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2007 年度 実績報告書

高次元オミックスデータとヘテロ医療診断データの統合的解析法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 19710172
研究機関奈良先端科学技術大学院大学

研究代表者

大羽 成征  奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 助教 (80362838)

キーワード遺伝子発現量データ / 多変量解析 / 多重検定 / 行列因子化
研究概要

近年の臨床医学データ解析では臨床診断情報に加えて遺伝子発現量やSNPなどの高次元変量オミックスデータを同時に扱う必要があるため(1)各症例の特徴を示す変量の高次元性・ヘテロ性・欠測などの問題,(2)解析結果出力時の統計的検定多重性の問題への対応が難しい.本研究課題ではこれらを統一的に解決する方法の開発と普及を目指している.私はまず欠測を含む行列形データの因子化を柔軟な確率モデルで記述することで(1)の問題を扱うための基本的プラットフォームとした(これは本研究の計画段階で中心においていた確率的正準相関解析(CCA)の一般化という位置づけ).とくに欠測の構造にヘテロ性が入っている場合にスパースな因子負荷行列を求める「確率的ヘテロ成分分析」(NIPSスポットライトトークに選ばれる),各成分と各症例の信頼性の違いが同時に存在する場合を考慮して重み付けを工夫した因子分解法「縦横二方向因子分析」(IBIS,AROBなど),データがデジタル値である場合に同様の因子分解を行う「重みつきマージン最大化行列分解」(AROB)を開発し発表した.(2)については,多重検定における統計的有意性スコア最適化原理(ODP)の理論と応用に関する研究を進めた.とくにODPの推定法を改善し検出力を向上する工夫(NC研究会)および,二値共変量との間に有意な関係を持つ遺伝子の検出問題において,関係のパターンに関する情報を取り入れることで検出力を高めたアイディア(IBIS)を発表した.高次元変量データを疾病診断などの症例分類につなげる方法論の研究には一段落がつきつつあるが,疾病のメカニズムに迫るためのデータ解析の手法にはまだ大きな進歩の余地がある.次年度では(1)と(2)の方向性を統合する手法開発と,その普及を目指す予定である.

  • 研究成果

    (11件)

すべて 2008 2007 その他

すべて 学会発表 (10件) 備考 (1件)

  • [学会発表] 多重検定におけるODP統計量の有効な推定2008

    • 著者名/発表者名
      野村 啓仁, 大羽 成征, 石井 信
    • 学会等名
      ニューロコンピューティング研究会
    • 発表場所
      玉川大学
    • 年月日
      20080312-14
  • [学会発表] Two-Way Factor Analysis for Missing Value Estimation of Matrix Data.2008

    • 著者名/発表者名
      袖林 和宏, 大羽 成征, 石井 信
    • 学会等名
      International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 13th '08)
    • 発表場所
      別府
    • 年月日
      20080131-0202
  • [学会発表] Re-weighted ODP for differential gene expression analysis.2008

    • 著者名/発表者名
      野村 啓仁, 大羽 成征, 石井 信
    • 学会等名
      International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 13th '08)
    • 発表場所
      別府
    • 年月日
      20080131-0202
  • [学会発表] Collaborative filtering based on a Weighted Maxtmum Margin Matrix Factorization.2008

    • 著者名/発表者名
      古谷 允宏, 大羽 成征, 石井 信
    • 学会等名
      International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 13th '08)
    • 発表場所
      別府Bconプラザ
    • 年月日
      20080131-0202
  • [学会発表] Heterogeneous Component Analysis.2007

    • 著者名/発表者名
      大羽 成征, 川鍋 一晃, K.R.Mueller, 石井 信
    • 学会等名
      21st annual conference on Neural Information Processing Systems (NIPS 2007)
    • 発表場所
      カナダ,バンクーバー
    • 年月日
      20071203-05
  • [学会発表] 二方向因子分析による行列データの欠損予測2007

    • 著者名/発表者名
      袖林 和宏, 大羽 成征, 石井 信
    • 学会等名
      情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2007)
    • 発表場所
      東京工業大学大学すずかけ台キャンパス
    • 年月日
      20071105-07
  • [学会発表] 隠れ変数モデルに基づく同時検定用統計量最適化2007

    • 著者名/発表者名
      大羽 成征, 石井 信
    • 学会等名
      情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2007)
    • 発表場所
      東京工業大学大学すずかけ台キャンパス
    • 年月日
      20071105-07
  • [学会発表] 多重検定のための検定統計量最適化:隠れ変数を仲立ちとした情報共有に基く新しいアプローチについて.2007

    • 著者名/発表者名
      大羽 成征, 石井 信
    • 学会等名
      統計関連学会連合大会
    • 発表場所
      神戸大学
    • 年月日
      20070906-09
  • [学会発表] 二方向因子分析による欠測データ予測.2007

    • 著者名/発表者名
      袖林 和宏, 大羽 成征, 石井 信
    • 学会等名
      統計関連学会連合大会
    • 発表場所
      神戸大学
    • 年月日
      20070906-09
  • [学会発表] アレイ比較ゲノムデータ正規化手法Combfitについて.2007

    • 著者名/発表者名
      大羽 成征, 冨岡 伸元, 大平 美紀, 石井 信
    • 学会等名
      バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      沖縄科学技術研究基盤整備機構シーサイドハウス
    • 年月日
      20070613-14
  • [備考]

    • URL

      http://hawaii.naist.jp/~shige-o/

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公開日: 2010-02-04   更新日: 2016-04-21  

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