遷移金属を結合するタンパク質の探索と機能予測

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 19500255
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 奈良先端科学技術大学院大学 (2008-2009); 独立行政法人日本原子力研究開発機構 (2007)
• 研究代表者: 中村 建介 奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 特任准教授 (20212095)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2009
• キーワード: 金属タンパク質 / ゲノム / 生命情報学 / 酵素 / 進化 / メタローム

研究概要

鉄、銅、亜鉛等の遷移金属は生物にとって必須であることが知られており、その殆どがタンパク質と結合することにより機能している。近年こうした遷移金属を配位して機能するタンパク質が注目を集めるなかで、タンパク質の金属イオン結合部位のデータベースとしてMetalMineを構築しWeb上で公開することが出来た。MetalMineはタンパク質の金属結合サイトに関するデータベースとしては世界最大規模のものであり、分子進化解析等によるタンパク質の機能予測をすすめる環境が整備された。

研究成果

• [雑誌論文] a database of functional metal-binding sites in proteins (2009)
  • 著者名/発表者名: K. Nakamura, A. Hirai, Md. Altaf-U1-Amin, H. Takahashi (4名1番目)" MetalMine
  • 雑誌名: Plant Biotechnology vol.26 ページ: 517-521
  • 査読あり
• [雑誌論文] Metabolic pathway prediction based on inclusive relation between cyclic substructures (2009)
  • 著者名/発表者名: K. Tanaka, K. Nakamura, T. Saito, H. Osada, A. Hirai, H. Takahashi, S. Kanaya, Md. Altaf Ul-Amin, (8名2番目)
  • 雑誌名: Plant Biotechnology vol.26 ページ: 459-468
  • 査読あり
• [雑誌論文] Predicting conformation of protein complexes by determining statistically significant domain-domain interactions (2009)
  • 著者名/発表者名: K. Nishikata, M. Wada, H. Takahashi, K. Nakamura, S. Kanaya, Md. Altaf-Ul-Amin, (6名4番目
  • 雑誌名: Plant Biotechnology vol.26 ページ: 495-501
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Synthetic study on gymnastatins F and Q: the tandem Michael and aldol reaction approach (2009)
  • 著者名/発表者名: K. Murayama, T. Tanabe, Y. Ishikawa, K. Nakamura, S. Nishiyama, (5名4番目)
  • 雑誌名: Tetrahedron Letters vol.50 ページ: 3191-3194
  • 査読あり
• [雑誌論文] Anapproach to peak detection in GC-MS chromatograms and application of KNApSAcK database in prediction of candidate metabolites (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Oishi, (他16名12番目)
  • 雑誌名: Plant Biotechnology vol.26 ページ: 167-174
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesisi of pingusane-type sesquiterpenoids, acutifolone A and pinguisenol along with bisacutifolones through the Diels-Alder dimerization reaction (2007)
  • 著者名/発表者名: J. Shiina, M. Oikawa, K. Nakamura, R. Obata, S. Nishiyama (5名3番目)
  • 雑誌名: European Journal of Organic Chemistry vol.2007 ページ: 5190-5197
  • 査読あり
• [雑誌論文] BAAQ: An Infrastructure for Application Integration and Knowledge Discovery in Bioinformatics (2007)
  • 著者名/発表者名: G. Xiujun, K. Nakamura, H. Yu, K. Yura, N. Go, (5名2番目)
  • 雑誌名: IEEE Transactions on Information Technology in Biomedicine vol.11 ページ: 428-434
  • 査読あり
• [学会発表] Metallome in coordination with Metabolome (2010)
  • 著者名/発表者名: K. Nakamura, A. Hirai, H. Takahashi, S. Kanaya
  • 学会等名: 8thMetabolome Informatics Workshop
  • 発表場所: 慶応鶴岡キャンパス
  • 年月日: 2010-01-29
• [学会発表] MetalMine: a databse of functional metal-ion-binding sites in proteins (2009)
  • 著者名/発表者名: K. Nakamura, A. Hirai, H. Takahashi, Md. Altaf Ul-Amin, S. Kanaya
  • 学会等名: GIW2009 The 20th International Conference on Genome Informatics
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2009-12-15
• [学会発表] 遷移金属結合サイトデータベースの構築 (2008)
  • 著者名/発表者名: 中村建介
  • 学会等名: 第八回日本タンパク質化学会年会
  • 発表場所: タワーホール船堀(東京)
  • 年月日: 2008-06-10
• [学会発表] Prediction of metal-binding sites for high-throughput metalloproteomics data (2007)
  • 著者名/発表者名: K. Nakamura, K. Yura, N. Go
  • 学会等名: VII European Symposium of the Protein Society
  • 発表場所: Stockholm, Sweden
  • 年月日: 2007-05-15
• [備考] 金属結合サイトデータベース:MetalMine
  • URL: http://metalmine.naist.jp/metalmine009/index.html