| 研究課題/領域番号 |
19510208
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| 研究機関 | 東京医科歯科大学 |
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研究代表者 |
任 鳳蓉 東京医科歯科大学, 情報処理センター, 寄附研究部門教員 (60280989)
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| 研究分担者 |
田中 博 東京医科歯科大学, 大学院・疾患生命科学研究部, 教授 (60155158)
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| キーワード | 経時的なHIV宿主内進化 / 連続HIVサンプル / 抗HIV薬剤耐性 / 相互情報量 / 決定木構築アルゴリズム / Single Genome Sequencing (SGS)法 / HIV遺伝子の共進化 / env遺伝子の多様性進化 |
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| 研究概要 |
1.「連続サンプルによる継時的なHIV宿主内進化解析法の開発」アルゴリズムの開発が2007年年末に終了し、現在国際誌への投稿準備もできている。各共著者の意見を確認した後、4月上旬にMolecular Biology and Evolutionに投稿する。
2.「情報論アプローチによる薬剤耐性予測」感染研エイズセンターのご協力で適例のデータ(同じ薬剤組合せを投与した症例)10例に決定木構築アルゴリズムを適用し解析が行われた。しかし、投与した抗HIV剤組合せに対しての共通変異ルールを抽出することについて、まだ明確な結果が得られていない。我々はHIV遺伝子の多型サイトと薬剤耐性獲得に寄与するアミノ酸変異を自動的に区別できるように工夫してこの問題の解決を試みている。20年度中にその結果をまとめる予定である。
3.「HAART下のHIV遺伝子の共進解析」今年度は主にin vitro実験を行った。野生型のGag-PRに点変異でP453L/E35Dを導入するウイルスを作製し、複数の抗HIV薬剤(NFV等)に対する感受性テストを行って、組換え体ウイルスがもつPRのGagの切断効率も測定した。今後さらにP453L/E35Dについて、構造学的な立場から(計算によって)意義付けを行う。20年度中に結果をまとめ、ウイルス系の雑誌に投稿する予定である。
以上の研究成果は3つの国際学会と多数の国内学会で発表され(業績参照)、専門家たちから良い評価が得られた。これらの学会発表は殆ど研究助成金のサポートで実現したものである。
また、分子進化の解析手法について、国際誌Geneに論文を投稿し、近いうちに発表される予定である(ロンドン大学院大学(UCL)との共同研究)。
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