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2021 年度 実績報告書

高等動物細胞間結合チャネルのクライオ電子顕微鏡構造研究

研究課題

研究課題/領域番号 19H03165
研究機関名古屋大学

研究代表者

大嶋 篤典  名古屋大学, 細胞生理学研究センター, 教授 (80456847)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
キーワードギャップ結合チャネル / クライオ電子顕微鏡 / 高分解能構造解析 / 3D variability解析
研究実績の概要

多くの多細胞生物はギャップ結合チャネルと呼ばれる細胞間コミュニケーションを担う膜貫通構造を保持している。脊椎動物が保持するコネキシンギャップ結合チャネルの構造研究は結晶学的手法とクライオ電子顕微鏡法によって複数の報告がなされているが、その開閉機構についての構造基盤は明確には示されていない。本研究ではギャップ結合チャネル関連タンパク質の高分解能構造解析をクライオ電子顕微鏡単粒子解析で行い、ギャップ結合チャネルを含むLarge pore channelの開閉機構と生理機能の解明を目的とした研究を行った。今年度はヒトconnexin-32(Cx32)のクライオ電子顕微鏡単粒子解析において、サブユニット単位で3D variability解析によるクラス分けを行い、コンフォメーションの分離を行った。その結果、Cx32野生型のN末端領域と第2膜貫通ヘリックスは動的で、複数のコンフォメーションが混ざっている可能性が示唆された。Cx32は12量体で一つのチャネルを形成するが、そのサブユニットの細胞質ドメインは完全な回転対称を保持しているのではなく、非対称な構造変化をし得ることが示唆された。また、ギャップ結合ファミリータンパク質のヒトpannexin-1(Panx1)のリポソーム再構成を行った。Soy bean lipidを用いて作製したリポソームにPanx1精製タンパク質を混合し、バイオビーズで界面活性剤を除去する手法で、Panx1のリポソーム再構成を作製した。負染色電子顕微鏡観察、クライオ電子顕微鏡観察、蛍光ゲル濾過法を組み合わせて、Panx1がリポソームに再構成していることを確認した。この試料はPanx1をクライオ電子顕微鏡による高分解能構造解析をリポソームに再構成した状態で行う目的に適用できる可能性が示唆された。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (13件)

すべて 2023 2022

すべて 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 3件、 査読あり 6件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 2件、 招待講演 6件)

  • [雑誌論文] Recognition Mechanism of a Novel Gabapentinoid Drug, Mirogabalin, for Recombinant Human α2δ1, a Voltage-Gated Calcium Channel Subunit2023

    • 著者名/発表者名
      Kozai Daisuke、Numoto Nobutaka、Nishikawa Kouki、Kamegawa Akiko、Kawasaki Shohei、Hiroaki Yoko、Irie Katsumasa、Oshima Atsunori、Hanzawa Hiroyuki、Shimada Kousei、Kitano Yutaka、Fujiyoshi Yoshinori
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 435 ページ: 168049~168049

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2023.168049

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Large pore channel の構造とチャネルの開閉メカニズム2023

    • 著者名/発表者名
      大嶋篤典
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 63 ページ: 97~101

    • DOI

      10.2142/biophys.63.97

  • [雑誌論文] Structure and function of H+/K+ pump mutants reveal Na+/K+ pump mechanisms2022

    • 著者名/発表者名
      Young Victoria C.、Nakanishi Hanayo、Meyer Dylan J.、Nishizawa Tomohiro、Oshima Atsunori、Artigas Pablo、Abe Kazuhiro
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 ページ: 5270~5270

    • DOI

      10.1038/s41467-022-32793-0

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural insight into the activation mechanism of MrgD with heterotrimeric Gi-protein revealed by cryo-EM2022

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Shota、Iida Momoko、Hiroaki Yoko、Tanaka Kotaro、Kawamoto Akihiro、Kato Takayuki、Oshima Atsunori
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 5 ページ: 707~707

    • DOI

      10.1038/s42003-022-03668-3

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A cryptic phosphate-binding pocket on the SPFH domain of human stomatin that regulates a novel fibril-like self-assembly2022

    • 著者名/発表者名
      Kataoka Koki、Suzuki Shota、Tenno Takeshi、Goda Natsuko、Hibino Emi、Oshima Atsunori、Hiroaki Hidekazu
    • 雑誌名

      Current Research in Structural Biology

      巻: 4 ページ: 158~166

    • DOI

      10.1016/j.crstbi.2022.05.002

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural Basis for Binding of Potassium-Competitive Acid Blockers to the Gastric Proton Pump2022

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Saki、Morita Mikio、Yamagishi Tatsuya、Madapally Hridya Valia、Hayashida Kenichi、Khandelia Himanshu、Gerle Christoph、Shigematsu Hideki、Oshima Atsunori、Abe Kazuhiro
    • 雑誌名

      Journal of Medicinal Chemistry

      巻: 65 ページ: 7843~7853

    • DOI

      10.1021/acs.jmedchem.2c00338

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structure and dynamics of Odinarchaeota tubulin and the implications for eukaryotic microtubule evolution2022

    • 著者名/発表者名
      Akil Caner、Ali Samson、Tran Linh T.、Gaillard Jeremie、Li Wenfei、Hayashida Kenichi、Hirose Mika、Kato Takayuki、Oshima Atsunori、Fujishima Kosuke、Blanchoin Laurent、Narita Akihiro、Robinson Robert C.
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 8 ページ: eabm2225

    • DOI

      10.1126/sciadv.abm2225

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Structures and gating of gap junction family proteins in phospholipids2023

    • 著者名/発表者名
      Atsunori Oshima
    • 学会等名
      日本生理学学会第100回記念大会
    • 招待講演
  • [学会発表] Cryogenic electron microscopy (Cryo-EM)2022

    • 著者名/発表者名
      Atsunori Oshima
    • 学会等名
      The 3rd Bioinformatics and Biodiversity Conference/ the 6th International Symposium on Bioinformatics (InSyB)/The 2nd Synthetic Biology and Biotechnology
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡を用いた細胞間結合の構造研究の最前線2022

    • 著者名/発表者名
      大嶋篤典
    • 学会等名
      第16回バイオ関連化学シンポジウム学生企画『Graduate Student Session』
    • 招待講演
  • [学会発表] 脂質ナノディスクを利用したギャップ結合ファミリータンパク質の構造と膜透過機構2022

    • 著者名/発表者名
      大嶋篤典
    • 学会等名
      生理研研究会「構造情報を基盤とした膜機能分子の生理機能理解に向けて」
    • 招待講演
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡とタンパク質構造生物学 糖鎖の可視化に向けて2022

    • 著者名/発表者名
      大嶋篤典
    • 学会等名
      香川県希少糖戦略会議 第15回複合糖質・糖鎖部会
    • 招待講演
  • [学会発表] Gating of gap junction family proteins involving phospholipids2022

    • 著者名/発表者名
      Atsunori Oshima
    • 学会等名
      ISDD & KSSB JOINT SYMPOSIUM
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2023-12-25  

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