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2008 年度 実績報告書

消化器癌におけるタイリングアレイを用いた高解像度エピゲノム解析

研究課題

研究課題/領域番号 19390345
研究機関東京大学

研究代表者

金田 篤志  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授 (10313024)

キーワード癌 / エピゲノム / エピジェネティクス / マイクロアレイ / 情報工学
研究概要

DNA塩基配列そのものではなくその修飾要素として細胞分裂の際に娘細胞に維持・伝達される情報をエピジェネティクスと呼ぶが、DNAメチル化は最も重要なエピジェネティック変化の一つであり、DNAメチル化異常を詳細にゲノム上にマッピングし癌のエピゲノム異常を解明することは、癌の複雑な遺伝子制御異常を明らかにするために必須である。オリゴをプローブに用いたゲノムタイリングアレイによる我々のDIP-chip技術を用い、消化器癌細胞株のDNAメチル化を詳細にマッピングする。平成19年度に終了した大腸癌細胞株、肝癌細胞株に加え、平成20年度は胃癌細胞株および臨床肝癌検体を用いてマッピングした。また、研究施設に新たに導入した高速シーケンサーを用いてDIP産物を大量シーケンスすることによりメチル化部位をマップするDIP-seq技術も確立した。同定されたメチル化部位から、平成19年度までに大腸癌メチル化マーカーを62か所作成し、臨床大腸癌症例79例におけるメチル化状態を質量分析機MassArrayにかけることにより定量解析したが、平成20年度はさらに43症例解析した。その結果大腸癌はDNAメチル化により3つのエピジェノタイプにクラスターされた。臨床病理学的因子と合わせて検討すると、高メチル化群はBRAF遺伝子突然変異と相関し、中メチル化群はKRAS遺伝子突然変異と相関し予後が悪く、低メチル化群はp53遺伝子突然変異と相関した。肝癌はDIP-chipの結果からHBV(+)肝癌、HCV(+)肝癌にそれぞれ特異的なメチル化候補部位を抽出、肝癌症例60例についてMassARRAYによる定量的メチル化解析を終えた。今後臨床病理学的因子と合わせて検討し、予後マーカーなど臨床応用可能なマーカーの同定、及び癌関連遺伝子候補の同定を行う。

  • 研究成果

    (25件)

すべて 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (4件) 学会発表 (19件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] 胃癌のepigenetic change2008

    • 著者名/発表者名
      金田篤志ら
    • 雑誌名

      消化器外科 31

      ページ: 610-616

  • [雑誌論文] MassARRAYによるDNAメチル化解析2008

    • 著者名/発表者名
      金田篤志
    • 雑誌名

      遺伝子医学MOOK 10

      ページ: 168-175

  • [雑誌論文] エピゲノミクス--転写レギュローム2008

    • 著者名/発表者名
      金田篤志
    • 雑誌名

      医学の歩み 219

      ページ: 57-64

  • [雑誌論文] 質量分析機(MassARRAY)によるDNAメチル化定量解析2008

    • 著者名/発表者名
      金田篤志
    • 雑誌名

      実験医学 別冊

      ページ: 92-103

  • [学会発表] 早期細胞老化と癌化機構2009

    • 著者名/発表者名
      金田篤志ら
    • 学会等名
      第2回システム疾患生命科学による先端医療技術開発シンポジウム
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-03-13
  • [学会発表] 縮小手術を目指した胃癌リンパ節転移イメージング2009

    • 著者名/発表者名
      金田篤志ら
    • 学会等名
      第2回システム疾患生命科学による先端医療技術開発シンポジウム
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-03-13
  • [学会発表] 定量的メチル化解析による大腸癌のEpigenotyping2009

    • 著者名/発表者名
      八木浩一、金田篤志ら
    • 学会等名
      第2回システム疾患生命科学による先端医療技術開発シンポジウム
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-03-13
  • [学会発表] Comprehensive analysis of aberrantly suppressed genes due to promoter hypermethylation in Liver Cancer2009

    • 著者名/発表者名
      Yingbing Deng、金田篤志ら
    • 学会等名
      第2回システム疾患生命科学による先端医療技術開発シンポジゥム
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-03-13
  • [学会発表] ES細胞分化誘導に伴うDNAメチル化プロファイリング2009

    • 著者名/発表者名
      砂河孝行、金田篤志ら
    • 学会等名
      第2回システム疾患生命科学による先端医療技術開発シンポジゥム
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-03-13
  • [学会発表] Comprehensive analysis of DNA methylation of human cancer cell using massively parallel sequencing system2008

    • 著者名/発表者名
      永江玄太、金田篤志ら
    • 学会等名
      第31回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      愛知県名古屋市
    • 年月日
      2008-12-11
  • [学会発表] Chemoprevention strategy of intestinal tumor based on enhanced sensitivity to IGF2 signaling in IGF2 loss of imprinting2008

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kaneda
    • 学会等名
      第67回日本群会学術総会
    • 発表場所
      愛知県名古屋市
    • 年月日
      2008-10-29
  • [学会発表] Integrated analysis of genetic and epigenetic alterations in liver cancer2008

    • 著者名/発表者名
      永江玄太, 金田篤志, ら
    • 学会等名
      第67回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      愛知県名古屋市
    • 年月日
      2008-10-28
  • [学会発表] Epigenotyping of colorectal cancer by quantitative methylation analysis using MassARRAY2008

    • 著者名/発表者名
      八木浩一, 金田篤志, ら
    • 学会等名
      第67回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      愛知県名古屋市
    • 年月日
      2008-10-28
  • [学会発表] Comprehensive analysis of transcriptionally repressed genesdue to aberrant promoter hypermethylation in liver cancer2008

    • 著者名/発表者名
      郵頴氷、金田篤志ら
    • 学会等名
      第67回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      愛知県名古屋市
    • 年月日
      2008-10-28
  • [学会発表] Comprehensive DNA methylation analysis in Epstein-Barr virus associated gastric carcinoma2008

    • 著者名/発表者名
      松坂恵介、金田篤志ら
    • 学会等名
      第67回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      愛知県名古屋市
    • 年月日
      2008-10-28
  • [学会発表] Epigenotyping of colorectal cancer by quantitative methylation analysis using MassARRAY2008

    • 著者名/発表者名
      八木浩一、金田篤志ら
    • 学会等名
      第9回文部科学省特定領域研究「がん」5領域若手研究者ワークショップ
    • 発表場所
      長野県蓼科
    • 年月日
      2008-09-04
  • [学会発表] IGF2遺伝子LOIによる腸管腫瘍リスクと腫瘍リスク低減モデル2008

    • 著者名/発表者名
      金田篤志ら
    • 学会等名
      第2回日本エピジェネティクス研究会年会
    • 発表場所
      静岡県三島
    • 年月日
      2008-05-19
  • [学会発表] 肝癌におけるゲノム・エピゲノム異常の統合的解析2008

    • 著者名/発表者名
      永江玄太, 金田篤志, ら
    • 学会等名
      第2回日本エピジェネティクス研究会年会
    • 発表場所
      静岡県三島
    • 年月日
      2008-05-09
  • [学会発表] 肝癌における異常メチル化に伴った遺伝子発現抑制の網羅的解析2008

    • 著者名/発表者名
      〓頴氷, 金田篤志, ら
    • 学会等名
      第2回日本エピジェネティクス研究会年会
    • 発表場所
      静岡県三島
    • 年月日
      2008-05-09
  • [学会発表] MassARRAYによる大腸癌の定量的メチル化解析2008

    • 著者名/発表者名
      八木浩一, 金田篤志, ら
    • 学会等名
      第2回日本エピジェネティクス研究会年会
    • 発表場所
      静岡県三島
    • 年月日
      2008-05-09
  • [学会発表] Integrated analysis of genetic and epigenetic alterations in liver cancer2008

    • 著者名/発表者名
      Genta Nagae,Atsushi Kanedaら
    • 学会等名
      99th AACR Annual Meeting
    • 発表場所
      静岡県三島
    • 年月日
      2008-04-13
  • [学会発表] Genome-wide profiling of aberrantly methylated genes in oral cancer2008

    • 著者名/発表者名
      Sayaka Yoshiba, Atsushi Kaneda ら
    • 学会等名
      1st Retreat Meeting of the IMSUT & RCAST Global COE
    • 発表場所
      Jeju, Korea
    • 年月日
      2008-03-27
  • [学会発表] 肝癌のゲノム・エピゲノム異常の統合的解析2008

    • 著者名/発表者名
      永江玄太、金田篤志ら
    • 学会等名
      第2回システム疾患生命科学による先端医療技術開発シンポジゥム
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-03-13
  • [図書] 発癌におけるエピジェネティクス-DNAメチル化とクロマチン制御-(深由正久編 腫瘍病理学 第2章III)2008

    • 著者名/発表者名
      金田篤志
    • 総ページ数
      28
    • 出版者
      文光堂
  • [備考]

    • URL

      http://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/

URL: 

公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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