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2023 年度 実績報告書

古代ゲノム解析による東アジアーシベリア境界領域における人類集団の変遷の解明

研究課題

研究課題/領域番号 19H01356
研究機関琉球大学

研究代表者

佐藤 丈寛  琉球大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (10558026)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2024-03-31
キーワード古代ゲノム / 古人骨 / 集団遺伝学
研究実績の概要

2023年に、浜中2遺跡から新たにオホーツク文化初期の地層から人骨(NAT005)が出土したため、側頭骨錐体部からDNA抽出を試みたが、ゲノム解析が実施可能な量のDNAを回収することはできなかった。
既にDNA抽出およびゲノムシーケンスを実施済のNAT004について、引き続き集団遺伝学的解析を実施した。昨年度までの解析において、NAT004は縄文祖先要素とカムチャツカ祖先要素の混合個体としてモデル化することができ、縄文・カムチャツカ・アムール3系統の祖先要素の混合としてモデル化されたNAT002とは異なる祖先要素割合を示すことが分かっていたが、今年度実施したqpAdmモデリングでは、NAT002はNAT004とアムール要素との混血個体として説明することも可能であった。このことから、NAT004はアムール盆地からの移住の影響を受ける以前の道北地域の集団の遺伝的特徴を代表できる個体であると考えられる。
また、NAT004ゲノムからアムール要素が検出されない原因が1×程度のローカバレッジデータである可能性があるか確かめるために、NAT002のゲノムシーケンスデータをダウンサンプリングして様々なカバレッジのデータを作成し、同様にqpAdmモデリングを行った。その結果、カバレッジ0.5×程度までは、3-way admixture modelの方が2-way admixture modelよりもモデルのデータへの適合度が有意に良かった。しかし、カバレッジが0.1×程度まで低くなると、3-way admixture modelと2-way admixture modelの間に有意差がみられないケースが観察された。NAT004ゲノムが本当に2-way admixture modelで説明可能かどうかについてはさらに詳細な検討が必要である。

現在までの達成度 (段落)

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2024 2023

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 2件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (1件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Medieval genomes from eastern Mongolia share a stable genetic profile over a millennium2024

    • 著者名/発表者名
      Lee Juhyeon、Sato Takehiro、Tajima Atsushi、Amgalantugs Tsend、Tsogtbaatar Batmunkh、Nakagome Shigeki、Miyake Toshihiko、Shiraishi Noriyuki、Jeong Choongwon、Gakuhari Takashi
    • 雑誌名

      Human Population Genetics and Genomics

      巻: 4 ページ: 1~11

    • DOI

      10.47248/hpgg2404010004

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Genetic Characteristics Contributing to Lipoprotein(a) Levels in the Japanese Population2023

    • 著者名/発表者名
      Yamagami Kan、Tada Hayato、Sato Takehiro、Nomura Akihiro、Sakata Kenji、Usui Soichiro、Kawashiri Masa-aki、Tajima Atsushi、Takamura Masayuki
    • 雑誌名

      Journal of Coronary Artery Disease

      巻: 29 ページ: 104~108

    • DOI

      10.7793/jcad.29.23-00015

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Identification of potential disease-associated variants in idiopathic generalized epilepsy using targeted sequencing2023

    • 著者名/発表者名
      Gamirova Regina、Shagimardanova Elena、Sato Takehiro、Kannon Takayuki、Gamirova Rimma、Tajima Atsushi
    • 雑誌名

      Journal of Human Genetics

      巻: 69 ページ: 59~67

    • DOI

      10.1038/s10038-023-01208-3

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 礼文島浜中2遺跡出土オホーツク文化前期人骨のゲノム解析2024

    • 著者名/発表者名
      佐藤丈寛 、久保大輔 、木村亮介 、米田穣 、加藤博文
    • 学会等名
      第129回日本解剖学会総会・全国学術集会
  • [図書] 北海道考古学の最前線2023

    • 著者名/発表者名
      高瀬克範 編
    • 総ページ数
      151
    • 出版者
      雄山閣
    • ISBN
      978-4-639-02913-7

URL: 

公開日: 2024-12-25  

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