• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2007 年度 実績報告書

大規模EST情報からの遺伝子発現パターンを利用した有用遺伝子の探索手法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 19651084
研究機関東京大学

研究代表者

矢野 健太郎  東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 特任助教 (00446543)

研究分担者 清水 顕史  滋賀県立大学, 環境科学部, 助教 (40409082)
山根 京子  大阪府立大学, 生命環境科学研究科, 助教 (00405359)
キーワード生体生命情報学 / ゲノム / 遺伝子 / 遺伝子発現 / バイオインフォマティクス
研究概要

本研究は、研究代表者(矢野 健太郎・東京大学)および研究分担者(清水 顕史・滋賀県立大学、山根 京子・大阪府立大学)による研究体制で実施しており、ESTのアセンブルより得られる遺伝子発現プロファイルを用いて、有用な遺伝子を探索するための統計解析手法とその視覚化法の開発を行っている。
平成19年度には、有用遺伝子の探索に用いるEST情報の収集、EST情報に基づく有用遺伝子発見のための統計解析手法の構築、三次元ビューワーの開発などを進めた。解析に用いるESTとして、これまでに、トマトやカキの果実登熟過程などに関わるESTやヒトの疾患に関連するcDNAライブラリー由来のESTなどを収集している。また、統計学の専門知識をもつ矢野および清水が独立して解析手法の開発を進め、両者の手法と結果を比較検討することで、より頑健性の高い統計手法の構築を行った。そして、例題データセットを用いた解析から、構築した手法の有用性評価を行った。三次元ビューワーの構築では、コンピューター言語Java3Dを用い、マウスやキーボードの操作によって、モニター上で三次元プロット図の拡大、縮小、平行移動や回転を可能とする視覚化法の開発を進めており、現時点までに、各遺伝子の発現プロファイルを簡便に把握し得る視覚化法の構築に成功している。
平成20年度には、統計解析手法と視覚化法の開発を継続して行う。統計解析手法の開発では、平成19年度に収集したEST情報を用いて、実データからの遺伝子発見を可能とする、より実用性の高い手法の確立を目指す。また、解析した結果に対して、有用遺伝子を容易に識別し得る検索システムを備えた三次元ビューワーの開発を行う。

  • 研究成果

    (3件)

すべて 2008 2007

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (2件)

  • [雑誌論文] Expressed sequence tags from persimmon at different developmental stages.2008

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa T.
    • 雑誌名

      Plant cell reports 27

      ページ: 931-938

    • 査読あり
  • [学会発表] A New Method For Gene Discovery In Large-Scale Gene Expression Data2008

    • 著者名/発表者名
      Kentaro Yano
    • 学会等名
      Plant & Animal Genomes XVI Conference
    • 発表場所
      San Diego, USA
    • 年月日
      20080112-16
  • [学会発表] 大規模マイクロアレイ・データからの遺伝子発見手法2007

    • 著者名/発表者名
      矢野 健太郎
    • 学会等名
      BMB2007
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      20071211-15

URL: 

公開日: 2010-02-04   更新日: 2016-04-21  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi