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2007 年度 実績報告書

消化器癌におけるタイリングアレイを用いた高解像度エピゲノム解析

研究課題

研究課題/領域番号 19390345
研究機関東京大学

研究代表者

金田 篤志  東京大学, 先端科学技術研究センター, 産学官連携研究員(特任准教授) (10313024)

研究分担者 堤 修一  東京大学, 先端科学技術研究センター, 助教 (30345152)
宇於崎 宏  東京大学, 医学部附属病院, 講師 (10296246)
キーワード癌 / エピゲノム
研究概要

平成19年度は消化器癌細胞株のDNAメチル化マッピングのうち、大腸癌細胞株、肝癌細胞株が先行して終了している。DNA塩基配列そのものではなくその修飾要素として細胞分裂の際に娘細胞に維持・伝達される情報をエピジェネティクスと呼ぶが、DNAメチル化は最も重要なエピジェネティック変化の一つであり、DNAメチル化異常を詳細にゲノム上にマッピングし癌のエピゲノム異常を解明することは、癌の複雑な遺伝子制御異常を明らかにするために必須である。オリゴをプローブに用いたゲノムタイリングアレイによる我々のDIP-chip技術を用い、DNAメチル化を詳細にマッピングした。これらの癌細胞株に対し、脱メチル化剤5-aza-2-deoxycitine処理、ヒストン脱アセチル化阻害剤Trichostatin A処理を行う前後で発現アレイ解析も行い、遺伝子プロモーター領域メチル化の有無と、遺伝子発現消失、薬剤処理による発現回復の有無を解析した。その結果同定された783個のサイレンジンク候補遺伝子から62遺伝子を抽出。62遺伝子プロモーター領域のDNAメチル化状態を定量的に解析するため、Bisulfite処理したDNAを鋳型に用いてPCRを行い、その産物を質量分析機MassArrayにかけることにより、定量解析した。平成19年度は大腸癌細胞株、肝癌細胞株、および大腸癌症例79例について定量解析を終了している。今後、大腸癌症例30例、肝癌症例60例について解析を加え、臨床病理学的因子と合わせて検討し、予後マーカーなど臨床応用可能なマーカーの同定、及び癌関連遺伝子候補の同定を行う。また、胃癌細胞株のメチル化ゲノム解析を同様に行い、抽出されるメチル化候補部位について胃癌症例を用いてメチル化定量解析していく予定である。

  • 研究成果

    (21件)

すべて 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (14件) 図書 (2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] 胃癌の epigenetic change2008

    • 著者名/発表者名
      金田篤志, ら
    • 雑誌名

      消化器外科 ((印刷中)掲載確定)

  • [雑誌論文] MassARRAYによるDNAメチル化解析2008

    • 著者名/発表者名
      金田篤志
    • 雑誌名

      遺伝子医学MOOK ((印刷中)掲載確定)

  • [雑誌論文] アレイを必要としないゲノム網羅的DNAメチル化解析法2007

    • 著者名/発表者名
      金田篤志
    • 雑誌名

      バイオテクノロジージャーナル 7

      ページ: 416-21

  • [雑誌論文] Enhanced sensitivity to IGF-II signaling links loss of imprinting of IGF2 to increased cell pr2007

    • 著者名/発表者名
      Kaneda A, et al.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci USA 104

      ページ: 20926-31

    • 査読あり
  • [学会発表] マウスES細胞分化誘導に伴うDNAメチル化のゲノムワイドプロファイリング2007

    • 著者名/発表者名
      砂河孝行, 金田篤志, ら
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-13
  • [学会発表] Comprehensive DNA methylation analysis in liver cancer using high-resolution tiling array2007

    • 著者名/発表者名
      Genta Nagae, Atsushi Kaneda, et al.
    • 学会等名
      7th International Workshop on Advanced Genomics
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-11-28
  • [学会発表] Comprehensive epigenomic analysis of colorectal cancer using immunoprecipitation techniqu2007

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kaneda, et al.
    • 学会等名
      第66回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-10-04
  • [学会発表] A global epigenetic map in Human Genome using tiling arrays2007

    • 著者名/発表者名
      Shuichi Tsutsumi, Atsushi Kaneda, et
    • 学会等名
      第66回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-10-04
  • [学会発表] Comprehensive DNA methylation analysis in liver cancer using high-resolution tiling array2007

    • 著者名/発表者名
      Genta Nagae, Atsushi Kaneda, et al.
    • 学会等名
      第66回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-10-04
  • [学会発表] Gene expression signatures to predict the response to chemotherapy in ovarian cancer2007

    • 著者名/発表者名
      Yuriko Uehara, Atsushi Kaneda, et al
    • 学会等名
      第66回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-10-04
  • [学会発表] Gene expression signaturesfor prediction of chemotherapy sensitivityof breast cancer2007

    • 著者名/発表者名
      Kenji Tatsuno, Atsushi Kaneda, et al.
    • 学会等名
      第66回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-10-04
  • [学会発表] DNA methylation profiling along with mouse ES cell differentiation2007

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Isagawa, Atsushi Kaneda, et
    • 学会等名
      第66回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-10-03
  • [学会発表] ゲノムタイリングアレイを用いた大腸癌メチル化解析2007

    • 著者名/発表者名
      金田篤志, ら
    • 学会等名
      東京大学生命科学研究ネットワークシンポジウム
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-09-15
  • [学会発表] Comprehensive DNA methylation analysis in liver cancer using high-resolution tiling array2007

    • 著者名/発表者名
      永江玄太, 金田篤志, ら
    • 学会等名
      第8回がん若手ワークショップ
    • 発表場所
      長野県茅野市
    • 年月日
      2007-08-30
  • [学会発表] ゲノムタイリングアレイを用いた大腸癌DNAメチル化解析2007

    • 著者名/発表者名
      金田篤志, ら
    • 学会等名
      第1回日本エピジェネティクス研究会年会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2007-06-16
  • [学会発表] マウスES細胞分化誘導に伴うDNAメチル化のゲノムワイドマッピング2007

    • 著者名/発表者名
      砂河孝行, 金田篤志, ら
    • 学会等名
      第1回日本エピジェネティクス研究会年会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2007-06-16
  • [学会発表] タイリングアレイを用いた肝癌の網羅的メチル化解析2007

    • 著者名/発表者名
      永江玄太, 金田篤志, ら
    • 学会等名
      第1回日本エピジェネティクス研究会年会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2007-06-15
  • [学会発表] Comprehensive DNA methylation analysis in human cancer using oligonucleotide tiling array2007

    • 著者名/発表者名
      Genta Nagae, Atsushi Kaneda, et al.
    • 学会等名
      98th AACR Annual Meeting
    • 発表場所
      Los Angeles, USA
    • 年月日
      2007-04-15
  • [図書] 発癌におけるエピジェネティクス-DNAメチル化とクロマチン制御-(深山正久編 腫瘍病理学 第2章2008

    • 著者名/発表者名
      金田篤志
    • 総ページ数
      28
    • 出版者
      文光堂(掲載確定)
  • [図書] 質量分析機(MassARRAY)によるDNAメチル化解析(牛島俊和編 エピジェネティクス実験プロトコール)2008

    • 著者名/発表者名
      金田篤志
    • 総ページ数
      12
    • 出版者
      羊土社(掲載確定)
  • [備考]

    • URL

      http://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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