蛋白質の柔構造の分子メカニズム:分子内部の空隙と加圧による構造変化の解析

2008 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 19500252
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 長岡技術科学大学
• 研究代表者: 曽田 邦嗣 長岡技術科学大学, 工学部, 教授 (10011686)
• 研究分担者: 関 安孝 長岡技術科学大, 工学部, 助教 (30377220)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2008
• キーワード: 柔構造 / 分子動力学 / 原子充填密度 / 分子内空隙 / 圧力効果

研究概要

PDB (蛋白質立体構造データベース) に登録されている869種の蛋白質分子立体構造の網羅的解析により, 球状蛋白質は, これ迄広く認められていたよりも有意に低い原子充填密度を持つこと, 及び蛋白質分子水溶液への分子動力学模擬計算法の適用により, 球状蛋白質はTHz域に, 所謂Boson Peak に相当する振動モードを示すことを見出すと共に, その生成の分子機構を明らかにした。

研究成果

• [雑誌論文] Global Structure Analysis of Acid-Unfolded Myoglobin with Consideration to Effects of Intermolecular Coulomb Repulsion on Solution X-ray Scattering (2007)
  • 著者名/発表者名: Seki Y, Tomizawa T, Hiragi Y & Soda, K.
  • 雑誌名: Biochemistry ページ: 234-244
  • 査読あり
• [学会発表] J. Soft Structure of Proteins Analyzed by Atomic Packing Density and Volume Fluctuation Dynamics (2008)
  • 著者名/発表者名: Soda, K, Seki, Y, Mori, K, Shimbo, Y, Matsumoto, H and Fujii
  • 学会等名: International Conference on Protein Science and Human Proteome Organization.(PRICPS-AOHUPO 2008)
  • 発表場所: Cairns, Australia
  • 年月日: 20080622-26
• [学会発表] Dynamics of Structural Fluctuations of Proteins and Hydration Effects (2008)
  • 著者名/発表者名: Soda, K.
  • 学会等名: Third International Workshop on Proteins under Pressure
  • 発表場所: Santa Fe, New Mexico, U.S.A.
  • 年月日: 20080122-25
• [学会発表] Solvent- Reorganization Effects on Hydration Thermodynamic Quantities of Nonpolar Molecules by Molecular Dynamics Simulation (2008)
  • 著者名/発表者名: Shimbo, Y & Soda, K
  • 学会等名: Third International Workshop on Proteins under Pressure
  • 発表場所: Santa Fe, New Mexico, U.S.A.
  • 年月日: 20080121-25
• [図書] 疎水効果, 水, 溶液X線散乱. タンパク質の事典(猪飼篤, 伏見譲, 卜部格, 上野川修一, 中村春木, 浜窪隆雄 編) (2008)
  • 著者名/発表者名: 曽田 邦嗣
  • 総ページ数: pp.511-515
  • 出版者: 朝倉書店
• [図書] 水と水和. 生物物理学ハンドブック(石渡信一, 桂勲, 桐野豊, 美宅成樹編) (2007)
  • 著者名/発表者名: 曽田 邦嗣
  • 総ページ数: pp. 12-15.
  • 出版者: 朝倉書店