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2023 年度 実績報告書

珪藻ピレノイドの機能から読み解く、海洋二次葉緑体のグローバルインパクト

研究課題

研究課題/領域番号 19H01153
研究機関関西学院大学

研究代表者

松田 祐介  関西学院大学, 生命環境学部, 教授 (30291975)

研究分担者 田中 厚子  琉球大学, 理学部, 准教授 (40509999)
原田 尚志  鳥取大学, 工学研究科, 准教授 (50640900)
嶋川 銀河  関西学院大学, 生命環境学部, 助教 (60853885)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2024-03-31
キーワード海洋性珪藻 / 二次葉緑体 / ピレノイド / 一次生産 / 光合成
研究実績の概要

海洋性珪藻類の葉緑体ピレノイド構造・機能と地球生態系への影響を定量する分子モデルを羽状目Phaeodactylum tricornutum(Pt)および中心目Thalassiosira pseudonana(Tp)を用いて構築した。
①両珪藻のPyShellに相互作用する因子のなかにあった2つは未知天然変性タンパク質に対し、CRSPR/Cas9によるゲノム編集を行い、現在選抜中である。一方、Bestおよびθ型炭酸脱水酵素(CA)の相互作用因子として、プロトン輸送体候補、酸化還元因子、天然変性タンパク質と考えられる因子が得られた。現在これらの局在解析とゲノム編集破壊を行っている。②①で取得した新規相互作用タンパク質の局在解析の結果、天然変性タンパク質は葉緑体周辺に検出されたが、GFPによる局在不良の可能性があった。③CRISPR/Cas9により、TpBest1の破壊株は野生型に比べて30%程度低い光合成親和性を示した。PtBest1破壊株も高CO2生育野生株と同レベルの低親和性光合成を示した。ピレノイド型PtβCA1,2を同時に破壊することに成功したが、この変異体はPtθCA1およびTpPyshellの破壊株と同様、抑制レベルを通り越してCCMがほぼ機能しないことが分かり、珪藻のピレノイド機能が0.2%程度の高CO2でも必要であることが判明した。葉緑体包膜因子であるι型CAのゲノム編集破壊を行ったが、光合成効率および生育速度に変化は見られなかった。④珪藻ピレノイドは中心を貫通するチラコイド膜をもち、Pyshellがその構造を形成する。このチラコイド膜がBestとβおよびθCAの働きで、CO2発生装置としてRubiscoにCO2を供給し、ピレノイドCAがCO2漏出バリアとなる分子モデルが完成した。⑤上記ピレノイド因子は海洋メタゲノム解析から、世界の海洋で高発現することが分かった。

現在までの達成度 (段落)

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

備考

研究業績・雑誌論文の、https://doi.org/10.1101/2023.10.25.564039 については、現在Cell誌にてレバイス原稿を審査中

  • 研究成果

    (37件)

すべて 2024 2023 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 3件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (21件) (うち国際学会 8件、 招待講演 2件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] CEA(フランス)

    • 国名
      フランス
    • 外国機関名
      CEA
  • [国際共同研究] University of Konstanz(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      University of Konstanz
  • [国際共同研究] University of Basel(スイス)

    • 国名
      スイス
    • 外国機関名
      University of Basel
  • [雑誌論文] Crosstalk between photosynthesis and respiration in microbes2024

    • 著者名/発表者名
      Shimakawa Ginga、Matsuda Yusuke、Burlacot Adrien
    • 雑誌名

      Journal of Biosciences

      巻: 49 ページ: 5

    • DOI

      10.1007/s12038-023-00417-4

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Low-CO2-inducible bestrophins outside the pyrenoid sustain high photosynthetic efficacy in diatoms2024

    • 著者名/発表者名
      Nigishi Minori、Shimakawa Ginga、Yamagishi Kansei、Amano Ryosuke、Ito Shun、Tsuji Yoshinori、Nagasato Chikako、Matsuda Yusuke
    • 雑誌名

      Plant Physiology

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1093/plphys/kiae137

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Extra O2 evolution reveals an O2-independent alternative electron sink in photosynthesis of marine diatoms2024

    • 著者名/発表者名
      Shimakawa Ginga、Matsuda Yusuke
    • 雑誌名

      Photosynthesis Research

      巻: 159 ページ: 61~68

    • DOI

      10.1007/s11120-023-01073-3

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A new combined measurement of single cell periplasmic oxygen and carbonate chemistry revealed the rule enforcing diatom adaptation of seawater bicarbonate utilization2024

    • 著者名/発表者名
      Matsuda Yusuke
    • 雑誌名

      Journal of Phycology

      巻: 60 ページ: 26~28

    • DOI

      10.1111/jpy.13429

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Algal chloroplast pyrenoids: Evidence for convergent evolution2024

    • 著者名/発表者名
      Long Benedict Michael、Matsuda Yusuke、Moroney James V.
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 121 ページ: -

    • DOI

      10.1073/pnas.2402546121

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Diatom pyrenoids are encased in a protein shell that enables efficient CO2fixation2023

    • 著者名/発表者名
      Shimakawa Ginga、Demulder Manon、Flori Serena、Kawamoto Akihiro、Tsuji Yoshinori、Benjamin Engel、Matsuda Yusuke et al
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1101/2023.10.25.564039

    • 国際共著
  • [雑誌論文] Coordinated phosphate uptake by extracellular alkaline phosphatase and solute carrier transporters in marine diatoms2023

    • 著者名/発表者名
      Matsui Hiroaki、Harada Hisashi、Maeda Kanako、Sugiyama Toshiki、Fukuchi Yohei、Kimura Nanae、Nawaly Hermanus、Tsuji Yoshinori、Matsuda Yusuke
    • 雑誌名

      New Phytologist

      巻: 241 ページ: 1210~1221

    • DOI

      10.1111/nph.19410

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 海洋性珪藻のピレノイド構造とその機能2023

    • 著者名/発表者名
      Matsui Hiroaki、Matsuda Yusuke
    • 雑誌名

      PLANT MORPHOLOGY

      巻: 35 ページ: 29~33

    • DOI

      10.5685/plmorphol.35.29

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stramenopile-Type Lipid Droplet Protein Functions as a Lipid Droplet Scaffold Protein in the Marine Diatom Phaeodactylum tricornutum2023

    • 著者名/発表者名
      Yoneda Kohei、Oishi Reika、Yoshida Masaki、Matsuda Yusuke、Suzuki Iwane
    • 雑誌名

      Plant And Cell Physiology

      巻: 64 ページ: 803~813

    • DOI

      10.1093/pcp/pcad040

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pyrenoid-core CO2-evolving machinery is essential for diatom photosynthesis in elevated CO22023

    • 著者名/発表者名
      Shimakawa Ginga、Okuyama Akane、Harada Hisashi、Nakagaito Shuko、Toyoshima Yui、Nagata Kazuya、Matsuda Yusuke
    • 雑誌名

      Plant Physiology

      巻: 193 ページ: 2298~2305

    • DOI

      10.1093/plphys/kiad475

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mapping of subcellular local pH in the marine diatom Phaeodactylum tricornutum2023

    • 著者名/発表者名
      Shimakawa Ginga、Yashiro Emi、Matsuda Yusuke
    • 雑誌名

      Physiologia Plantarum

      巻: 175 ページ: -

    • DOI

      10.1111/ppl.14086

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 海洋性珪藻Phaeodactylum tricornutumのピレノイド局在β炭酸脱水素酵素の機能解析2024

    • 著者名/発表者名
      米原朋希、Nawaly Hermsnus、嶋川銀河、松田祐介
    • 学会等名
      第65回日本植物生理学会年会
  • [学会発表] 珪藻細胞質局在θ型炭酸脱水素酵素の機能解析2024

    • 著者名/発表者名
      大澤敦喜、永田和也、嶋川銀河、松田祐介
    • 学会等名
      第65回日本植物生理学会年会
  • [学会発表] 海洋性珪藻Thalassiosira pseudonanaのチラコイド型重炭酸輸送体候補TpBSTの機能解析2024

    • 著者名/発表者名
      山下温大、仁岸みのり、天野凌輔、嶋川銀河、松田祐介
    • 学会等名
      第65回日本植物生理学会年会
  • [学会発表] 海洋性珪藻における細胞内ローカルpHのマッピング2024

    • 著者名/発表者名
      嶋川銀河、屋代愛美、松田祐介
    • 学会等名
      第65回日本植物生理学会年会
  • [学会発表] 異なる波長の光照射下における珪藻Phaeodactylum tricornutumの光合成特性とred-shift FCPの機能2024

    • 著者名/発表者名
      豊島正和、嶋川銀河、松田祐介
    • 学会等名
      第65回日本植物生理学会年会
  • [学会発表] 海洋性珪藻におけるRh因子の探索および機能解析2024

    • 著者名/発表者名
      松井啓晃、松田祐介
    • 学会等名
      第65回日本植物生理学会年会
  • [学会発表] 窒素飢餓下における海洋性珪藻のCCM発現応答2024

    • 著者名/発表者名
      天野桃花、嶋川銀河、松田祐介
    • 学会等名
      第65回日本植物生理学会年会
  • [学会発表] 海洋性珪藻におけるCas13dを利用したepisome導入型RNA編集2024

    • 著者名/発表者名
      内山琴音、小山菜々子、松田祐介、原田尚志
    • 学会等名
      日本農芸化学会中四国支部第67回講演会
  • [学会発表] Mapping of subcellular local pHs in marine diatoms2023

    • 著者名/発表者名
      Ginga Shimakawa, Emi Yashiro, Yusuke Matsuda
    • 学会等名
      第13回日本光合成学会年会およびシンポジウム
  • [学会発表] 異なる波長の光照射下における珪藻Phaeodactylum tricornutumの光質応答2023

    • 著者名/発表者名
      豊島正和、嶋川銀河、松田祐介
    • 学会等名
      第13回日本光合成学会年会およびシンポジウム
  • [学会発表] 海洋性珪藻の光合成においてBestrophinがCO2濃縮および光防御に担う生理的役割2023

    • 著者名/発表者名
      仁岸みのり、松田祐介
    • 学会等名
      第13回日本光合成学会年会およびシンポジウム
  • [学会発表] 海洋性珪藻Thalassiosira pseudonanaにおいてLhcXタンパク質が光防御に担う役割2023

    • 著者名/発表者名
      中安真菜、松田祐介
    • 学会等名
      第13回日本光合成学会年会およびシンポジウム
  • [学会発表] Structure and function of diatom pyrenoid.2023

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Matsuda
    • 学会等名
      The Molecular Life of Diatoms, San Diego, USA
    • 国際学会
  • [学会発表] Pyrenoid-core CO2 evolving machinery is essential for diatom photosynthesis in current and elevated CO2 world.2023

    • 著者名/発表者名
      Ginga Shimakawa, Yusuke Matsuda
    • 学会等名
      The Molecular Life of Diatoms, San Diego, USA
    • 国際学会
  • [学会発表] CO2-concentrating mechanism in marine diatoms.2023

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Matsuda
    • 学会等名
      8th European Phycological Cogress (EPC8), Brest, France
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Mapping of subcellular local pHs in marine diatoms.2023

    • 著者名/発表者名
      Ginga Shimakawa, Yusuke Matsuda
    • 学会等名
      8th European Phycological Cogress (EPC8), Brest, France
    • 国際学会
  • [学会発表] The role of Lhcx isoforms in photoprotection mechanism in the diatom, Thalassiosira pseudonana.2023

    • 著者名/発表者名
      Mana Nakayasu, Yusuke Matsuda
    • 学会等名
      8th European Phycological Cogress (EPC8), Brest, France
    • 国際学会
  • [学会発表] Bestrophin-knock out gave an impaired CCM phenotype in marine diatom, Phaeodactylum tricornutum.2023

    • 著者名/発表者名
      Minori Nigishi, Yusuke Matsuda
    • 学会等名
      8th European Phycological Cogress (EPC8), Brest, France
    • 国際学会
  • [学会発表] Photosynthesis of diatoms in seawater - Mechanisms based on the unique chloroplast structure.2023

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Matsuda
    • 学会等名
      CMBC Life Science Seminar, TU Dresden, Germany
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 海洋性珪藻におけるepisome 導入型RNA 編集2023

    • 著者名/発表者名
      内山琴音、小山菜々子、Hermanus Nawaly、嶋川銀河、松田祐介、原田尚志
    • 学会等名
      日本植物学会第87回大会
  • [学会発表] Detailed observation of secondary chloroplast division in Phaeodactylum tricornutum.2023

    • 著者名/発表者名
      Atsuko Tanaka
    • 学会等名
      8th European Phycological Congress (EPC8), Brest, France
    • 国際学会
  • [図書] 微生物を活用した有用物質の製造技術・大腸菌によるカロテノイド生産2023

    • 著者名/発表者名
      原田尚志、竹村美保、三沢典彦
    • 総ページ数
      290
    • 出版者
      CMC出版
    • ISBN
      978-4-7813-1740-3
  • [備考] 関西学院大学 生命環境学部 海洋生命理工学研究室 Matsuda Laboratory

    • URL

      https://sci-tech.ksc.kwansei.ac.jp/~matsuda/

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公開日: 2024-12-25  

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