| 研究課題/領域番号 |
19390052
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| 研究機関 | 九州大学 |
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研究代表者 |
柴田 洋三郎 九州大学, 大学院・医学研究院, 教授 (90037482)
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| 研究分担者 |
稲井 哲一朗 九州大学, 大学院・医学研究院, 准教授 (00264044)
廣瀬 英司 九州大学, 大学院・医学研究院, 助教 (40380620)
飯田 弘 九州大学, 大学院・農学研究院, 教授 (70150399)
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| キーワード | 解剖学 / 細胞・組織 / 遺伝子 / 蛋白質 |
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| 研究概要 |
ゼブラフィッシュ(D.rerio)のパネキシン相同遺伝子群、Z-Panx1/2/3を分離するため、哺乳類のPanx群をもとに相同配列をデータベース(NCBI)よりblast検索、収集した。これら候補配列をもとにprimer配列を設計し、胚由来のmRNAを抽出し、cDNAを逆転写合成してPanx群のcDNA増幅(RT-PCR)を行った。その後本実験開始以前に上記データベースに登録されていた配列が実験開始後に誤情報として抹消、ないし置換される不測の事態が生じた。(Entrez Gene-centered Informationで4配列中3配列)これに伴いPrimer配列を修正して実験を継続した結果、Panx1/3については翻訳領域全域が、またPanx2についてはsmart-RACE法によりpoly-A配列を含む3'側と5'側の非翻訳領域も分離でき、cDNAの完全長配列を同定することに成功した。
得られたZ-Panx2のアミノ酸配列は最も信頼性の高かった登録配列(XM681316)よりもC端側が8アミノ酸短く(スプライシングにより除かれる)、全長651aa(分子量73.1kDa)である。疎水性プロットより前半領域の4回膜貫通領域は種を超えてよく保存されており、C末端側の細胞質領域は比較的疎水性が高いことが判明した。一方、C末端領域後半(Val524以降)においてラット、マウス、ヒトの配列と著しく相同性が低下していたが、これは上記スプライシング部位におけるイントロン領域予想の誤りによるものと判明した。我々の決定した配列は3'-RACE法により分離したため終止コドン以下、poly-A配列とpoly-A付加シグナルを含む。従って複数動物種のPanx2遺伝子のバリアント群は誤配列による混乱であると推測できる。
得られた配列をもとに次年度におけるZ-Panx群の時空間分布の検出を進める計画である。
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