残基間平均距離統計を用いたタンパク構造形成部位の予測

2008 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 19510202
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 基礎ゲノム科学
• 研究機関: 立命館大学
• 研究代表者: 菊地 武司 立命館大学, 生命科学部, 教授 (90195206)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2008
• キーワード: バイオインフォマティクス / タンパク構造予測

研究概要

本研究においてはタンパクの立体構造の精密予測を目標として、まずタンパク立体構造形成部位の位置や構造形成にかかわるアミノ酸の予測を試みるものである。研究期間において、タンパクにおけるアミノ酸間平均距離統計に基づくコンタクトマップ(平均距離図、Average Distance Map)などを用い、グロビンや免疫グロブリン結合タンパクといったタンパクの実験結果と予測結果を詳細に比較・精査を行い本研究の有効性を示すことができた。

研究成果

• [雑誌論文] Spin correlations in a no frustrated one-dimensional spin system and the formation of the ground state as a model of protein folding (2009)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Kikuchi
  • 雑誌名: Physica A : Statistical Mechanics and its Applications 388 ページ: 129-136
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of 3D structural differences in the IgG-binding domains based on the interresidue average-distance statistics (2008)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Kikuchi
  • 雑誌名: Amino Acids 5 ページ: 541-549
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of Protein Folding Properties Based on Interresidue Average Distance Statistics (2007)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Kikuchi
  • 雑誌名: the 10th International Congress on Amino Acids and Proteins(ICAAP)(August 2007, Kallithea, Greece)Amino Acids 33 ページ: IX
• [学会発表] グロビンフォールドへリックスE-H単位の立体構造の普遍性-残基間平均距離を用いた解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 菊地武司
  • 学会等名: 日本生物物理学会第46回年会講演予稿集S22
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 20081200
• [学会発表] 自由エネルギー変分原理を用いたFKBP阻害剤の結合自由エネルギーの予測とリガンドの分類 (2008)
  • 著者名/発表者名: 南康智、菊地武司
  • 学会等名: 日本生物物理学会第46回年会講演予稿集S28
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 20081200
• [学会発表] 自由エネルギー変分原理に基づくFKBP(免疫抑制剤結合タンパク質)阻害剤の結合自由エネルギーの予測 (2008)
  • 著者名/発表者名: 南康智、菊地武司
  • 学会等名: 第8回日本蛋白質科学会年会講演要旨集p62
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20080600
• [学会発表] グロビンフォールドへリックスE-H単位の立体構造の普遍性について (2008)
  • 著者名/発表者名: 永岡清秀、菊地武司
  • 学会等名: 第8回日本蛋白質科学会年会講演要旨集p64
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20080600
• [学会発表] 自由エネルギー変分原理の基づくジヒドロ葉酸還元酵素阻害剤の相対的結合自由エネルギー計算 (2007)
  • 著者名/発表者名: 坂本龍則、菊地武司
  • 学会等名: 日本生物物理学会第45回年会講演予稿集S26
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 20071200
• [学会発表] IgG結合ドメインの立体構造の違いについて-残基間平均距離に基づく解析- (2007)
  • 著者名/発表者名: 菊地武司
  • 学会等名: 日本生物物理学会第45回年会講演予稿集S27
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 20071200
• [学会発表] 自由エネルギー変分原理の基づく相対的結合自由エネルギー計算とそのFKBP結合タンパク阻害剤への応用 (2007)
  • 著者名/発表者名: 新江雄一、菊地武司
  • 学会等名: 日本生物物理学会第45回年会講演予稿集S114
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 20071200
• [学会発表] Prediction of protein folding properties based on interresidue average distance statistics (2007)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Kikuchi
  • 学会等名: International Conference of Amino acid and Porteins
  • 発表場所: Tessalloniki, Greece
  • 年月日: 20070800
• [学会発表] 自由エネルギー変分原理を用いた相対的結合自由エネルギー計算とジヒドロ葉酸還元酵素阻害剤への応用 (2007)
  • 著者名/発表者名: 新江雄一、菊地武司
  • 学会等名: 第7回蛋白質科学会講演要旨集
  • 発表場所: 仙台
  • 年月日: 20070500
• [学会発表] 残基間平均距離統計ポテンシャルによるIgG結合ドメイン類縁タンパクの構造の差異に関する解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 原田織江、菊地武司
  • 学会等名: 第7回蛋白質科学会講演要旨集
  • 発表場所: 仙台
  • 年月日: 20070500