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Cycloclasticusは海洋性の多環芳香族炭化水素(PAHs)分解菌であり、PAHsで汚染された海水中で優占種となる有用な石油分解菌である。本研究では、海水中の複合微生物系の培養を制御し、Cycloclasticusの石油分解活性を効果的に誘導する技術を開発するため、同菌のPAHs分解活性をプロテオーム解析により明らかにすることを目的とする。
炭素源として5種類の純品のPAHsを用い、それぞれを唯一の炭素源とした培養系にCycloclasticus sp. S-4株をはじめとしたいくつかの菌株を摂取し培養した。これらのサンプルから、菌体を回収し、totalタンパク質を抽出し、SDSPAGEで電気泳動した。その結果、添加したPAHsの違いによるバンドパターンの差は確認できなかった。その後、各ゲル片を切り出し、トリプシンで処理したサンプルをLC-MS/MSに供し、本条件下で発現しているタンパク質の部分アミノ酸配列を取得した。得られたアミノ酸配列情報は自動的に相同性検索に供され、タンパク発現プロファイルを得た。その結果、供試した全ての菌株、全てのPAHsで発現の確認されたオペロンを特定した。また、PAHsの種類依存的に、あるいは菌株依存的に発現しているPAHs分解遺伝子群も同様に特定した。一方で、供試した条件では発現の確認できなかったPAHs分解遺伝子群の存在も明らかとなった。現在、より詳細な解析を行っている。
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