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2020 年度 実績報告書

非対称細胞分裂の統合的解明及び大域的数理モデリング手法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 19H01805
研究機関京都大学

研究代表者

李 聖林  京都大学, 高等研究院, 教授 (50620069)

研究分担者 木村 暁  国立遺伝学研究所, 遺伝メカニズム研究系, 教授 (10365447)
栄 伸一郎  北海道大学, 理学研究院, 教授 (30201362)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2024-03-31
キーワード細胞の配列 / パターン形成
研究実績の概要

非対称細胞分裂は初期発生において細胞の多様化を生み出すもっとも重要な仕組みの一つである。個々の細胞は適切なタイミングで細胞分裂を行い、それぞれの細胞の位置を決定していく。そして細胞同士の位置関係によって隣の細胞とのコミュニケーションを通じてそれぞれの運命を決定していく。本研究では非対称分裂過程において分子の動態のみに注目してきた従来の局所的なアプローチから離れ、細胞の高次元の形と細胞分裂の動的ダイナミクスおよび細胞間の相互作用(位置関係)を考慮した上で分子の動態を時空 間的に考察できる大域的数理モデリングの開発に挑戦することが目的である。その達成のために、まず、細胞の相対的位置関係がどう決まるのかについて考察を行った。 非対称細胞分裂を起こす線虫の初期胚では硬い卵の殻が存在し、その中で細胞が分裂くりかえす。非対称細胞分裂を生まれた娘細胞はそれぞれ機能が異なる。さらに、それぞれが相互作用を行いながら次の非対称細胞分裂を準備するため、すべての細胞が的確な時間に的確な配置を行う必要がある。しかし、どうやって線虫の初 期胚がそのような複雑なダイナミクスをロバストに制御しているかについては未だに分かってないことが多い。本研究ではまず、それを明らかにするために、細 胞分裂と細胞の動きを表すことができるMulti-Phasefield法を用いたモデリングの構築を行い、どのようなファクターが細胞の配置決定に重要に関わるのかについて考察を行った。その結果、線虫の初期胚の細胞分裂と細胞の位置決定の問題について、細胞殻内にある空き空間が細胞の位置決定に重要に関わることを発見した。
そのほかにも、細胞極性が持つパターン形成の数学的普遍性の発掘につながる解析研究が活発に行われ、多数の専門誌に出版された。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本研究では非対称細胞分裂の全体的枠組みを捉えられる大域的数理モデルを構築することを重要な目的としている。そのため、単細胞だけではなく、複数の細胞の形を詳細記述し、細胞同士の相互作用を含む数理モデルの構築が必要不可欠である。その数理モデルの基本型となる数理モデルの構築に成功し、さらに、実際の細胞の形をPhase-field法に融合する数理的手法を開発した。また細胞の配列の仕組みを考察した実験系との融合研究成果はDevelopmentという国際専門誌に出版される予定である。

今後の研究の推進方策

今回開発された数理的手法を他の多細胞システムのパターン形成研究にも応用する発展的研究を進めていく。また、細胞の幾何学的性質に着目した研究をさらに発展させていく。
分担者の研究者らと協同し、細胞極性形成とパターン形成における数学的構造解明や新たな生物知見の発掘につなげるための議論を加速していく。

  • 研究成果

    (13件)

すべて 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 3件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 3件、 招待講演 4件)

  • [国際共同研究] University of Oxford(英国)

    • 国名
      英国
    • 外国機関名
      University of Oxford
  • [国際共同研究] Ohito State University(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      Ohito State University
  • [雑誌論文] Effective nonlocal kernels on reaction?diffusion networks2021

    • 著者名/発表者名
      Ei Shin-Ichiro、Ishii Hiroshi、Kondo Shigeru、Miura Takashi、Tanaka Yoshitaro
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology

      巻: 509 ページ: 110496~110496

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2020.110496

    • 査読あり
  • [雑誌論文] CDC-42 Interactions with Par Proteins Are Critical for Proper Patterning in Polarization2020

    • 著者名/発表者名
      Seirin-Lee Sungrim、Gaffney Eamonn A.、Dawes Adriana T.
    • 雑誌名

      Cells

      巻: 9 ページ: 2036~2036

    • DOI

      10.3390/cells9092036

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A continuation method for spatially discretized models with nonlocal interactions conserving size and shape of cells and lattices2020

    • 著者名/発表者名
      Ei Shin-Ichiro、Ishii Hiroshi、Sato Makoto、Tanaka Yoshitaro、Wang Miaoxing、Yasugi Tetsuo
    • 雑誌名

      Journal of Mathematical Biology

      巻: 81 ページ: 981~1028

    • DOI

      10.1007/s00285-020-01534-6

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Transitions to slow or fast diffusions provide a general property for in-phase or anti-phase polarity in a cell2020

    • 著者名/発表者名
      Seirin-Lee S.、Sukekawa T.、Nakahara T.、Ishii H.、Ei S.-I.
    • 雑誌名

      Journal of Mathematical Biology

      巻: 80 ページ: 1885~1917

    • DOI

      10.1007/s00285-020-01484-z

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Existence of traveling wave solutions to a nonlocal scalar equation with sign-changing kernel2020

    • 著者名/発表者名
      Ei Shin-Ichiro、Guo Jong-Shenq、Ishii Hiroshi、Wu Chin-Chin
    • 雑誌名

      Journal of Mathematical Analysis and Applications

      巻: 487 ページ: 124007~124007

    • DOI

      10.1016/j.jmaa.2020.124007

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Center Manifold Theory for the Motions of Camphor Boats with Delta Function2020

    • 著者名/発表者名
      Ikeda Kota、Ei Shin-Ichiro
    • 雑誌名

      Journal of Dynamics and Differential Equations

      巻: 33 ページ: 621~657

    • DOI

      10.1007/s10884-020-09824-9

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Spike solutions for a mass conservation reaction-diffusion system2020

    • 著者名/発表者名
      Ei Shin-Ichiro、,Department of Mathematics, Faculty of Science, Hokkaido University, Sapporo 060-0810, Japan、Tzeng Shyuh-Yaur、,Department of Mathematics, National Changhua University of Education, Changhua, Taiwan
    • 雑誌名

      Discrete & Continuous Dynamical Systems - A

      巻: 40 ページ: 3357~3374

    • DOI

      10.3934/dcds.2020049

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Geometry (形); Inconspicuous regulator that determines the fate of cells2020

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin-Lee
    • 学会等名
      iTHEMS Colloquium
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Phase separation model for chromatin reorganization of eukaryotic cell nuclei2020

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin-Lee
    • 学会等名
      JSPS core-to-core program conference for Establishing International Research Network of Mathematical Oncology, Fusion of Mathematics and Biology
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 現象-数理-数学を繋ぐ反応拡散方程式2020

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin-Lee
    • 学会等名
      応用数学分科会・特別講演, 日本数学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] Effective nonlocal kernels on Reaction-diffusion networks2020

    • 著者名/発表者名
      Shin-Ichiro Ei
    • 学会等名
      JSPS Core-to-Core Program “Establishing International Research Network of Mathematical Oncology”
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2022-12-28  

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