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2020 年度 実績報告書

時間分解構造解析を活用した一酸化窒素還元酵素の構造ダイナミクス研究

研究課題

研究課題/領域番号 19H00926
研究機関兵庫県立大学

研究代表者

城 宜嗣  兵庫県立大学, 生命理学研究科, 教授 (70183051)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2023-03-31
キーワード一酸化窒素還元酵素 / 脱窒 / 嫌気呼吸 / 髄膜炎菌 / 緑膿菌 / クライオ電子顕微鏡 / 時間分解解析
研究実績の概要

緑膿菌の一酸化窒素還元酵素(cNOR)と髄膜炎菌の一酸化窒素還元酵素(qNOR)を研究対象とした。cNORに関しては、caged NO(紫外光照射によりNOを放出)と 時間分解分光解析を組み合わせた測定により、三段階のステップで反応が進行する独自の反応機構を論文として報告した。この反応機構では、2つの短寿命反応中間体が生成するが、第一の反応中間体(数マイクロ秒の寿命)の電子状態・配位構造に関しては、 時分割赤外分光とESR測定に成功し、非ヘム鉄にNOが一分子配位した構造を提案できた。第二の反応中間体(数百マイクロ秒の寿命)に関しては確定していなかった。そこで、プロトンの供給を遮断して第二反応中間体の寿命を長くした変異体(E57A)のESR測定を試みた。以上に加えて、この2つの短寿命反応中間体の結晶構造解析を目指して、嫌気条件下、caged NO存在下でのcNORの結晶作成の条件を検討した。
cNORとの反応機構に相違があるのかを確認する目的で、髄膜炎菌qNORとcagedNOを用いた時間分解仏光測定を行った。反応速度はqNORの方が速いが、cNOR同様に三段階の反応ステップで反応が進行することを確認した。
髄膜炎菌qNORの低温電子顕微鏡(クライオEM)を用いた溶液構造の分解能をより高くする目的で、二量体と単量体のqNORとナノディスク複合体の調製条件の詳細に検討した。電子供与体の結合部位周辺のアミノ酸残基に変異を導入し、それら変異体の活性を測定し、大きく低下していることを確認した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

一酸化窒素還元酵素cNORの酵素反応中に現れる短寿命反応中間体のうち、第一の反応中間体(寿命;数マイクロ秒)の解析は順調に進んだが、第二反応中間体 (寿命が数百マイクロ秒)の電子状態と配位構造は確定できていない。 これらの反応中間体の安定化に、77Kでのcaged NOの紫外光照射(クライオフォトリシス法)と185Kへのアニーリングの手法が使える事が分かったので、E57A変異体を用いてESR測定を行う。なた、この手法をcNOR結晶に適用してcNOR第一反応中間体の構造解析の可能性が高くなった。
髄膜炎菌qNORがクライオ電子顕微鏡解析が進み、さまざまな状態で高い分解能の構造を得る事ができる膜タンパク質である事がわかった。

今後の研究の推進方策

引き続き、変異体(E57A)を用いてcNORの第二反応中間体の捕捉をESR測定で行う予定である。
さらに、クライオフォトリスとアニーリング法を適用し、cNORの第一反応中間体のX線結晶構造解析を行う。
髄膜炎菌qNORの単量体、二量体の阻害剤・電子供与体結合型とナノディスク複合体のクライオ電子顕微鏡構造解析を行う。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 1件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (2件) (うち招待講演 2件) 図書 (1件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] University of Liverpool/University of Leeds(英国)

    • 国名
      英国
    • 外国機関名
      University of Liverpool/University of Leeds
  • [雑誌論文] Impact of Membrane Protein-Lipid Interactions on Formation of Bilayer Lipid Membrabes on SAM-modified Gold Electrode2021

    • 著者名/発表者名
      M. Kato, Y. Masuda, N. Yoshida, T. Tosha, Y. Shiro, I. Yagi
    • 雑誌名

      Electrochim. Acta

      巻: 373 ページ: 137888

    • DOI

      10.1016/j.electacta.2021.137888

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] NO Dynamics in Bacterial Denitrification System2021

    • 著者名/発表者名
      T. Tosha, R. Yamagiwa, H. Sawai, Y. Shiro
    • 雑誌名

      Chemistry Letter

      巻: 50 ページ: 280-288

    • DOI

      10.1246/cl.200629

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Heme controls the structural rearrangement of its sensor protein mediating the hemolytic bacterial survival2021

    • 著者名/発表者名
      Nishinaga Megumi、Sugimoto Hiroshi、Nishitani Yudai、Nagai Seina、Nagatoishi Satoru、Muraki Norifumi、Tosha Takehiko、Tsumoto Kouhei、Aono Shigetoshi、Shiro Yoshitsugu、Sawai Hitomi
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 4 ページ: 467

    • DOI

      10.1038/s42003-021-01987-5

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Active Form of Quinol-dependent Nitric Oxide Reductases (qNOR) from Neisseria meningitidis is a Dimer2020

    • 著者名/発表者名
      M. A. M. Jamali, C. C. Gopalasingam, R. M. Johnson, T. Tosha, K. Muramoto, S. P. Muench, S. V. Antonyuk, Y. Shiro, S. S. Hasnain
    • 雑誌名

      IUCr J.

      巻: 7 ページ: 404-415

    • DOI

      10.1107/S2052252520003656

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Timing of NO binding and Protonation in Catalytic Reaction of Bacterial Nitric Oxide Reductase Proved by Time-Resolved Spectroscopic System2020

    • 著者名/発表者名
      H. Takeda, T. Kimura, T. Nomura, A. Yokota, A. Matsubayashi, S. Ishii, Y. Shiro, M. Kubo, T. Tosha
    • 雑誌名

      Bull. Chem. Soc. Japan

      巻: 93 ページ: 825-833

    • DOI

      10.1246/bcsj.20200038

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 分子構造を基盤にしたヘムタンパク質・ヘム酵素の機能解明2020

    • 著者名/発表者名
      城 宜嗣
    • 雑誌名

      BJSCC

      巻: 75 ページ: 51-56

    • 査読あり
  • [学会発表] 分子構造を基盤にした鉄結合タンパク質の機能解明:Functional Studies of Iron-Related Proteins on Molecular Basis2021

    • 著者名/発表者名
      城 宜嗣
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会
    • 招待講演
  • [学会発表] 『生命金属科学』のめざすところ2020

    • 著者名/発表者名
      城 宜嗣
    • 学会等名
      CSJ化学フェスタ
    • 招待講演
  • [図書] 生命金属ダイナミクス 生体内における金属の挙動と制御2021

    • 著者名/発表者名
      城 宜嗣・津本浩平
    • 総ページ数
      511
    • 出版者
      NTS
    • ISBN
      978-4-86043-706-0
  • [備考] 兵庫県立大学大学院理学研究科細胞膜超分子複合体機能解析学講座

    • URL

      http://www2.riken.jp/biometal/index.htm

  • [備考] 兵庫県立大学大学院理学研究科細胞制御Ⅱ講座

    • URL

      https://www.sci.u-hyogo.ac.jp/life/regulation/index-j.html

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公開日: 2021-12-27  

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