影響2007

    • 著者名/発表者名
      早川直紀、笠原隆史、長谷川大祐、村上緑、神山勉
    • 学会等名
      日本結晶学会2007年度年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-12-02
  • [学会発表] バクテリオロドプシンの光誘起構造変化に及ぼす結晶格子力の影響2007

    • 著者名/発表者名
      山本昌孝、早川直紀、村上緑、神山勉
    • 学会等名
      日本結晶学会2007年度年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-12-02
  • [学会発表] アーキロドプシン-2の3量体構造におけるバクテリオルベリンの特異的結合2007

    • 著者名/発表者名
      吉村恵子、神山勉
    • 学会等名
      日本結晶学会2007年度年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-12-02
  • [学会発表] Binding of xenon to a hydrophobic cavity in the cytoplasmic half of bacteriorhodopsin & its effect to the absorption kinetics2007

    • 著者名/発表者名
      N. Hayakawa, M. Murakami, T. Kasahara, D. Hasegawa, T. Kouyama
    • 学会等名
      Nagoya International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems
    • 発表場所
      Nagoya
    • 年月日
      2007-11-30
  • [学会発表] X-ray crystallographic studies of the reaction intermediates of archaealproton pumps2007

    • 著者名/発表者名
      T. Kouyama
    • 学会等名
      Nagoya International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems
    • 発表場所
      Nagoya
    • 年月日
      2007-11-30
  • [学会発表] Trimeric Structure of Archaerhodopsin-2 at 2.1 Å Resolution2007

    • 著者名/発表者名
      K. Yoshimura and T. Kouyama
    • 学会等名
      Nagoya International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems
    • 発表場所
      Nagoya
    • 年月日
      2007-11-30
  • [学会発表] Decay kinetics of the M intermediate of bR in 3D crystals: Influence of the crystal lattice force2007

    • 著者名/発表者名
      M. Yamamoto, N. Hayakawa, M. Murakami and T. Kouyama
    • 学会等名
      Nagoya International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems
    • 発表場所
      Nagoya
    • 年月日
      2007-11-30
  • [学会発表] Binding of Noble Gases to a Hydrophobic Cavity in the Cytoplasmic Half of Bacteriorhodopsin2007

    • 著者名/発表者名
      N. Hayakawa, M. Murakami, T. Kasahara, D. Hasegawa and T. Kouyama
    • 学会等名
      2nd International Symposium on Diffraction Structural Biology 2007
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-11-10
  • [学会発表] X-ray crystallographic study of squid rhodopsin2007

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami and T. Kouyama
    • 学会等名
      2nd International Symposium on Diffraction Structural Biology 2007
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-11-10
  • [学会発表] Decay kinetics of the M intermediate of bR in 3D crystals: Influence of the crystal lattice force2007

    • 著者名/発表者名
      M. Yamamoto, N. Hayakawa, M. Murakami and T. Kouyama
    • 学会等名
      2nd International Symposium on Diffraction Structural Biology 2007
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-11-10
  • [学会発表] Crystal Structure of Squid Rhodopsin2007

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami and T. Kouyama
    • 学会等名
      International Symposium on RETINAL PROTEINS: EXPERIMENTS AND THEORY
    • 発表場所
      Bremen, Germany
    • 年月日
      2007-09-24
  • [学会発表] Structures and Dynamics of Archaeal Light-Driven Proton Pumps in 3D Crystals: Effect of Crystal Packing, Lattice Force and Xenon Binding2007

    • 著者名/発表者名
      T. Kouyama
    • 学会等名
      International Symposium on RETINAL PROTEINS: EXPERIMENTS AND THEORY
    • 発表場所
      Bremen, Germany
    • 年月日
      2007-09-24
  • [学会発表] Trimeric Structure of Archaerhodopsin-2 at 2.1 Å Resolution2007

    • 著者名/発表者名
      K. Yoshimura and T. Kouyama
    • 学会等名
      International Symposium on RETINAL PROTEINS: EXPERIMENTS AND THEORY
    • 発表場所
      Bremen, Germany
    • 年月日
      2007-09-24
  • [学会発表] Importance of bacterioruberin for maintaining the trimer in archaerhodopsin-22007

    • 著者名/発表者名
      K. Yoshimura and T. Kouyama
    • 学会等名
      2nd International Symposium on Diffraction Structural Biology 2007
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-09-10
  • [図書] 生物物理学ハンドブック2007

    • 著者名/発表者名
      神山 勉
    • 総ページ数
      700
    • 出版者
      朝倉書店
  • [産業財産権] 特許権2008

    • 発明者名
      神山勉、村上緑
    • 権利者名
      神山勉、村上緑
    • 産業財産権番号
      特許権,特願2008-58864
    • 出願年月日
      2008-03-09

URL: 

公開日: 2010-02-04   更新日: 2016-04-21  

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