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2008 年度 実績報告書

シロイヌナズナにおけるケミカルフェノームと新規表現型スクリーニング系の開発

研究課題

研究課題/領域番号 19510206
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

黒森 崇  独立行政法人理化学研究所, 機能開発研究グループ, 研究員 (80332295)

キーワードシロイヌナズナ / フェノーム
研究概要

モデル植物シロイヌナズナは変異体リソースが充実したことにより、全ての遺伝子に関して一遺伝子破壊系統を確立すること(saturation mutagenesis)が可能となりつつある。このことによりシロイヌナズナは変異体を用いて全遺伝子の機能解析が実現可能な、多細胞生物では非常に特異なモデル生物種であると捉えることができる。これまでに様々な変異体リソースにおいて形態異常を指標とした網羅的な表現型観察が試みられた例はあるが、目視で見付けることが難しい表現型(non-visible phe notypes)まで包括的に探索している研究例はない。そこで本研究課題では、シロイヌナズナの遺伝子破壊型変異系統を用いたフェノーム解析の一端として、化合物等を用いて目視で見付けることが難しい条件的表現型解析を行うことを目的とした。各遺伝子変異体の生育環境条件によって現れる表現型の探索と変異体ラインの化合物添加による新規表現型スクリーニング系の開発を目指している。これまでに、化合物等を植物体に与えた場合に見られる表現型を網羅的に探索するために、ハイスループットな化合物応答試験の構築に向けた検定実験を行ってきた。対象としたのは植物の初期の育成段階である種子からの発芽とその後の幼苗育成に与える影響である。マルチタイタープレートでの生育の様子はスキャナーで取り込み、デジタル画像として保存している。また、画像処理作業によってプレートの各ウェル画像を切り取り、植物が生長していることを示す緑の部分の割合を抽出することによって生育状態の定量的データ化を図っている。

  • 研究成果

    (16件)

すべて 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (11件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] MS/MS spectral tag (MS2T)-based annotation of non-targeted profile of plant secondary metabolites2009

    • 著者名/発表者名
      Matsuda F.
    • 雑誌名

      Plant J. 57

      ページ: 555-577

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Homologous chromosome pairing is completed in crossover defective atzip4 mutant2008

    • 著者名/発表者名
      Kuromori T.
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun. 370

      ページ: 98-103

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The glycerophosphoryl diester phosphodiesterase-like proteins SHV3 and its homologs play important roles in cell wall organization2008

    • 著者名/発表者名
      Hayashi S.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiol. 49

      ページ: 1522-1535

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A heterocomplex of iron superoxide dismutases defends chloroplast nucleoids against oxidative stress and is essential for chloroplast development in Arabidopsis2008

    • 著者名/発表者名
      Myouga F.
    • 雑誌名

      Plant Cell 20

      ページ: 3148-3162

    • 査読あり
  • [学会発表] 大規模ターゲット代謝産物分析による植物代謝制御機構の解明2008

    • 著者名/発表者名
      澤田有司
    • 学会等名
      第31回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      20081209-20081212
  • [学会発表] シロイヌナズナの核コード葉緑体タンパク質の遺伝子破壊型変異体データベースの作製2008

    • 著者名/発表者名
      明賀史純
    • 学会等名
      第31回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      20081209-20081212
  • [学会発表] スプライセオソームの構成因子と相同性を持つシロイヌナズナSD5の欠損は細胞増殖の抑制を引き起こす2008

    • 著者名/発表者名
      吉積毅
    • 学会等名
      第31回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      20081209-20081212
  • [学会発表] Molecular dissection of CLV3 peptide signalling2008

    • 著者名/発表者名
      Betsuyaku S.
    • 学会等名
      第31回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      20081209-20081212
  • [学会発表] Systematic phenotype analysis of Arabidopsis Ds-tagged mutants to unravel gene functions in abitoic stress response as well as growth and development2008

    • 著者名/発表者名
      Kuromori T.
    • 学会等名
      FAO/IAEA International Symposium on Induced Mutations in Plants
    • 発表場所
      Vienna, Austria
    • 年月日
      20080912-20080915
  • [学会発表] MS/MS spectral tag (MS2T) based strategy for comprehensive profiling of plant secondary metabolites using liquid chromatography-mass spectrometry2008

    • 著者名/発表者名
      Matsuda F.
    • 学会等名
      Banff Conference on Plant Metabolism
    • 発表場所
      Banff, Canada
    • 年月日
      20080730-20080803
  • [学会発表] RACE database : A database on a large-scale collection and phenotype analysis of knockout mutants for nuclear-encoded chloroplast proteins2008

    • 著者名/発表者名
      Myouga F.
    • 学会等名
      19th International Conference on Arabidopsis Research
    • 発表場所
      Montreal, Canada
    • 年月日
      20080723-20080727
  • [学会発表] Molecular dissection of CLV3 peptide signaling2008

    • 著者名/発表者名
      Betsuyaku S.
    • 学会等名
      19th International Conference on Arabidopsis Research
    • 発表場所
      Montreal, Canada
    • 年月日
      20080723-20080727
  • [学会発表] SD5, a homologue of spliosome subunit, is essential for proliferation in post-seedling development2008

    • 著者名/発表者名
      Yoshizumi T.
    • 学会等名
      19th International Conference on Arabidopsis Research
    • 発表場所
      Montreal, Canada
    • 年月日
      20080723-20080727
  • [学会発表] Different level of genetic redundancy throughout duplicated genes among various phenotypes in Arabidopsis thaliana2008

    • 著者名/発表者名
      Hanada K
    • 学会等名
      Annual Meeting of the Society of Molecular Biology and Evolution (SMBE)
    • 発表場所
      Barcelona, Spain
    • 年月日
      20080605-20080608
  • [学会発表] A Secure Data Repository Integrating Huge Volumes of Digital Contents as a Semantic Web, Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences2008

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi N.
    • 学会等名
      SWAT4LS Workshop
    • 発表場所
      Edinburgh, UK
    • 年月日
      2008-11-28
  • [備考]

    • URL

      http://labs.psc.riken.jp/gdrg/index.html#g_project2

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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