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2009 年度 研究成果報告書

ジオメトリカルフラグメントスペクトル表現に基づくタンパク質の三次元構造類似性探索

研究課題

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研究課題/領域番号 19700139
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 知能情報学
研究機関豊橋技術科学大学

研究代表者

加藤 博明  豊橋技術科学大学, 工学部, 講師 (30303704)

研究期間 (年度) 2007 – 2009
キーワード分子構造情報処理 / 三次元構造類似性 / 構造活性相関 / 生体生命情報学 / タンパク質モチーフ / 化学グラフ / 構造データマイニング / タンパク質構造分類
研究概要

本研究では、分子の三次元構造特徴を定量的に記述する新たな方法としてジオメトリカルフラグメントスペクトル(GFS)を提案した。この表現をもとに、匂い分子に対する構造類似性検索を試みた結果、トポロジカルな構造特徴は異なるものの、同じ匂い活性を持つ構造を見出すことができた。また、グリシン残基の空間配置に注目したタンパク質三次元構造の縮約表現を基礎として、タンパク質立体構造の類似性評価への応用を試み、その有用性を示した。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2009 2008 2007

すべて 学会発表 (8件)

  • [学会発表] Structural feature analysis of human olfactory receptors based on the triplet pattern2009

    • 著者名/発表者名
      Chisato Morishita, Hiroaki Kato
    • 学会等名
      第37回構造活性相関シンポジウム
    • 発表場所
      北里大学薬学部(東京都港区)
    • 年月日
      2009-11-12
  • [学会発表] 重心からの距離情報に基づく分子の三次元構造特徴解析2009

    • 著者名/発表者名
      中谷光裕, 加藤博明
    • 学会等名
      第32回情報化学討論会
    • 発表場所
      常盤工業会館(宇部市)
    • 年月日
      2009-10-30
  • [学会発表] サブユニット間の会合領域に注目したタンパク質四次構造の自動分類2009

    • 著者名/発表者名
      吉廣伸也, 加藤博明
    • 学会等名
      第32回情報化学討論会
    • 発表場所
      常盤工業会館(宇部市)
    • 年月日
      2009-10-30
  • [学会発表] ヘテロツリー表現に基づく分子の三次元構造類似性探索2008

    • 著者名/発表者名
      田中裕貴, 加藤博明
    • 学会等名
      第31回情報化学討論会
    • 発表場所
      東京大学山上会館(東京都文京区)
    • 年月日
      2008-11-14
  • [学会発表] Three-dimensional structural data mining based on Geometrical Fragment Spectra2008

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Kato, Shigeru Yoshida, Yoshimasa Takahashi
    • 学会等名
      The 8th China-Japan Joint Symposium on Drug Design and Development
    • 発表場所
      神戸国際会議場(神戸市)
    • 年月日
      2008-10-03
  • [学会発表] Structural feature analysis of transmembrane helices in human olfactory receptors2008

    • 著者名/発表者名
      Yuuji Kouga, Hiroaki Kato
    • 学会等名
      第36回構造活性相関シンポジウム
    • 発表場所
      神戸国際会議場(神戸市)
    • 年月日
      2008-10-02
  • [学会発表] Automated classification of quaternary structure of protein based on domain pattern2008

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Ogawa, Hiroaki Kato
    • 学会等名
      第36回構造活性相関シンポジウム
    • 発表場所
      神戸国際会議場(神戸市)
    • 年月日
      2008-10-02
  • [学会発表] Three-dimensional structural similarity search of molecules based on Geometrical Fragment Spectra2007

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Kato, Shigeru Yoshida, Yoshimasa Takahashi
    • 学会等名
      2007 Annual Meeting of CBI Society
    • 発表場所
      広島大学(東広島市)
    • 年月日
      2007-10-03

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公開日: 2011-06-18   更新日: 2016-04-21  

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