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2008 年度 実績報告書

ロドプシン群の共通構造モチーフの解析

研究課題

研究課題/領域番号 19370065
研究機関名古屋大学

研究代表者

神山 勉  名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (30170210)

研究分担者 村上 緑  名古屋大学, 大学院・理学研究科, 助教 (20324387)
井原 邦夫  名古屋大学, 遺伝子実験施設, 助教 (90223297)
キーワードバクテリオロドプシン / アーキロドプシン / イカロドプシン / X線結晶構造解析 / イオンポンプ / Gタンパク質共役レセプター / ハロロドプシン / レチナールタンパク質
研究概要

(1)古細菌由来の光駆動プロトン輸送体であるバクテリオロドプシンの3次元結晶を用いてタンパク質内空隙への希ガスの封入の様子を明らかにした。また、希ガスの結合がプロトン輸送サイクルの反応に及ぼす影響を定量的に測定し、その結果を基に「レチナールの光異性化→水分子の再配置→プロトン移動→情報伝達」という反応スキームについて考察した。
(2)バクテリオロドプシンの3次元結晶内における光反応を調べ、反応中間体の一つであるM中間体の寿命が結晶格子力により顕著に長くなることを見出した。結晶析出剤の濃度を下げることで結晶格子力の影響が低減することを示し、この結果を構造情報とも併せて考察し、タンパク質表面から突き出たループの動きが抑えられるとM中間体からN中間体への遷移が遅くなることを明らかにした。この性質を利用して、M中間体の構造のpH依存性を調べ、プロトン放出グループについての論じた。
(3)アーキロドプシン(別種の古細菌で見つかった光駆動プロトン輸送体)の3次元結晶(空間群P6_3)がアルカリpHでも安定に保たれることを利用して、アルカリpHで長寿命となるN中間体を捕捉し、その構造に関する情報を得た。
(4)ハロロドプシン(=光駆動塩素イオン輸送体)を大量に発現する高度好塩菌の変異体から目的のタンパク質を選択的に抽出する方法を開発するとともに、膜融合法を利用して3次元結晶を得、2.5Aの分解能で構造を求めた。
(5)視物質イカロドプシンの結晶構造解析を2.5Aの分解能で決定した。得られた構造情報を基にイカロドプシンの活性化機構について論じた。

  • 研究成果

    (19件)

すべて 2009 2008

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件) 学会発表 (12件)

  • [雑誌論文] Functionally important structural elements of the cyanobacterial clock-related protein Pex2009

    • 著者名/発表者名
      S. Kurosawa, R. Murakami, K. Onai, M. Morishita, D. Hasegawa, R. Iwase, T. Uzumaki, F. Hayashi, T. Kitaima-Ihara, S. Sakata, M. Murakami, T. Kouyama, M. Ishiura
    • 雑誌名

      Genes Cells 14

      ページ: 1-16

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 視物質および古細菌型ロドプシンの結晶化2009

    • 著者名/発表者名
      神山勉
    • 雑誌名

      日本結晶学会誌 51

      ページ: 107-111

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 新しい光受容体の作動機構2009

    • 著者名/発表者名
      神山勉
    • 雑誌名

      パリティ 24

      ページ: 68-70

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effect of xenon binding to a hydrophobic cavity on the proton pumping cycle in bacteriorhodopsin2008

    • 著者名/発表者名
      N. Hayakawa, T. Kasahara, D. Hasegawa, K. Yoshimura, M. Murakami, T. Kouyama
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol. 384

      ページ: 812-823

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of squid rhodopsin2008

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami, T. Kouyama
    • 雑誌名

      Nature 453

      ページ: 363-367

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural role of bacterioruberin in the trimeric structure of archaerhodopsin-22008

    • 著者名/発表者名
      K. Yoshimura, T. Kouyama
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol. 375

      ページ: 1267-1281

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A halorhodopsin-overproducing mutant isolated from an extremely haloalkaliphilic archaeon Natronomonas pharaonis2008

    • 著者名/発表者名
      K. Ihara, A. Narusawa, K. Maruyama, M. Takeguchi, T. Kouyama
    • 雑誌名

      FEBS Lett. 582

      ページ: 2931-2936

    • 査読あり
  • [学会発表] イカロドプシン光反応初期中間体の構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      村上緑, 神山勉
    • 学会等名
      第4回日本生物物理学会中部支部討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-03-31
  • [学会発表] イカロドプシン光異性化反応の構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      村上緑
    • 学会等名
      シンポジウム : 名大の生物物理の生誕50周年
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-03-26
  • [学会発表] 好アルカリ性好塩菌由来Natronomonas pharaonisのハロロドプシンの結晶化2008

    • 著者名/発表者名
      竹口優、成澤明洋、井原邦夫、神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      20081203-05
  • [学会発表] 古細菌型ロドプシンと無脊椎動物のロドプシンの構造比較2008

    • 著者名/発表者名
      神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      20081203-05
  • [学会発表] バクテリオロドプシンのアルカリpHでの光誘起構造変化2008

    • 著者名/発表者名
      山本昌孝、村上緑、神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      20081203-05
  • [学会発表] イカロドプシンのX線結晶構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      村上緑、神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      20081203-05
  • [学会発表] Crystal structures of archaeal and invertebrate rhodopsins2008

    • 著者名/発表者名
      T. Kouyama
    • 学会等名
      Molecular Pharmacology of G Protein-Coupled Receptors 2008
    • 発表場所
      Sydney, Australia
    • 年月日
      2008-11-15
  • [学会発表] X-ray structure of squid rhodopsin2008

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami
    • 学会等名
      International symposium on membrane proteins and high resolution X-ray structural analysis
    • 発表場所
      Hyogo, Japan
    • 年月日
      2008-09-01
  • [学会発表] Crystallization of visual pigments and archaeal rhodopsins2008

    • 著者名/発表者名
      T. Kouyama, M. Murakami, K. Yoshimura, M. Yamamoto
    • 学会等名
      XXI Congress and General Assembly of the Interaational Union of Crystallography
    • 発表場所
      Osaka, Japan
    • 年月日
      2008-08-29
  • [学会発表] Dimeric structure of squid rhodopsin2008

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami, T. Kouyama
    • 学会等名
      13th International conference of retinal proteins
    • 発表場所
      Barcelona, Spain
    • 年月日
      2008-06-18
  • [学会発表] Protein-lipid interactions in 3D crystals of squid rhodopsin and archaeal rhodopsins2008

    • 著者名/発表者名
      T. Kouyama, M. Murakami, K. Yoshimura
    • 学会等名
      13th International conference of retinal proteins
    • 発表場所
      Barcelona, Spain
    • 年月日
      2008-06-16
  • [学会発表] 無脊椎動物のロドプシンおよび古細菌型ロドプシンの構造2008

    • 著者名/発表者名
      神山勉
    • 学会等名
      第5回GPCR研究会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-05-09

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2012-09-26  

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