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タンパク質構造解析への準備。候補タンパク質の選考とそれらをコードする遺伝子の完全長cDNAのクローニングあるいはクローンの収集。
1.Rタンパク質群。既知のR遺伝子のクローンをできるだけ集めて確認する。植物種はシロイヌナズナ、イネ、大麦、小麦、トマト、じゃがいも、タバコなどを主に用いた。これをベースに無細胞系タンパク質合成系に用いるためのテンプレートDNAをPCRを用いて作成した。テンプレート作りは96穴のプレートを用い、ハイスループットの系を確立した。理化学研究所ゲノム科学総合研究センタータンパク質結晶構造解析研究チームの白水美香子チームリーダーの研究室において合成タンパク質の可溶化の程度をハイスループットの系を用いて検討した。プライマーデザインのプログラムを用いて各ドメインだけを発現し、タンパク質を合成した。精製したタンパク質の可溶化の程度を検討した。
2.植物免疫シグナル伝達系重要タンパク質群。上記のRタンパク質群と同じように、RAR-SGT1複合体、EDS1-PAD4複合体、NPR1-TGA複合体、オキシターゼ複合体、MAPキナーゼ複合体、ユビキチンリガーゼ複合体のテンプレートDNAを作成した。材料は主にシロイヌナズナであるが、完全長cDNAがあるものはそれも試料とした。インフォマティクスをもちいてドメイン構造を予想して、各テンプレートDNAを作成した。これらのタンパク質を発現させ、タンパク質の可溶化の程度を検討した。
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