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本研究では主にプロテオミクス手法を用いてGCNF複合体構成の全貌を明らかにすることを目標としてきた。内因性GCNFを認識する特異抗体の免疫沈降物成分を質量分析により同定し、共沈してきた相互作用分子を解析するため、特異抗体の選定と免疫沈降の条件検討が、最も重要な課題となった。総計84種の新規に作製した抗体を探索した結果、そのうち4種の抗体の免疫沈降効率がよく、質量分析によっても免疫沈降物にGCNFが同定された。このうち3種の抗体の免疫沈降物に共通にTrim28が同定された。COS7細胞にFLAG-Trim28とtagなしGCNFを強制発現させた場合の共沈実験によってもGCNFとTrime28の相互作用は確認された。ES細胞を分化させた胚様体において、GCNFもTrim28が互いに相互作用する割合は各細胞内タンパク質総量の0.1%以下であると推定された。GCNFとTrim28は、細胞内では、大部分が核可溶性分画に存在する。GCNFとTrim28はクロマチン分画の中では、ヒストンH1を含まないS1やヒストンH1を含むS2分画よりは、核マトリクスを含むP分画に多く存在した。一方、Dnmt3a1やDnmt3a2は、核可溶性分画には存在せず、主にS2分画とP分画に存在した。P分画にはGCNF細胞内タンパク質総量の3%以下しか存在しないが、この場でGCNFがTrim28とDnmt3と共同で標的ゲノムに作用することを明確に示すために、今後新しい手法が必要と考えられた。
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