多項式緩和による大規模な分数和計画に対するアルゴリズムとそのモチーフ抽出への応用

2008 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 19510135
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 社会システム工学・安全システム
• 研究機関: 室蘭工業大学
• 研究代表者: 施 建明 室蘭工業大学, 工学部, 准教授 (70287465)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2008
• キーワード: 最適化 / 分数和情報学計画 / 生体情報学

研究概要

生体生命における情報の中に共通配列(モチーフ)を探し出すことを研究の目的である. モチーフを評価するため, 情報量に基き, ある種の分数和を最大化することが必要である. 本研究はこのような既存の分数和を最大にする計算方法(アルゴリズム)を研究し, 2005に発表されたモチーフ抽出アルゴリズムを大幅改良した. 数値実験の結果では,計算速度を2900倍に速くすることに成功した.

研究成果

• [雑誌論文] A Modified Algorithm for Sequence Alignment Using Ant Colony System (2009)
  • 著者名/発表者名: Ai Mikami, Jianming Shi
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Bioinformatics Vol 2 ページ: 63-73
  • 査読あり
• [学会発表] Solving Sum of Linear Ratios Problem using Linear Relaxation (2008)
  • 著者名/発表者名: J. Shi
  • 発表場所: Hilton University of Florida, Gainesville, FL
  • 年月日: 20080128-30
• [学会発表] A new algorithm for solving the sum-of-linear-ratio problem (2007)
  • 著者名/発表者名: J.Shi
  • 学会等名: ICOTA7
  • 発表場所: International Convention Center, Kobe
  • 年月日: 20071216-20
• [学会発表] INFORS 2007 (2007)
  • 著者名/発表者名: J. Shi
  • 学会等名: Washington State Convention & Trade Center
  • 発表場所: Washington State Convention & Trade Center, Seattle, WA
  • 年月日: 2007-04-07
• [備考]
  • URL: http://www.mmm.muroran-it.ac.jp/~shi/