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2022 年度 実績報告書

軽油相当のバイオ燃料を大量生産可能な高活性型アルカン合成関連酵素の創出

研究課題

研究課題/領域番号 19H02521
研究機関東京大学

研究代表者

新井 宗仁  東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (90302801)

研究分担者 林 勇樹  東京大学, 環境安全研究センター, 准教授 (90444059)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2024-03-31
キーワードバイオ燃料 / 酵素 / 酵素デザイン / タンパク質工学 / 進化分子工学 / 理論的設計
研究実績の概要

シアノバクテリアは、アシルACP還元酵素(AAR)とアルデヒド脱ホルミル化オキシゲナーゼ(ADO)という2つの酵素を用い、光合成で軽油相当のアルカンを合成できることから、地球温暖化の防止に有効な再生可能バイオエネルギーの生産源として注目されている。しかし両酵素の活性は低いため、高活性化が必要である。そこで本研究では、複数の方法によってこれらの酵素活性を向上させ、微生物を用いたバイオ燃料生産を効率化させることを目指している。2022年度は次の研究を行った。
(1) 前年度までに得られたAARの様々なアミノ酸置換変異体のデータベースを用いて、複数のアミノ酸置換を組み合わせた多重変異体の構築を行った。
(2) 前年度に引き続き、タンパク質設計用ソフトウェアRosettaを用いてADOの酵素活性を向上させうる変異体の理論的設計を進めた。
(3) 細胞内で活性をもつ酵素量を増やすためには、AARとADOの可溶性を向上させる必要がある。そこで、AARとADOの末端に可溶性タグを付加するという合理的設計により、微生物細胞内での可溶性酵素量を増加させ、アルカン合成量を増大させることができた。
(4) タンパク質の機能を解明して改良するためには、タンパク質の立体構造を解析することも重要である。そこで、X線溶液散乱法を用いたタンパク質の立体構造解析も行った。また、細胞のような多分散系に存在する各タンパク質の大きさや形状をX線で解析する手法の開発を行った。
(5) 新規有用タンパク質を理論的に設計する際の成功率を向上させるために、Rosettaソフトウェアを用いた設計を様々なタンパク質に適用した。特に、アレルギーや白血病などに関わるタンパク質間相互作用を阻害しうるタンパク質やペプチドを理論的に設計し、実験で検証した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本研究では、AARとADOの高活性化に向けて複数のアプローチを並行させて取り組んでいる。いずれのアプローチにおいても着実な進展がみられている。また、酵素に可溶性タグを付加するという合理的設計によってアルカン合成量を増大させることもできた。以上のことから、おおむね順調に進展していると判断される。

今後の研究の推進方策

今後は、これまでに行ってきた酵素高活性化の最終的な仕上げとして、得られた高活性化変異体の詳細な特徴づけや、それらの高活性化変異をさらに多重に組み合わせた変異体の構築などを行う。また、得られたAARとADOの高活性化変異体をシアノバクテリアに導入して、シアノバクテリアにおけるアルカン合成量の増大を目指す。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (6件) (うち招待講演 2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Rational peptide design for inhibition of the KIX-MLL interaction.2023

    • 著者名/発表者名
      Sato, N., Suetaka, S., Hayashi, Y., Arai, M.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 13 ページ: 6330

    • DOI

      10.1038/s41598-023-32848-2

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structure and function of Gli123 involved in Mycoplasma mobile gliding.2023

    • 著者名/発表者名
      Matsuike, D., Tahara, Y.O., Nonaka, T., Wu, H.N., Hamaguchi, T., Kudo, H., Hayashi, Y., Arai, M., Miyata, M.
    • 雑誌名

      Journal of Bacteriology

      巻: 205 ページ: e0034022

    • DOI

      10.1128/jb.00340-22

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A comparative study of unpasteurized and pasteurized frozen whole hen eggs using size-exclusion chromatography and small-angle X-ray scattering.2022

    • 著者名/発表者名
      Oka, Y., Yukawa, H., Kudo, H., Ooka, K., Wada, M., Suetaka, S., Chang, M., Kawai, H., Tanaka, R., Ichikawa, M., Suzuki, T., Hayashi, Y., Handa, A., Arai, M.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 12 ページ: 9218

    • DOI

      10.1038/s41598-022-12885-z

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Wako-Saito-Munoz-Eaton model for predicting protein folding and dynamics.2022

    • 著者名/発表者名
      Ooka, K., Liu, R., Arai, M.
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 27 ページ: 4460

    • DOI

      10.3390/molecules27144460

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Recent advances in the improvement of cyanobacterial enzymes for bioalkane production.2022

    • 著者名/発表者名
      Hayashi, Y., Arai, M.
    • 雑誌名

      Microbial Cell Factories

      巻: 21 ページ: 256

    • DOI

      10.1186/s12934-022-01981-4

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 機能性タンパク質の理論的設計2022

    • 著者名/発表者名
      新井宗仁
    • 学会等名
      物性研短期研究会「理論タンパク質物性科学の最前線:理論と実験との密な協働」
    • 招待講演
  • [学会発表] タンパク質の立体構造予測ツールAlphaFold 2を使って何ができるのか2022

    • 著者名/発表者名
      新井宗仁
    • 学会等名
      ラン藻ゲノム交流会2022
    • 招待講演
  • [学会発表] Computational and experimental studies of hot spots in the c-Myb-KIX interaction2022

    • 著者名/発表者名
      季高駿士、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      CBI学会2022年大会
  • [学会発表] Rational design of proteins that can inhibit allergic diseases2022

    • 著者名/発表者名
      寺西美月、佐藤那音、季高駿士、佐野美桜、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Identifying key residues of c-Myb-KIX interaction by alanine scanning mutagenesis2022

    • 著者名/発表者名
      季高駿士、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Search for helix-mimetic compounds that inhibit protein-protein interactions2022

    • 著者名/発表者名
      佐藤那音、季高駿士、本多栄治、高島一、竹原大、吉森篤史、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
  • [備考] 新井研究室のホームページ

    • URL

      https://folding.c.u-tokyo.ac.jp/

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公開日: 2023-12-25  

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