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2009 年度 実績報告書

プロテオミックス的手法を用いた薬剤作用解析システムの構築

研究課題

研究課題/領域番号 19658047
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

室井 誠  独立行政法人理化学研究所, 化合物ライブラリー評価研究チーム, 先任研究員 (30261168)

キーワードproteomic analysis / small molecule / target protein / 2D-DIGE
研究概要

昨年度に続き、薬剤標的を同定することを目的として、プロテオミックスを応用した薬剤解析システムの構築を行なった。本システムでは、二次元電気泳動を行なった全てのゲルで検出されるスポットを解析対象にするように解析系をデザインした。しかし、比較薬剤数を多くする為に解析するゲルの数が増えた場合に、現在の手法では、全てのスポットデータを欠損無く得ることが難しい為に、本方法では比較に用いることのできるスポットが減少することがわかった。そこで、約40枚のゲルを用いて再現性よく検出できた約300スポットを選出し、これらのスポットについてゲルのゆがみを補正する英国Nonlinear Dynamics社製Progenesis Same Spotsを用いることによって欠損値の無いデータを得ることした。これらのスポットを用いてクラスター解析を行なったところ、以前の方法に比べ比較できるスポットが少なくなることによるクラスタリングの精度の低下を抑制する良好な結果が得られた。これを基にデータベースシステムの変更を行った。本システムのデータベースとなる、既知化合物の解析を行ない、以前解析を行なったデータも再度スポットの定量を行ないデータベースに登録し、システム再構築した。解析のために選択したスポットのうち、いくつかの未同定のスポットの同定を行い解析時に利用できるようにシステムに登録した。クラスター解析を行ない、検討した阻害剤が作用によって分類できることを確認した。

  • 研究成果

    (2件)

すべて 2009

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (1件)

  • [雑誌論文] Polo-like kinase 1 phosphorylates and regulates Bcl-xL during pironetin-induced apoptosis2009

    • 著者名/発表者名
      Tamura, Y.
    • 雑誌名

      Oncogene 28

      ページ: 107-116

    • 査読あり
  • [学会発表] 薬剤処理HeLa細胞のプロテオームプロファイリングシステムの拡張2009

    • 著者名/発表者名
      室井誠, 野田和恵, 近藤久恵, 仲田優子, 星元紀, 長田裕之
    • 学会等名
      日本農芸化学会
    • 発表場所
      福岡市 福岡国際会議場
    • 年月日
      20090327-20090329

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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