多剤併用治療下のエイズウイルスの分子進化解析と薬剤耐性獲得機構の解明

2008 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 19510208
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 応用ゲノム科学
• 研究機関: 東京医科歯科大学
• 研究代表者: 任 鳳蓉 東京医科歯科大学, 情報処理センター, 特任准教授 (60280989)
• 研究分担者: 田中 博 東京医科歯科大学, 大学院疾患生命科学研究部, 教授 (60155158)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2008
• キーワード: HIV宿主内進化 / 連続HIVサンプル / 薬剤耐性変異 / 共進化解析 / SGS法

研究概要

HIV宿主内進化過程を推定するための計算アルゴリズムvSPAを開発した。AIDS患者2症例から経時的に得られた1000個近いHIV-1サンプルへ適用した結果、薬剤耐性獲得に関連する突然変異などを検出することができた。
バイオインフォマティクス手法を用いて、抗HIV剤治療を受けた1症例より経時的に採取したHIV-1サンプルから、GagとPR遺伝子間の共進化突然変異を推定した。さらにin vitro実験を行い、これらの同時変異が機能的に有意であることを確認した。

研究成果

• [雑誌論文] likelihood lookat the supermatrix-supertree controversy (2008)
  • 著者名/発表者名: Ren F, Tanaka H, Yang Z
  • 雑誌名: Gene, ePub
  • 査読あり
• [雑誌論文] Diversity of preferrednucleotide sequences around the translationinitiation codon in eukaryote genomes (2008)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa S, Niimura Y, Gojobori T,Tanaka H, Miura K
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 36(3) ページ: 861-871
  • 査読あり
• [雑誌論文] Interference between GagNon-Cleavage Site Mutation P453L andHIV-1 Protease Non-Drug ResistanceMutation E35D (2007)
  • 著者名/発表者名: Shibata J, Ren F, Nishizawa M, Fujino M,Iwatani Y, Matsuda M, Miura H, Tanaka H,Sugiura W
  • 雑誌名: Antiviral Therapy 12 ページ: 143
  • 査読あり
• [学会発表] HIV-1 env遺伝子の多様性進化とその様式に関する解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 吉田いずみ, 任鳳蓉, 柴田潤子, 杉浦亙, 岩谷靖雅, 田中博
  • 学会等名: 日本ウイルス学会
  • 発表場所: 岡山
  • 年月日: 20081000
• [学会発表] Analysis of dynamic HIV evolutionand drug resistance acquisition underanti-HIV therapy using bioinformaticmethods (2008)
  • 著者名/発表者名: Ren F
  • 学会等名: The Second China-JapanColloquium of Mathematical Biology
  • 発表場所: Okayama
  • 年月日: 2008-08-04
• [学会発表] HAART下における連続サンプルを用いた経時的なHIVの宿主内進化解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 長谷川直紀, 杉浦亘, 任鳳蓉, 松田昌和, 柴田潤子, 田中博
  • 学会等名: 第21回日本エイズ学会
  • 発表場所: 広島
  • 年月日: 20071100
• [学会発表] 抗HIV薬剤投与下におけるProtease とGag の相互干渉と共進化に関する解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 柴田潤子, 任鳳蓉, 西澤雅子, 藤野真之, 松田昌和, 岩谷靖雅, 杉浦亙, 田中博
  • 学会等名: 第21回日本エイズ学会
  • 発表場所: 広島
  • 年月日: 20071100
• [学会発表] Gag and protease co-evolution inan antiretroviral treatment failure case. 8th Annual Symposium on Antiviral Drug Resistance (2007)
  • 著者名/発表者名: Shibata J, Ren F, Nishizawa M, Tsang H,Iwatani Y, Matsuda M, Miura H, Tanaka H,Sugiura W
  • 学会等名: Targets and Mechanisms
  • 発表場所: Targets and Mechanisms
  • 年月日: 2007-11-11
• [学会発表] Interference between GagNon-Cleavage Site Mutation P453L andHIV-1 Protease Non-Drug ResistanceMutation E35D (2007)
  • 著者名/発表者名: Shibata J, Ren F, Nishizawa M, Fujino M,Iwatani Y, Matsuda M, Miura H, Tanaka H,Sugiura W
  • 学会等名: 16th International HIV DrugResistance Workshop
  • 発表場所: Bridgetown, Barbados
  • 年月日: 2007-06-12
• [学会発表] Analysis of Co-evolutionbetween Mutations in Protease InhibitorResistance and in Gag (2007)
  • 著者名/発表者名: Shibata J, Nishizawa M, Matsuda M, SugiuraW, Ren F, Tanaka
  • 学会等名: 14th Conference onRetroviruses and Opportunistic Infections
  • 発表場所: Los Angeles, USA
  • 年月日: 2007-02-25