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新規薬剤の作用解析にプロテオミックスを用いることによって、標的分子に関する知見を得、作用標的を予測するシステムを構築することを目的として研究を行った。プロテオミックス解析には2次元電気泳動を発展させた解析法であるFluorescence two-dimensional difference gelelectrophoresis(2D-DIGE)を用いた。薬剤処理HeLa細胞のプロテオーム解析を行ない、コントロールのHeLa細胞にする各蛋白質スポットの変動データを取得する事とした。複数ゲルにわたる実験であるため、実験間の対応をつけるために、全ての実験に共通するスポット番号(マスター番号)が必要である。1枚のゲルを選択し、マスター番号を定義し、蛋白質の発現量の変動データをデータベース化する事のできる様にした。データ取得後、オープンソースのデータベースシステムを用いてデータを格納する事とし、解析にもオープンソースの多変量解析ソフトを用いる事とした。PHPなどの言語を利用して、データの格納、解析などの一連の解析を行なう基本システムの構築のためプロトタイプのコードを作成した。18薬剤について薬剤処理HeLa細胞のプロテオーム解析を行なった所、本システムを用いて約300のスポットについてデータを取得し、クラスター解析を行なった。その結果、阻害剤の作用標的に応じた分類ができた。新規薬剤を解析し、本系に適応する事によって薬剤の標的を推定できる可能性が示唆された。
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