シュードノット構造を持つ真核生物非翻訳RNAの網羅的探索

2008 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 19700272
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 弘前大学
• 研究代表者: 種田 晃人 弘前大学, 大学院・工学研究科, 助教 (70332492)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2008
• キーワード: バイオインフォマティクス

研究概要

独自に開発したRNA構造アライメントのための遺伝的アルゴリズム(Cofolga2)と並列計算システムを用いて、酵母菌 S. serevisiaeとその近縁種6種の間でペアワイズRNA 構造アライメントによる配列比較を行い、新規非翻訳RNA候補の網羅的予測を行った。配列類似度の低い(50%以下)アライメントを予測の対象とし非翻訳RNA 候補を非タンパク質遺伝子コード領域から714個、タンパク質遺伝子コード領域から1,311個予測することができた。

研究成果

• [雑誌論文] An efficient genetic algorithm for structural RNA pairwise alignment and its application to non-coding RNA discovery in yeast (2008)
  • 著者名/発表者名: A. Taneda
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 9 ページ: 521
  • 査読あり
• [雑誌論文] Pairwise genome comparison for finding functional RNAs with low sequence identity (2007)
  • 著者名/発表者名: A. Taneda
  • 雑誌名: The Proceedings of the 2007 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics ページ: 070-1-070-2
  • 査読あり
• [学会発表] Computational RNA sequence design (2009)
  • 著者名/発表者名: A.Taneda
  • 学会等名: The Third General Meeting of ACCMS-VO (Asian Consortium on Computational Science - Virtual Organization)
  • 発表場所: Matsushima,Miyagi,Japan
  • 年月日: 20090216-18
• [学会発表] A Sampling Approach for Predicting Single-Stranded Regions in the Consensus Structure of Aligned RNA Sequences (2008)
  • 著者名/発表者名: A. Taneda
  • 学会等名: THE 2nd TAIWAN-JAPAN YOUNG RESEARCHERS CONFERENCE ON COMPUTATIONAL AND SYSTEMS BIOLOGY
  • 発表場所: Odaiba, Tokyo, Japan
  • 年月日: 20081104-1106
• [学会発表] Pairwise genome comparison for finding functional RNAs with low sequence identity (2007)
  • 著者名/発表者名: A.Taneda
  • 学会等名: The 2007 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: 日本科学未来館, 東京都江東区
  • 年月日: 20071217-19
• [学会発表] 塩基対形成確率アライメントとサポートベクターマシーンによる非翻訳RNA予測 (2007)
  • 著者名/発表者名: 種田晃人
  • 学会等名: 新しいRNA/RNPを見つける会
  • 発表場所: 理化学研究所バイオリソースセンター, 茨城県つくば市
  • 年月日: 20070905-06
• [学会発表] C/D or H/ACA snoRNP proteins do not influence the nucleolar localization of C. elegans CeR-2/CeN21 RNA (2007)
  • 著者名/発表者名: Y.Hokii, M. Shimoyama, A.Taneda et al.
  • 学会等名: 16TH INTERNATIONAL C. ELEGANS MEETING
  • 発表場所: University of California, Los Angeles, USA.
  • 年月日: 20070627-0701
• [学会発表] Alignment, gene finding, and clustering of structural RNAs by an efficient genetic algorithm (2007)
  • 著者名/発表者名: A.Taneda
  • 学会等名: 15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) & 6th European Conference on Computational Biology (ECCB)
  • 発表場所: Vienna, Austria
  • 年月日: 20070621-0625
• [備考]
  • URL: http://rna.eit.hirosaki-u.ac.jp/cofolga2/new/