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2021 年度 実績報告書

DNAメチル化を介したゲノム安定性制御の分子メカニズム

研究課題

研究課題/領域番号 19H03153
研究機関東京大学

研究代表者

西山 敦哉  東京大学, 医科学研究所, 准教授 (50378840)

研究分担者 有田 恭平  横浜市立大学, 生命医科学研究科, 教授 (40549648)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2023-03-31
キーワードDNAメチル化 / UHRF1 / ゲノム安定性 / DNA複製 / 岡崎フラグメント / LIG1
研究実績の概要

DNAのメチル化は遺伝子発現制御、X染色体の不活性化、トランスポゾン抑制など様々な生命現象に重要な役割を果たすエピジェネティックな修飾である。また、DNAメチル化はゲノム安定性を維持するためにも不可欠な役割を果たすと考えられているが、その分子機構の実体は明らかでなかった。我々は、DNA維持メチル化の過程を試験管内で再現することができるアフリカツメガエル卵由来の無細胞系を用いて、片鎖メチル化DNAに特異的に結合し、DNAメチル化パターンを娘DNAに継承する維持DNAメチル化機構の中心的制御因子であるE3ユビキチンリガーゼUHRF1がDNAリガーゼI (LIG1)のクロマチンリクルートを制御することを見出し、その制御機構の解析を進めてきた。2021年度はLIG1の複製部位局在を制御するもう一つの因子PCNAに注目し、PCNAおよびUHRF1依存的なLIG1制御機構をそれぞれ阻害することで、LIG1のクロマチン局在や岡崎フラグメント連結に及ぼす影響について調べた。その結果、片方の経路のみを阻害した場合には岡崎フラグメント連結への影響は限定的であったが、両方の経路をともに阻害した場合には岡崎フラグメント連結効率は顕著に低下することがわかった。以上の結果は、DNAメチル化がUHRF1の片鎖メチル化DNA 結合を介して、DNA複製時における岡崎フラグメント連結、そしてラギング鎖の正確な複製を保証していることを示唆している。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

2021年度は、UHRF1依存的なLIG1のクロマチン局在の意義を明らかにすることを目的として研究を行った。これまで得られた知見をもとにした無細胞系を用いた変異体解析により、LIG1の複製部位への局在がPCNAそしてUHRF1という2つの因子によって厳密に制御されていること、また、この2つの経路が相補的に働くことで岡崎フラグメント連結を保証している可能性を示した。以上のことから、研究の目的は概ね達成されたといえる。

今後の研究の推進方策

最終年度はこれまで無細胞系を用いた解析によって示されたUHRF1依存的な岡崎フラグメント連結制御機構が哺乳細胞でも保存されているかどうかを検証する。そのために、LIG1およびバックアップ機構として働くLIG3の分解を誘導可能である細胞株を用いて、解析を行う。LIG1とLIG3を分解誘導により除去した細胞にPCNA結合部位やUHRF1結合部位に変異を導入した変異体LIG1を導入し、各経路の果たす役割を明らかにすることをめざす。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2021 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (3件) (うち招待講演 3件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] Ludwig-Maximilians-University Munchen(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      Ludwig-Maximilians-University Munchen
  • [雑誌論文] Navigating the DNA methylation landscape of cancer2021

    • 著者名/発表者名
      Nishiyama Atsuya、Nakanishi Makoto
    • 雑誌名

      Trends in Genetics

      巻: 37 ページ: 1012~1027

    • DOI

      10.1016/j.tig.2021.05.002

    • 査読あり
  • [雑誌論文] HPF1-dependent PARP activation promotes LIG3-XRCC1-mediated backup pathway of Okazaki fragment ligation2021

    • 著者名/発表者名
      Kumamoto Soichiro、Nishiyama Atsuya、Chiba Yoshie、Miyashita Ryota、Konishi Chieko、Azuma Yoshiaki、Nakanishi Makoto
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 49 ページ: 5003~5016

    • DOI

      10.1093/nar/gkab269

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure-based screening combined with computational and biochemical analyses identified the inhibitor targeting the binding of DNA Ligase 1 to UHRF12021

    • 著者名/発表者名
      Kori Satomi、Shibahashi Yuki、Ekimoto Toru、Nishiyama Atsuya、Yoshimi Sae、Yamaguchi Kosuke、Nagatoishi Satoru、Ohta Masateru、Tsumoto Kouhei、Nakanishi Makoto、Defossez Pierre-Antoine、Ikeguchi Mitsunori、Arita Kyohei
    • 雑誌名

      Bioorganic & Medicinal Chemistry

      巻: 52 ページ: 116500~116500

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2021.116500

    • 査読あり
  • [学会発表] DNAメチル化と岡崎フラグメント連結をリンクする分子機構2021

    • 著者名/発表者名
      隈本宗一郎、西山敦哉、千葉祥恵、宮下諒太、小西知恵子、東義明、中西真
    • 学会等名
      日本遺伝学会第93回大会
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular mechanism of DNMT1-DNA cross-link repair2021

    • 著者名/発表者名
      Atsuya Nishiyama, Akinori Endoh, Yoshie Chiba, Chieko Konishi, Ayane Kaketani, Tomomi Nagatani, Yasushi, Saeki, Makoto Nakanishi
    • 学会等名
      The 80th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association
    • 招待講演
  • [学会発表] DNAメチル化制御因子PAF15ユビキチン化の制御機構2021

    • 著者名/発表者名
      宮下諒太, 西山敦哉, 秦 裕子, 尾山 大明, 千葉 祥恵, 中西 真
    • 学会等名
      第94回日本生化学会大会
    • 招待講演
  • [備考] 岡崎フラグメントの連結を堅牢に保証する分子メカニズム

    • URL

      https://non-genome.com/activities/2121/

URL: 

公開日: 2022-12-28  

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