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2007 年度 実績報告書

制限酵素修飾酵素遺伝子の利己的ライフサイクル:転移・増幅・伝達の実験室での再現

研究課題

研究課題/領域番号 19657002
研究機関東京大学

研究代表者

小林 一三  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (30126057)

研究分担者 半田 直史  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 寄付講座教員 (00396855)
小林 規子  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 研究拠点形成特任研究員 (70466829)
河合 幹彦  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 研究拠点形成特任研究員 (80451904)
キーワードゲノム構築 / ゲノム機能 / ゲノム再編 / ゲノム発現 / ゲノム維持
研究概要

大腸菌での制限修飾遺伝子を持つプラスミドの複製を阻害したときの染色体への転移が、制限酵素の活性に依存する事を証明した。そのタイムコースを詳細に追った。その産物について、染色体のISによるCo-integrate形成によるものが多数であることを示した。相同組み換えを促進する紫外線照射によって、この転移の頻度が上昇した。これらから、「まずISがプラスミドに転移し、複製停止の状態で、制限酵素による染色体切断が、プラスミドのISと染色体のISの相同組み換えを促進する。」という2段階モデルを提唱した。さらに、組み換えに関与するある遺伝子と連鎖した産物も少数得られた。
枯草菌染色体で増幅したBamHI制限修飾遺伝子について、サザン法で正確にコピー数を調べた。いったん増幅するとコピー数の速やかな減少は起きないことを示した。また、コピー数の増加に比例して、共増幅したneo遺伝子産物の活性は増加するが、BamHI制限酵素活性はあまり上昇しないことを示した。これは、この増幅が遺伝子産物の発現に利用できる可能性を示す。
修飾遺伝子間のメチル化サイト競合による制限修飾遺伝子の水平伝達の阻害を次のように証明した。2つの制限修飾系において認識配列が重複した場合,競合するサイトにおいて一方のメチル化が他方のメチル化を阻害するが制限酵素によるDNA切断は阻害しないという場合が存在する。その関係にあるHpaIIの修飾遺伝子とBamHI制限修飾遺伝子の場合、HpaII修飾遺伝子の発現誘導によってこの遺伝子の形質転換効率は著しく低下し、液体培養中では生菌数の減少と染色体DNAの分解が観察された。Ssoll修飾遺伝子とBamHI制限修飾遺伝子でも、同様の結果が得られた。制限酵素感受性配列が制限酵素で切断され細胞死に至ることが示唆された。
制限修飾遺伝子の伝達についての細胞死型防御機構を証明解析した。

  • 研究成果

    (13件)

すべて 2008 2007 その他

すべて 学会発表 (11件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [学会発表] ゲノム中で自己増幅した制限修飾遺伝子とそれに連鎖した遺伝子の発現量の増加2008

    • 著者名/発表者名
      古田芳一、鶴剛史、半田直史、小林一三
    • 学会等名
      2007年度日本農芸化学会大会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      20080324-28
  • [学会発表] Programmed cell death in defense against epigenetic DNA methylation: anovel role for methyl-specific deoxyribonucleases2008

    • 著者名/発表者名
      Fukuda E, Kaminska KH, Bujnicki JM, Kobayashi I
    • 学会等名
      Keystone Symposia (DNA Replication and Recombination)
    • 発表場所
      ニューメキシコ州(米国)
    • 年月日
      20080210-15
  • [学会発表] エピジェネティックなゲノムメチル化に対する防御機構としての利他的な死2007

    • 著者名/発表者名
      福田江里、小林一三
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会第80回日本生化学会大会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      20071211-15
  • [学会発表] 制限酵素機能とISによる制限修飾遺伝子の転移2007

    • 著者名/発表者名
      高橋規子、大橋青史、サディコフマラット、水谷一宇井陽子、小林一三
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会第80回日本生化学会大会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      20071211-15
  • [学会発表] Comparative genomics of enzymes acting on DNA2007

    • 著者名/発表者名
      Kobayasbi I
    • 学会等名
      Marie Curie Research Training Network "DNA Enzymes" Bioinformatics Workshop in Warsaw
    • 発表場所
      Warsaw, Poland
    • 年月日
      20071011-14
  • [学会発表] Death through chromosomal breakage2007

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi I
    • 学会等名
      第79回日本遺伝学会大会
    • 発表場所
      岡山
    • 年月日
      20070919-21
  • [学会発表] エピジェネティックなゲノムメチル化に対する防御としての利他的な死2007

    • 著者名/発表者名
      福田江里、小林一三
    • 学会等名
      第9回日本進化学会大会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      20070831-0902
  • [学会発表] Restriction-modification systems as selfish mobile elements: Novel structure and regulation.2007

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi I
    • 学会等名
      Enzyme Engineering Conference
    • 発表場所
      Dalian, China
    • 年月日
      20070722-27
  • [学会発表] DNA double-strand breaks, or why we die and evolve。2007

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi I
    • 学会等名
      Oregon Genetics Symposium
    • 発表場所
      Eugene, Oregon
    • 年月日
      20070712-15
  • [学会発表] 複数の制限修飾系の間でのDNAメチル化サイトの取り合いによって引き起こされる細胞死2007

    • 著者名/発表者名
      Marat Sadykov, 半田直史、鶴剛史、小林一三
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会合同大会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-13
  • [学会発表] エピジェネティックなゲノムメチル化に対する防御としての利他的な死2007

    • 著者名/発表者名
      福田江里、小林一三
    • 学会等名
      大学生命科学研究ネットワークシンポジウム2007
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-09-06
  • [図書] 近縁複数全ゲノム配列比較によるゲノム進化ダイナミクスの解明.実験医学増刊号「生命研究への応用と開発が進むバイオデータベースとソフトウェア最前線」森下真一、阿久津達也編2008

    • 著者名/発表者名
      小林一三
    • 総ページ数
      216-219
    • 出版者
      羊土社
  • [備考]

    • URL

      http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/ikobaya/

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公開日: 2010-02-04   更新日: 2016-04-21  

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