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2022 年度 実績報告書

時間分解構造解析を活用した一酸化窒素還元酵素の構造ダイナミクス研究

研究課題

研究課題/領域番号 19H00926
研究機関兵庫県立大学

研究代表者

城 宜嗣  兵庫県立大学, 理学研究科, 特任教授 (70183051)

研究分担者 村本 和優  兵庫県立大学, 理学研究科, 准教授 (50305679)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2023-03-31
キーワード一酸化窒素還元酵素 / 脱窒 / 嫌気呼吸 / 髄膜炎菌 / 低温電子顕微鏡 / 時間分解構造解析
研究実績の概要

バクテリアの一酸化窒素還元酵素はヘム鉄と非ヘム鉄よりなる複核錯体を反応中心として、以下の酵素班のを触媒する:2NO + 2H+ + 2e- --> N2O + H2O。緑膿菌の一酸化窒素還元酵素(cNOR)と髄膜炎菌の一酸化窒素還元酵素(qNOR)を研究対象とした。今までに、cNORの酵素反応は2つの短寿命反応中間体を生成を ふくむ三段階の素反応で進む事を明らかにし、第一反応中間体(マイクロ秒の寿命)は、一分子の NOが非ヘム鉄に配位した状態であると提案した(本年度に論文として発表した)。一方、第二反応中間体(数 ミリ秒の寿命)は、電子状態と配位構造の決定を様々な手法で試みたが、この中間体は赤外吸収スペクトル並びにESRスペクトルに不活性であり、いまだに確定できていない。現在では、一分子のNOがヘム鉄と非ヘム鉄に架橋した構造の可能を考えている。
さらに、低温電子顕微鏡法により、qNORの二量体と単量体の構造解析に成功し、両構造を詳細に比較した。二量体形成の接触ヘリックスの構造が、単量体では揺らいでいることが明らかになった。このヘリックスは酵素反応に必要なプロトンの供給経路を形成していることから、この構造揺らぎの結果、単量体は二量体に比して極めて活性が低いと結論した。
NORが好気呼吸酵素であるチトクロム酸化酵素の祖先型酵素に着目して、病原菌の呼吸阻害による抗菌薬の設計を目指して、cNORとqNORの阻害剤検索を行った。いくつかの候補化合物を見出したので、低温電子顕微鏡法を用いて、その中の有力な化合物とcNORの複合体の構造解析を行った。解析が進行中である。加えて、qNORの酵素反応のなかで電子伝達機構の解明を目指して、このステップを阻害する化合物とqNORの構造解析を行った。阻害機構の解析と合わせて、現在論文作成中である。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2023 2022

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Trapping of a Mononitrosyl Nonheme Intermediate of Nitric Oxide Reductase by Cryo-Photolysis of Caged Nitric Oxide2023

    • 著者名/発表者名
      Takeda Hanae、Shimba Kanji、Horitani Masaki、Kimura Tetsunari、Nomura Takashi、Kubo Minoru、Shiro Yoshitsugu、Tosha Takehiko
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 127 ページ: 846~854

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c05852

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural basis for heme detoxification by an ATP-binding cassette?type efflux pump in gram-positive pathogenic bacteria2022

    • 著者名/発表者名
      Nakamura Hiro、Hisano Tamao、Rahman Md. Mahfuzur、Tosha Takehiko、Shirouzu Mikako、Shiro Yoshitsugu
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 119 ページ: -

    • DOI

      10.1073/pnas.2123385119

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Author Correction: Identifying antibiotics based on structural differences in the conserved allostery from mitochondrial heme-copper oxidases2022

    • 著者名/発表者名
      Nishida Yuya、 et al., Shiro Yoshitsugu、Honma Teruki、Shigeta Yasuteru、Kubo Minoru、Takashima Seiji、Shintani Yasunori
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 ページ: -

    • DOI

      10.1038/s41467-022-35600-y

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Capacity of extracellular globins to reduce liver fibrosis via scavenging reactive oxygen species and promoting MMP-1 secretion2022

    • 著者名/発表者名
      Hieu Vu Ngoc、Thuy Le Thi Thanh、Hai Hoang、Dat Ninh Quoc、Hoang Dinh Viet、Hanh Ngo Vinh、Phuong Dong Minh、Hoang Truong Huu、Sawai Hitomi、Shiro Yoshitsugu、Sato-Matsubara Misako、Oikawa Daisuke、Tokunaga Fuminori、Yoshizato Katsutoshi、Kawada Norifumi
    • 雑誌名

      Redox Biology

      巻: 52 ページ: 102286~102286

    • DOI

      10.1016/j.redox.2022.102286

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Elucidation of Mechanisms for Catalytic Reaction of Nitric Oxide Reductases by Time-resolved Techniques2022

    • 著者名/発表者名
      T. Tosha, H. Takeda, Y. Shiro and M. Kubo
    • 学会等名
      International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines (ICPP-12)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Molecular Mechanism of NO Reduction Catalyzed by Fe-containing Nitric Oxide Reductases2022

    • 著者名/発表者名
      Y. Shiro
    • 学会等名
      8th Asian Conference on Coordination Chemistry (ACCC8)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] ヘムタンパク質の科学2022

    • 著者名/発表者名
      城 宜嗣、青野 重利、齋藤 正男
    • 総ページ数
      472
    • 出版者
      エヌ・ティー・エス
    • ISBN
      978-4-86043-778-7

URL: 

公開日: 2023-12-25  

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