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2019 年度 実績報告書

高度に溶媒応答を考慮した生体系の電子移動ダイナミクス理論の構築と展開

研究課題

研究課題/領域番号 19H02677
研究機関九州大学

研究代表者

吉田 紀生  九州大学, 理学研究院, 准教授 (10390650)

研究分担者 山口 毅  名古屋大学, 工学研究科, 助教 (80345917)
中野 晴之  九州大学, 理学研究院, 教授 (90251363)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2023-03-31
キーワード積分方程式理論 / 電子移動 / エネルギー移動 / 溶媒和ダイナミックス理論 / 分極応答理論
研究実績の概要

生体系の電子移動過程においては、電子供与体および受容体をとりまく生体分子や溶媒分子といった環境のさまざまな性質が反応性に影響を与える。特に水分子の分布や配向の変化そして分極といった応答は電子移動の反応性を支配する重要な要因である。本研究では、分子性液体の積分方程式理論を基盤として、電子状態理論および溶媒和ダイナミクス理論を組み合わせることで、高度に溶媒の応答を考慮した溶液内および生体内電子移動反応理論を構築する。この理論を用いて、生体内電子移動過程における電子状態変化と溶媒和ダイナミクスの相関を明らかにすることを目的とする。
本年度は生体分子の溶媒和理論である3D-RISM理論を拡張し、溶媒分極を取り入れた新理論の開発、およびプログラム実装を行った。溶媒分極はチャージレスポンスカーネル法により実装した。これにより、溶媒分極という量子化学的効果を古典電磁気学の範囲内で評価することを可能とした。理論構築にあたり、溶媒に作用する他の分子の分極効果をどのように取り込むか、取り込みによって誘電物性がどのように変化するかを明らかにした。本研究では、溶質分極による効果、周囲の溶媒分子の効果、周囲の分極した溶媒分子の効果のそれぞれについて見当し、そのすべてを取り込むことで高精度な記述を可能とした。
また、これに並行して、拡張MOZプログラムの開発・整備を行った。この拡張にあたっては応募者がすでに開発済みのMOZプログラムを基盤とした開発を行った。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

溶媒分極型積分方程式理論の開発に成功し、プログラムの実装、応用計算および論文投稿まで行うことができた。さらにこの手法を基に、研究計画にはなかった新たな方法の着想得ることができた。このため、当初の計画以上に進展していると判断した。

今後の研究の推進方策

今後は、溶媒分極型積分方程式理論に対する、溶媒和ダイナミックス理論および非平衡溶媒和自由エネルギー理論の定式化およびプログラム実装を行う。この手法を、溶液内電子移動ダイナミックスへ応用する。
また、引き続き拡張MOZ方程式理論の開発も並行して行う。

  • 研究成果

    (15件)

すべて 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 1件、 査読あり 8件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 5件、 招待講演 5件)

  • [国際共同研究] Kasetsart University(タイ)

    • 国名
      タイ
    • 外国機関名
      Kasetsart University
  • [雑誌論文] Development of a solvent-polarizable three-dimensional reference interaction-site model theory2020

    • 著者名/発表者名
      Yoshida Norio、Yamaguchi Tsuyoshi
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 152 ページ: 114108~114108

    • DOI

      10.1063/5.0004173

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Three-Dimensional Reference Interaction Site Model Self-Consistent Field Study on the Coordination Structure and Excitation Spectra of Cu(II)-Water Complexes in Aqueous Solution2019

    • 著者名/発表者名
      Yang Chen、Watanabe Yoshihiro、Yoshida Norio、Nakano Haruyuki
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry A

      巻: 123 ページ: 3344~3354

    • DOI

      10.1021/acs.jpca.9b01364

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Implementation of state-averaged MCSCF method to RISM- and 3D-RISM-SCF schemes2019

    • 著者名/発表者名
      Okamoto Daisuke、Watanabe Yoshihiro、Yoshida Norio、Nakano Haruyuki
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 730 ページ: 179~185

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2019.05.051

    • 査読あり
  • [雑誌論文] β-sheet elasticity of peptide self-assembly mimic, PSAM, with a grafted sequence characterized by comprehensive analyses of isomorphous crystals2019

    • 著者名/発表者名
      Fujiwara Hideki、Hongo Kenta、Hori Yuki、Yoshida Norio、Makabe Koki
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Liquids

      巻: 290 ページ: 111161~111161

    • DOI

      10.1016/j.molliq.2019.111161

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Relation between Anharmonicity of Free-Energy Profile and Spectroscopy in Solvation Dynamics: Differences in Spectral Broadening and Peak Shift in Transient Hole-Burning Spectroscopy Studied by Equilibrium Molecular Dynamics Simulation2019

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Tsuyoshi、Yoshida Norio、Nishiyama Katsura
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 123 ページ: 7036~7042

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.9b04711

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effect of Molecular Orientational Correlations on Solvation Free Energy Computed by Reference Interaction Site Model Theory2019

    • 著者名/発表者名
      Tanimoto Shoichi、Yoshida Norio、Yamaguchi Tsuyoshi、Ten-no Seiichiro L.、Nakano Haruyuki
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 59 ページ: 3770~3781

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.9b00330

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effects of Water Addition on a Catalytic Fluorination of Dienamine2019

    • 著者名/発表者名
      Kuraoku Daiki、Yonamine Tsunaki、Koja Genta、Yoshida Norio、Arimitsu Satoru、Higashi Masahiro
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 24 ページ: 3428~3428

    • DOI

      10.3390/molecules24193428

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Distinct ionic adsorption sites in defective Prussian blue: a 3D-RISM study2019

    • 著者名/発表者名
      Ruankaew Nirun、Yoshida Norio、Watanabe Yoshihiro、Nakayama Akira、Nakano Haruyuki、Phongphanphanee Saree
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 21 ページ: 22569~22576

    • DOI

      10.1039/C9CP04355A

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] MULTI-SCALE IMPLEMENTATION OF 3D-RISM TO THE ELECTRONIC STRUCTURE THEORY BEING APPLICABLE FOR SOLVATED BIOMOLECULES.2020

    • 著者名/発表者名
      Norio Yoshida
    • 学会等名
      Biophysical Society 64th Annual Meeting
    • 国際学会
  • [学会発表] Development of Multiscale Method for Nano-Bio Materials Design Based on Statistical Mechanics Theory of Molecular Liquids2019

    • 著者名/発表者名
      Norio Yoshida
    • 学会等名
      International Conference on Materials Research and Innovation 2020
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Understanding Biological Processes in Solution Based on the Statistical Mechanics Theory of Liquids2019

    • 著者名/発表者名
      Norio Yoshida
    • 学会等名
      The 10th Toyota RIKEN International Workshop on Science of Life Phenomena Woven by Water and Biomolecules
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Understanding Biological Processes in Solution Based on the Statistical Mechanics Theory of Liquids2019

    • 著者名/発表者名
      Norio Yoshida
    • 学会等名
      10th International Conference of the Asian Consortium on Computational Materials Science (ACCMS-10)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Understanding Biological Processes in Solution Based on the Statistical Mechanics Theory of Liquids2019

    • 著者名/発表者名
      Norio Yoshida
    • 学会等名
      The 23th international annual symposium on computational science and engineering (ANSCSE23)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 水とイオンが駆動する生体分子機能の統計力学2019

    • 著者名/発表者名
      吉田紀生
    • 学会等名
      有機・生体分子構造・物性研究会
    • 招待講演

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公開日: 2021-12-27  

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