2008 年度実績報告書

自由エネルギー地形解析による異常プリオンタンパク質のフォールディング原理の解明

研究課題

研究課題/領域番号	19700279
研究機関	独立行政法人産業技術総合研究所
研究代表者	関嶋政和独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 研究員 (80371053)
キーワード	生命情報工学 / 分子動力学シミュレーション / タンパク質 / 隠れマルコフモデル / フォールディング
研究概要	自由エネルギー地形とフォールディング経路解析によるプリオンタンパク質のフォールディング原理の解明次に述べる生物種由来のプリオンタンパク質に関して500Kのアンフォールディングシミュレーションを30ナノ秒で25通り行い解析法を適用。 (a)ヒツジ(b)シカ(c)ネコ(d)ブタ(e)イヌ種ごとの自由エネルギー地形を比較することで、それぞれの構造転換へのエネルギー障壁の大きさを(構造転換の容易さ)求めた。この結果から種ごとの自由エネルギー地形とフォールディング経路を比較することで、それぞれの構造転換へのエネルギー障壁の大きさを(構造転換の容易さ)求めた。ウシとマウス及び(a)〜(d)にはプリオン病を発病するという報告があるが(e)に関してのみ報告がないことから、クラスタリングを行い隠れマルコフモデルによる解析を行うことで、生物種間の差異を進めている。