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核内で転写されたmRNA前駆体は、スプライシングやpoly(A)鎖付加等を経て成熟mRNAとなり、迅速に細胞質へと輸送され蛋白質翻訳の鋳型となる。ところがmRNA様ノンコーディングRNAであるGomafuの転写産物は、成熟したmRNAの特徴を備えているにも関らず細胞質に輸送されず核内に留まり、多数のドット状の顆粒を形成するという非常にユニークな性質を示す。Gomafu RNAの局在は既知の核内構造体マーカーの何れとも重ならず、新規の核内構造体を形成すると考えられる。本研究ではGomafu RNAの含まれる新規構造体の構成成分、Gomafu RNAの核内保持機能を明らかにすることにより、Gomafuの機能解析を目指す。
本年度は、Gomafuの配列で進化の過程で保存されている領域の中に、UACUAACという7残基の配列が繰り返していることに気が付いた。このUACUAACを3個含む領域のGomafu RNAを合成し、ビオチン化し、マウス神経細胞の可溶化溶液と混合後ストレプトアビジンビーズで沈降し、変異を含むコントロールRNAと比べ特異的に結合した蛋白質をマス解析で同定したところ、Splicing factor 1(SF1/BBP)とhnRNP A/Bであった。SF1は、スプライシング初期にイントロン上のブランチポイント配列であるYUNAYに結合し、スプライソソーム形成に寄与する。そこで上記の合成RNAを用いたpull down法によりSF1の親和性を調べた所、SF1はYUNAYよりUACUAACに対しより親和性が高いことがわかった。よってGomafuは高親和性でSF1を保持しており、スプライシング時に何らかの役割を果たしていることが示唆された。
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