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2008 年度 実績報告書

遺伝多型を持つ薬物代謝酵素のリガンド認識機構についての計算機的研究

研究課題

研究課題/領域番号 19850019
研究機関東北薬科大学

研究代表者

小田 彰史  東北薬科大学, 薬学部, 助教 (50433511)

キーワード薬物代謝酵素 / 分子シミュレーション / ドラッグデザイン / ホモロジーモデリング / 分子力場
研究概要

平成20年度は薬物代謝酵素NAT2に対して基質イソニアジドのドッキングを行った。また、UGTlAlに対する分子シミュレーション計算も行い、リガンド結合部位の特徴の評価についも行った。さらにNAT2に含まれるアセチル補酵素Aの計算に必要な分子力場パラメータについても、量子化学計算を用いて算出した。まずNAT2については、分子動力学(MD)シミュレーションによる構造精密化を行った後イソニアジドをドッキングし、さらにその構造をMDシミュレーションによって再度精密化した。これによってイソニアジドがアセチル基近傍に位置するモデルが得られており、NAT2におけるイソニアジドのアセチル抱合と対応するモデルとなっているのではないかと考えられる。また、この際にNAT2のシステイン残基と補酵素A(あるいはアセチル補酵素A)との間の結合形成・解離がイソニアジドの分子認識に影響を与えている可能性についても示唆された。またUGTlAlについては、前年度に得られたホモロジーモデルに対してMDシミュレーションによる構造精密化を行い、さらにリガンド結合ポケットの探索によってそのリガンド認識部位の同定も行った。この際、ジスルフィド結合の有無がUGTlAlの活性に与える影響についても推測を行った。さらにシミュレーションに必須の力場パラメータの算出においては、高精度計算手法CCSD(T)/aug-ccpVTZを用いて算出した。
薬物代謝酵素の遺伝多型は、医薬品の薬効および副作用の発現に深く関与している。本年度の成果より代謝酵素NAT2およびUGTlAlのリガンド認識に一定の知見が得られており、副作用予測等において有用となることが期待できる。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2008 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (5件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Brownian dynamics simulations of a wild type and mutants of bovine pancreatic trypsin inhibitors2008

    • 著者名/発表者名
      小田彰史
    • 雑誌名

      Biological & Pharmaceutical Bulletin 31

      ページ: 2182-2186

    • 査読あり
  • [雑誌論文] ウリジンニリン酸グルクロン酸転移酵素IAIの立体構造予測2008

    • 著者名/発表者名
      小田彰史
    • 雑誌名

      東北薬科大学研究誌 55

      ページ: 85-90

    • 査読あり
  • [学会発表] チオェステル基周辺の構造変化に伴ったエネルギーの変化に関する量子化学的研究2008

    • 著者名/発表者名
      小田彰史
    • 学会等名
      第46回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2008-12-04
  • [学会発表] Computational Studies for Ligand Recognition Mechanisms of Drug Metabolizing Enzymes by Using Molecular Simulations2008

    • 著者名/発表者名
      小田彰史
    • 学会等名
      The 2nd Taiwan-Japan Young Researchers Conference on Computational and Systems Biology
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-11-05
  • [学会発表] NAT2の補酵素およびアミノ酸残基がイソニアジドのドッキングに果たす役割についての計算機的研究2008

    • 著者名/発表者名
      小田彰史, 高橋央宜
    • 学会等名
      第36回構造活性相関シンポジウム
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2008-11-02
  • [学会発表] Computational studies for the role of the disulfide bond in UGTIAI by using homology modeling and molecular dynamics simulations2008

    • 著者名/発表者名
      小田彰史
    • 学会等名
      CBI Annual Meeting 2008 International Symposium
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-10-23
  • [学会発表] N-アセチルトランスフェラーゼ2の基質認識部位に関する計算化学的検討2008

    • 著者名/発表者名
      小田彰史, 高橋央宜
    • 学会等名
      日本分子生物学会第8回春季シンポジウム
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2008-05-26
  • [備考] 所属研究室のwebページ

    • URL

      http://www.tohoku-pharm.ac.jp/laboratory/yakuhinb/

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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