トランス翻訳特異的な蛋白質SmpBが引き起こすリボソームの動態解析

2008 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 19770143
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 分子生物学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 清水 義宏 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 助教 (90401231)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2008
• キーワード: 生体高分子構造・機能 / リボソーム / トランストランスレーション / 翻訳 / tmRNA / SmpB

研究概要

トランス翻訳特異的な蛋白質SmpB が引き起こすリボソームのダイナミクスを解析するために、複数のSmpB 変異体を用いた生化学的解析を行い、SmpB のアミノ酸残基がリボソームダイナミクスに及ぼす影響を測定した。またそれらをより詳細に解析するために一分子イメージング技術を用いたSmpB/tmRNA 複合体及びリボソームの相互作用を解析する基盤構築を行った。

研究成果

• [雑誌論文] Epitope mapping using ribosome display in reconstituted cell-free protein synthesis system (2009)
  • 著者名/発表者名: Eriko Osada, Yoshihiro Shimizu, Bintang K. Akbar, Takashi Kanamori, Takuya Ueda
  • 雑誌名: J. Biochem 145 ページ: 693-700
  • 査読あり
• [雑誌論文] Single-molecule imaging of full protein synthesis by immobilized ribosomes (2008)
  • 著者名/発表者名: Sotaro Uemura, Ryo Iizuka, Taro Ueno, Yoshihiro Shimizu, Hideki Taguchi, Takuya Ueda, Joseph D. Puglisi, Takashi Funatsu
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 36 ページ: e70
  • 査読あり
• [雑誌論文] 70S ribosomes bind to Shine-Dalgarno sequences without required dissociations (2008)
  • 著者名/発表者名: Shuntaro Takahashi, Ryoko Akita, Hisao Matsuno, Hiroyuki Furusawa, Yoshihiro Shimizu, Takuya Ueda, Yoshio Okahata
  • 雑誌名: Chembiochem 9 ページ: 870-873
  • 査読あり
• [雑誌論文] Elongation factor Tu mutants expand amino acid tolerance of protein biosynthesis system (2008)
  • 著者名/発表者名: Yoshio Doi, Takashi Ohtsuki, Yoshihiro Shimizu, Takuya Ueda, Masahiko Sisido
  • 雑誌名: J. Am. Chem. Soc 9 ページ: 870-873
  • 査読あり
• [雑誌論文] Protein-based peptide-bond formation by aminoacyl-tRNA protein transferase (2007)
  • 著者名/発表者名: Kazunori Watanabe, Yukimatsu Toh, Kyoko Suto, Yoshihiro Shimizu, Natsuhisa Oka, Takeshi, Wada, Kozo Tomita
  • 雑誌名: Nature 449 ページ: 867-871
  • 査読あり
• [雑誌論文] Ribosomal protein S1 is not essential for the trans-translation machinery (2007)
  • 著者名/発表者名: Hao Qi, Yoshihiro Shimizu, Takuya Ueda
  • 雑誌名: J. Mol. Biol 368 ページ: 845-852
  • 査読あり
• [学会発表] Reconstitution of tRNA in a cell-free protein synthesis system (2008)
  • 著者名/発表者名: 清水義宏
  • 学会等名: 第17回理研CDBミーティング
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-10-14
• [学会発表] Reconstitution of tRNA in a cell-free protein synthesis system (2008)
  • 著者名/発表者名: Yoshihiro Shimizu
  • 学会等名: Synthetic Biology4.0
  • 発表場所: 香港
  • 年月日: 2008-10-10
• [学会発表] 再構築型無細胞蛋白質合成システムの開発とその応用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 清水義宏
  • 学会等名: 大阪大学蛋白質研究所セミナー
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2008-09-25
• [学会発表] 無細胞タンパク質合成系におけるtRNAの再構成 (2008)
  • 著者名/発表者名: 清水義宏
  • 学会等名: 第10回RNAミーティング
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2008-07-23
• [学会発表] 大腸菌trans-translationにおけるSmpBの機能解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 清水義宏
  • 学会等名: 第2回無細胞生命科学研究会
  • 発表場所: 柏
  • 年月日: 2007-10-19
• [学会発表] Application of PURE system, the reconstituted cell-free protein synthesis system (2007)
  • 著者名/発表者名: Yoshihiro Shimizu
  • 学会等名: Synthetic Biology 3.0
  • 発表場所: Zurich
  • 年月日: 2007-06-25
• [図書] RNA実験ノート上巻 (2008)
  • 著者名/発表者名: 清水義宏、上田卓也
  • 総ページ数: 128-130
  • 出版者: 羊土社