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2007 年度 実績報告書

動く単純反復配列(mobile-SSR)による染色体高次構造の進化

研究課題

研究課題/領域番号 19651083
研究機関広島大学

研究代表者

彦坂 暁  広島大学, 大学院・総合科学研究科, 助教 (30263635)

研究分担者 河原 明  広島大学, 大学院・総合科学研究科, 教授 (50112157)
キーワードトランスポゾン / 単純反復配列(SSR) / MITE / mobile-SSR / 染色体高次構造 / 進化 / ツメガエル(Xenopus)
研究概要

(1)遺伝子導入実験に用いるのに最適なmobile-SSRをツメガエルから単離するために、ニシツメガエル(Xenopus tropicalis)ゲノムデータベース(Joint Genome Institute v4.1)の解析を行った。まず、以前Per1によって作成した、データベース中のMITE候補配列を末端配列の特徴に基づいて網羅的に探索し分類するプログラムの改良版を、新たにRubyによって作成した。次にこれを用いてゲノムデータベースからT2-MITE転移因子を網羅的に検索し、再分類を行った。この情報を用いて、XRサブファミリー由来のmobile-SSRをデータベースから検索した。(2)前記の結果をもとに、複数系統のニシツメガエル5個体のゲノムDNAを鋳型に用いてPCRによるmobile-SSRの増幅を行い、単離したクローンの塩基配列を調べ、複数のクローンの中から最も適切と思われるクローンを選んだ。(3)SSR配列のRNA(Forward鎖、Reverse鎖、両鎖)を発現するベクターを作製するために、ゼブラフィッシュ(Danio rerio)のヒートショック蛋白質hsp70のプロモータ領域をPCRにより単離し、配列を確認した。(4)発現をモニターするためのベクターに使用するために、clontech社のpAcGFP-Nucベクターの改造を行った。(5)I-SceIを用いたメダカへの遺伝子導入を行うために、ベクターの改造を行った。pBluescript II SK(-)のマルチクローニングサイトにI-SceI認識サイトを導入したベクターを作製した。

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2007

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (3件)

  • [雑誌論文] Evolution of the Xenopus piggyBac transposon family TxpB: Domesticated and untamed strategies of transposon subfamilies.2007

    • 著者名/発表者名
      彦坂 暁
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution 24

      ページ: 2648-2656

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification and expression-profiling of Xenopus tropicalis miRNAs including plant miRNA-like RNAs at metamorphosis.2007

    • 著者名/発表者名
      彦坂 暁
    • 雑誌名

      FEBS Letter 581

      ページ: 3013-3018

    • 査読あり
  • [雑誌論文] PCR detection of excision suggests mobility of the medaka fish Toll transposable element in the frog Xenopus laevis.2007

    • 著者名/発表者名
      彦坂 暁
    • 雑誌名

      Genetical Research 89

      ページ: 201-206

    • 査読あり
  • [学会発表] ツメガエルのトランスポゾンTxpBは今も転移活性を保持しているか?2007

    • 著者名/発表者名
      彦坂 暁
    • 学会等名
      日本動物学会
    • 発表場所
      弘前大学
    • 年月日
      2007-09-22
  • [学会発表] 植物miR159と同じ配列をもつmiRNA種のツメガエル発生における発現について2007

    • 著者名/発表者名
      河原 明
    • 学会等名
      日本動物学会
    • 発表場所
      弘前大学
    • 年月日
      2007-09-20
  • [学会発表] ツメガエルのトランスポゾンTxpB-Kobutaはホストに「家畜化」されている2007

    • 著者名/発表者名
      彦坂 暁
    • 学会等名
      日本進化学会
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2007-09-01

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公開日: 2010-02-04   更新日: 2016-04-21  

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