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同一の遺伝子変異を有する細胞から構成される細胞集団であっても、増殖能や分化度は多様であり、がん幹細胞をコアとするエピゲノム多様性が存在する。悪性化メカニズムの理解にはがん幹細胞あるいは薬剤耐性パーシスター細胞の維持および細胞分化異常に関わるエピゲノム制御機構の解明が重要と考えられる。
１）幹細胞複製に重要なWntシグナルの制御に関わる長鎖ノンコーディング（lnc）RNAの機能解析を継続した。ヒト大腸がん細胞で同定した増殖制御に関与するlncRNAはβカテニンの直接標的であり、大腸がんのみならず、βカテニン変異を有する肝細胞がんや肝芽腫においても高発現を示し、WNTシグナルによる細胞増殖を維持するために重要な因子と考えられた。ナノポアロングリードによる全長トランスクリプトーム解析により主要な全長転写産物を同定し、FISH解析により核スペックル様の局在を示した。
２）抗がん剤治療に対して増殖を停止した状態でパーシスターとして腫瘍細胞が残存することが知られる。抗がん剤処理により、大腸がんオルガノイドが増殖停止、再増殖開始するモデルを用いて、再増殖フェーズの一細胞トランスクリプトームおよびATAC解析によって、WNTシグナル活性化に先立ってアクセシビリティが更新するエンハンサー領域に濃縮されるパイオニア転写因子候補を同定した。
３）ロングリード解析により、塩基変異に加えて構造異常やDNA修飾の検出が可能となり、見いだされたアレル特異的なDNAメチル化異常と構造異常との関連を検討した。
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