発現構造比較による網羅的なトランスクリプトーム解析手法の開発

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 19700275
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 瀬尾 茂人 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 助教 (30432462)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2009
• キーワード: 生物情報学 / 類似構造探索 / トランスクリプトーム解析 / 発現プロファイル / ゲノム

研究概要

CAGE(Cap Analysis Gene Expression)法によって得られた発現プロファイルに基づくトランスクリプトーム解析手法に関する研究を行った.このデータを用いることで発現プロファイルとゲノム上の位置を関連付けて解析することができるのが利点である.本研究では,ゲノム上での位置と遺伝子の発現量の示すパターンの類似性を網羅的に探索する手法や,さらにこれを応用し,最尤推定アルゴリズムによって各遺伝子の組織特異的な選択的スプライシングを解析する手法を開発した.

研究成果

• [雑誌論文] Improved prediction method for protein interactions using both structural and functional characteristics of proteins (2010)
  • 著者名/発表者名: Tatsuya Yoshikawa, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Bioinformatics vol.3 ページ: 10-23
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Combination Method of the Tanimoto Coefficient and Proximity Measure of Random Forest for Compound Activity Prediction (2008)
  • 著者名/発表者名: Gen Kawamura, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Bioinformatics Vol.49No.SIG5 ページ: 46-57
• [雑誌論文] A Distributed-Processing System for Accelerating Biological Research using Data-Staging (2008)
  • 著者名/発表者名: Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Susumu Date, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Bioinformatics Vol.49,No.SIG5 ページ: 58-64
• [学会発表] An approach for efficient computational analysis of massive RNA-Seq data (2009)
  • 著者名/発表者名: 石川元一, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2009-12-11
• [学会発表] A method for analysis of tissue-specific alternative transcripts using CAGE tags (2008)
  • 著者名/発表者名: Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
  • 学会等名: Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2008)
  • 発表場所: Toronto, Canada
  • 年月日: 2008-07-21
• [学会発表] A Clustering Method for Expression Patterns of Transcription Starting Sites (2008)
  • 著者名/発表者名: Mitsuru Jikeya, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
  • 学会等名: Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2008)
  • 発表場所: Toronto, Canada
  • 年月日: 2008-07-21
• [学会発表] CAGE発現プロファイルを用いた転写開始点の発現パターンのクラスタリング手法 (2008)
  • 著者名/発表者名: 寺家谷満, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
  • 学会等名: 日本分子生物学会第8回春季シンポジウム
  • 発表場所: 京王プラザホテル札幌
  • 年月日: 2008-05-26
• [学会発表] グラフ構造を用いた組織特異的な選択的スプライシングの解析手法 (2007)
  • 著者名/発表者名: 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
  • 学会等名: 日本分子生物学会第30回大会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-11