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2008 年度 研究成果報告書

脂質二重膜中の膜蛋白質複合体における分子認識機構を解明するNMR戦略の開発

研究課題

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研究課題/領域番号 19590037
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 物理系薬学
研究機関東京大学

研究代表者

大澤 匡範  東京大学, 大学院・薬学系研究科, 助教 (60361606)

研究分担者 嶋田 一夫  東京大学, 大学院・薬学系研究科, 教授 (70196476)
研究期間 (年度) 2007 – 2008
キーワード膜蛋白質 / 分子認識 / NMR / 構造生物学
研究概要

脂質二重膜中の膜蛋白質はビーズに固定化することにより、安定性が劇的に向上するが、不溶性成分の共存によりNMRシグナルの広幅化・感度の低下が問題となっていた。そこで、マジック角回転(MAS)による高感度化・高分解能化を目指した。
本研究では、高速MASに耐えることができ、広い固・液界面が確保可能な固定化担体を幅広く比較検討した結果、CM-シリカビーズを見出した。
次に、ユビキチン(Ub)と酵母Ub水酸化酵素(YUH)の相互作用系において、YUHをCMシリカビーズに固定化し、不均一系超分子を模倣した系を作成した。このYUH固定化Zn-NTAシリカビーズを均一2H15N標識したUbの溶液に懸濁し、MAS 条件下で転移交差飽和法の測定を試みたところ、従来法では解析が困難であった固体と液体が共存した超分子系において、Ub 上のYUH 結合界面残基の同定に成功した。

  • 研究成果

    (21件)

すべて 2008 2007

すべて 雑誌論文 (13件) (うち査読あり 12件) 学会発表 (4件) 図書 (4件)

  • [雑誌論文] Stable isotope labeling of proteinby Kluyveromyces lactis for NMR study2008

    • 著者名/発表者名
      Sugiki T., Shimada I., Takahashi H.
    • 雑誌名

      J Biomol NMR 42

      ページ: 159-162

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Carbohydrate bindingmechanism of the macrophagegalactose-type C-type lectin 1 revealedby saturation transfer experiments2008

    • 著者名/発表者名
      Sakakura M., Oo-Puthinan S., MoriyamaC., Kimura T., Moriya J., Irimura T., Shimada I.
    • 雑誌名

      J Biol Chem 283

      ページ: 33665-33673

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chondroitin sulfate E fragmentsenhance CD44 cleavage andCD44-dependent motility in tumor cells2008

    • 著者名/発表者名
      Sugahara K. N., Hirata T., Tanaka T., Ogino S., Takeda M., Terasawa H., Shimada I, Tamura J, ten Dam GB, vanKuppevelt TH, Miyasaka M.
    • 雑誌名

      Cancer Res. 68

      ページ: 7191-7199

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Amino acidselective cross-saturation method foridentification of proximal residue pairsin a protein-protein complex2008

    • 著者名/発表者名
      Igarashi S., Osawa M., Takeuchi K., Ozawa S., Shimada I.
    • 雑誌名

      J Am Chem Soc. 130

      ページ: 12168-12176

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural insights into activation ofphosphatidylinositol 4-kinase (Pik1) byyeast frequenin (Frq1)2007

    • 著者名/発表者名
      Strahl T, Huttner IG, Lusin JD, OsawaM, King D, Thorner J, Ames JB.
    • 雑誌名

      J Biol Chem. 282(42)

      ページ: 30949-59

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structuralbasis of the collagen-binding mode ofdiscoidin domain receptor 22007

    • 著者名/発表者名
      Ichikawa O, Osawa M, Nishida N,Goshima N, and Shimada I.
    • 雑誌名

      EMBO J 26

      ページ: 4168-4176

  • [雑誌論文] Mechanism of mRNA deadenylation : evidence for a molecular interplaybetween translation termination factoreRF3 and mRNA deadenylases2007

    • 著者名/発表者名
      Funakoshi Y, Doi Y, Hosoda N, Uchida N,Osawa M, Shimada I, Tsujimoto M,Suzuki T, Katada T, Hoshino S.
    • 雑誌名

      Genes Dev. 21(23)

      ページ: 3135-48

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nickel binding to NikA : anadditional binding site reconcilesspectroscopy, calorimetry andcrystallography2007

    • 著者名/発表者名
      Addy C, Ohara M, Kawai F, Kidera A,Ikeguchi M, Fuchigami S, Osawa M,Shimada I, Park SY, Tame JR andHeddle JG.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr D BiolCrystallogr 63

      ページ: 221-229

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bovin NV and Irimura T. The aminoacids involved in the distinctcarbohydrate specificities betweenmacrophage galactose-type C-typelectins 1 and 2 (CD301a and b) of mice2007

    • 著者名/発表者名
      Oo-puthinan S, Maenuma K, SakakuraM, Denda-Nagai K, Tsuiji M, Shimada I, Nakamura-Tsuruta S, and Hirabayashi S.
    • 雑誌名

      Biochim Biophys Acta 1780(2)

      ページ: 89-100

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural basisof the transition-state stabilization inantibody-catalyzed hydrolysis2007

    • 著者名/発表者名
      Sakakura M, Takahashi H, Shimba N,Fujii I, and Shimada I.
    • 雑誌名

      J Mol Biol 367

      ページ: 133-147

    • 査読あり
  • [雑誌論文] PairwiseNMR Experiments for theDetermination of Protein BackboneDihedral Angle Based onCross-Correlated Spin Relaxation.2007

    • 著者名/発表者名
      Takahashi H and Shimada I.
    • 雑誌名

      JBiomol NMR 37

      ページ: 179-185

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Backboneresonance assignment for the outermembrane lipoprotein receptor LolBfrom Escherichia coli2007

    • 著者名/発表者名
      Nakada S, Sakakura M, Takahashi H,Tokuda H and Shimada I.
    • 雑誌名

      BiomolecularNMR Assignments 1

      ページ: 121-123

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Backboneresonance assignments for theperiplasmic chaperone LolA fromEscherichia coli2007

    • 著者名/発表者名
      Nakada S, Takahashi H, Sakakura M,Kurono M and Shimada I.
    • 雑誌名

      Biomolecular NMRAssignments 1

      ページ: 125-127

    • 査読あり
  • [学会発表] 生体超分子における分子認識機構解明に向けたHR-MASの適用2008

    • 著者名/発表者名
      豊永 翔
    • 学会等名
      第47回NMR 討論会
    • 発表場所
      茨城県つくば市
    • 年月日
      2008-11-13
  • [学会発表] 巨大タンパク質複合体のモデル構築を目的とした残基選択的交差飽和法の開発2008

    • 著者名/発表者名
      小澤新一郎
    • 学会等名
      第47回NMR 討論会
    • 発表場所
      茨城県つくば市
    • 年月日
      2008-11-13
  • [学会発表] Structural studies onthe interaction of spermine withinwardly rectifying potassium channel2008

    • 著者名/発表者名
      Osawa M. et.al.
    • 学会等名
      XXIIIrd International Conference onMagnetic Resonance in BiologicalSystems
    • 発表場所
      San Diego, CA, USA
    • 年月日
      2008-08-24
  • [学会発表] Structural basis of the gating of G protein-activatedinwardly rectifying potassium channelby Gbg2008

    • 著者名/発表者名
      Yokogawa M. et.al.
    • 学会等名
      XXIIIrd InternationalConference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • 発表場所
      San Diego, CA, USA
    • 年月日
      2008-08-24
  • [図書] NMRによるソフトな分子間相互作用解析法の開発2008

    • 著者名/発表者名
      松本昌彦、上田卓見、嶋田一夫
    • 総ページ数
      959-971
    • 出版者
      生化学
  • [図書] コラーゲン結合タンパク質を介した生命プロセスの活性化機構2008

    • 著者名/発表者名
      西田紀貴、嶋田一夫
    • 総ページ数
      483-492
    • 出版者
      生化学
  • [図書] 「等温滴定型カロリメトリー(ITC)-熱量測定による相互作用の定量的解析-」実験医学別冊「生命科学のための機器分析実験ハンドブック2007

    • 著者名/発表者名
      大澤匡範、嶋田一夫
    • 総ページ数
      249-253
    • 出版者
      羊土社
  • [図書] 交換系利用NMRによるリガンド分子の標的分子結合状態の構造解析 高橋栄夫・嶋田一夫2007

    • 著者名/発表者名
      高橋栄夫、嶋田一夫
    • 総ページ数
      959-965
    • 出版者
      蛋白質・核酸・酵素

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公開日: 2010-06-10   更新日: 2016-04-21  

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