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2008 年度 実績報告書

大規模EST情報からの遺伝子発現パターンを利用した有用遺伝子の探索手法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 19651084
研究機関明治大学

研究代表者

矢野 健太郎  明治大学, 農学部, 講師 (00446543)

研究分担者 清水 顕史  滋賀県立大学, 環境科学部, 助教 (40409082)
山根 京子  大阪府立大学, 生命環境科学研究科, 助教 (00405359)
キーワード生体生命情報学 / ゲノム / 遺伝子
研究概要

研究代表者(矢野健太郎)および研究分担者(清水顕史、山根京子)による研究体制で研究を行った。昨年度に構築した解析手法に基づき、解析結果を視覚化する方法を研究代表者(矢野健太郎)および研究分担者(清水顕史、山根京子)が協力して開発した。ここでは、特に、コンピューター・マウスやキーボードの操作によって、コンピューター・モニター上で三次元プロット図の拡大、縮小、平行移動や回転を可能とした。本年度は、さらに、統計学の専門知識をもつ矢野および清水が独立して、対応分析を用いたEST情報からの遺伝子発現パターン解析手法の開発などを行った。この個別の作業により、両者の結果の一致性を検証し、開発手法の頑健性の向上を図ることができた。そして、例題データセットを用いた解析と手法の有用性の評価を行った。
また、昨年度に収集した公開データベースからのヒトや植物のEST情報から、植物遺伝の専門知識をもつ山根が、cDNAの由来や遺伝子機能に関する詳細情報の収集と整理を実施した。それらのデータに対して、矢野がESTのアセンブル解析を行い、発現遺伝子の配列と生物学的機能を推定した。次いで、矢野、清水、山根により、開発した手法を上記の実データに対して適用し、開発手法を評価・修正することによって、大規模EST情報からの有用遺伝子の探索手法を確立した。さらに、簡便な操作で解析と視覚化を可能とするJava言語に基づくソフトウェア開発を行った。

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2009 2008

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (1件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Web Databases for Omics Data in Tomato2009

    • 著者名/発表者名
      Ayako Suzuki
    • 雑誌名

      J. Japan. Soc. Hort. Sci. 78

      ページ: 23-31

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A genome-wide view of miniature inverted-repeat transposable elements (MITEs) in rice, Oryza sativa ssp. Japonica.2008

    • 著者名/発表者名
      Nobuhiko Oki
    • 雑誌名

      Genes Genet. Syst. 83

      ページ: 321-329

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Omics databases in plant science : key to systems biology2008

    • 著者名/発表者名
      Keita Suwabe
    • 雑誌名

      Plant Biotechnology 25

      ページ: 413-422

    • 査読あり
  • [学会発表] MiBASE And KaFTom : Databases Of Transcriptome And Full-Length cDNAs Of Tomato2009

    • 著者名/発表者名
      Ayako Suzuki
    • 学会等名
      Plant & Animal Genomes XVII Conference
    • 発表場所
      アメリカ・サンディエゴ
    • 年月日
      20090110-20090114
  • [産業財産権] 特許権2009

    • 発明者名
      矢野健太郎, 清水顕史
    • 権利者名
      明治大学, 滋賀県立大学
    • 産業財産権番号
      特願2009-063273
    • 出願年月日
      2009-03-16

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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