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日本の哺乳類相の系統地理や系統進化を明らかにすることを目的として、本会年も、更新世後期の本州ヒグマ出土骨標本についてミトコンドリアDNAの部分配列の遺伝子増幅とその分析技術の改良を試みた。外来DNAの混入を避けて注意深く抽出したDNAを用いて、遺伝子増幅の反応条件を改良しながら実験を行ったが、昨年度に成功しなかった標本については同じ結果であった。これは更新世の化石DNAは極度に破壊されていることを示している。今後、日本内外から出土した更新世の動物遺存体を分析対象にして、解析技術の改良を継続して行く。
一方、北海道各地の縄文時代およびオホーツク時代の遺跡から出土した人骨について、染色体上の核遺伝子(耳あか遺伝子など)の遺伝子増幅を試みたところ成功したこれまでに、オホーツク人骨についてはミトコンドリアDNA分析に成功したため、そのDNA残存状況が良好な標本を選び、核遺伝子の単一塩基多型を調べたところ、高率に耳あか遺伝子を遺伝子増幅こすることができた。その結果、北海道のオホーツク人さらに縄文人の集団における耳あか遺伝子の対立遺伝子頻度を算出できる程になった。ミトコンドリアDNAの分子系統解析により、オホーツク人は大陸と北海道との遺伝子流動の仲介になったことが明らかになりつつあるが、核遺伝子の古代DNA分析でも、オホーツク人を通した大陸から北海道への遺伝子流動が示された。なお、単一塩基多型分析の場合、得られた遺伝子増幅産物が本当に抽出された古代DNAからのものか、または、外来DNAによるものか、を判別しなければならない。それを解決するためには、分析結果の再現性を確認する必要があるため、その追加実験も行った。
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