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2021 年度 実績報告書

動態・局在ナノ相関法開拓:超解像1分子同時イメージングによる転写制御の相分離解明

研究課題

研究課題/領域番号 19H03192
研究機関東京工業大学

研究代表者

徳永 万喜洋  東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (00192659)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
キーワード生物物理 / バイオイメージング / 細胞情報・動態 / 超解像顕微鏡 / 生体分子計測
研究実績の概要

超解像顕微鏡法と1分子イメージングの同時観察から得られる分子局在・分子動態・分子間相互作用の定量データ群を、統合的に関連付ける新しい方法として、“動態・局在ナノ相関解析法”を開拓し、遺伝子発現制御に適用し、新たな概念を創出することを目的として、次を行った。
1.高速超解像・1分子イメージング同時観察顕微鏡。生細胞で4色までの多色に対応し、高精度の高速超解像イメージングと1分子蛍光イメージングとを同時観察できる蛍光顕微鏡を、従来開発技術を改良し、多機能対応システムとして構築した。2.蛍光標識。目的タンパク質遺伝子(RNAポリメラーゼII、種々のヒストンvariant、核小体タンパク質、ヘテロクマチンタンパク質等と、各種変異体)に、超解像用のphoto-activable/-switchable FP、1分子イメージング用のGFP、両用のHalo等tagシステム(蛍光色素結合)を用いて、蛍光標識を行った。3.1分子イメージングによる動態解析。申請者らの開発した、分子動態を時間・空間の関数として定量計測する方法である移動部分軌跡解析法に関し、軌跡の追跡方法と、部分軌跡の平均二乗変位MSD(t)から動態定量情報を得る方法を改良した。さらに、有効ばね定数、移動範囲、動態による分類・クラスター化等を導入して、多種定量データ取得方法を開発した。4.超解像解析。局在化方式(PALM/STORM) 超解像のナノ局在解析に、近傍分布解析など、多種定量データ取得方法を導入・考案した。5.領域マーカー・ナノ局在・1分子イメージングの多種多色画像を関連付け、解析する方法を開発した。6.以上の解析方法による多種多量の定量データ群を統合的に用い、分子局在・分子動態・機能“場”を相関解析する“動態・局在ナノ相関解析法”を開拓した。転写複合体、核小体、ヘテロクマチンに関し、液相の観点から特徴を明らかにした。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (15件)

すべて 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Ribosomal protein L5 facilitates rDNA-bundled condensate and nucleolar assembly2022

    • 著者名/発表者名
      Matsumori Haruka、Watanabe Kenji、Tachiwana Hiroaki、Fujita Tomoko、Ito Yuma、Tokunaga Makio、Sakata-Sogawa Kumiko、Osakada Hiroko、Haraguchi Tokuko、Awazu Akinori、Ochiai Hiroshi、Sakata Yuka、Ochiai Koji、Toki Tsutomu、Ito Etsuro、Goldberg Ilya G、Tokunaga Kazuaki、Nakao Mitsuyoshi、Saitoh Noriko
    • 雑誌名

      Life Science Alliance

      巻: 5 ページ: e202101045

    • DOI

      10.26508/lsa.202101045

  • [雑誌論文] Visualizing looping of two endogenous genomic loci using synthetic zinc‐finger proteins with anti‐FLAG and anti‐HA frankenbodies in living cells2021

    • 著者名/発表者名
      Liu Yang、Zhao Ning、Kanemaki Masato T.、Yamamoto Yotaro、Sadamura Yoshifusa、Ito Yuma、Tokunaga Makio、Stasevich Timothy J.、Kimura Hiroshi
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 26 ページ: 905~926

    • DOI

      10.1111/gtc.12893

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Live imaging of transcription sites using an elongating RNA polymerase II-specific probe2021

    • 著者名/発表者名
      Uchino Satoshi、Ito Yuma、Sato Yuko、Handa Tetsuya、Ohkawa Yasuyuki、Tokunaga Makio、Kimura Hiroshi
    • 雑誌名

      Journal of Cell Biology

      巻: 221 ページ: e202104134

    • DOI

      10.1083/jcb.202104134

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Live imaging of the initiation and elongation forms of RNA polymerase II using phosphorylation-specific probes2022

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Uchino, Yuma Ito, Jessica Dai, Yuko Sato, Tetsuya Handa, Yasuyuki Ohkawa, Makio Tokunaga, Hiroshi Kimura
    • 学会等名
      The 30th Hot Spring Harbor International Symposium
    • 国際学会
  • [学会発表] Simultaneous single molecule imaging of RNA polymerase II dynamics and chromatin nanostructures in living cells2022

    • 著者名/発表者名
      Ito Y, Tokunaga M
    • 学会等名
      66th Biophysical Society Annual Meeting
    • 国際学会
  • [学会発表] Single-molecule imaging analysis of RNA-dependent dynamics of phase-separated nucleolar protens in living cells2021

    • 著者名/発表者名
      伊藤 由馬, Sirisukhodom Supanut, 徳永 万喜洋
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Single-molecule super-resolution analysis for nano-scale interaction between RNA polymeraseII and chromatin2021

    • 著者名/発表者名
      伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Structural changes in heterochromatin involved in cell cycle using single-molecule and super-resolution imaging2021

    • 著者名/発表者名
      中野 真徳, 伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Single-molecule analysis of state-specific histone mobility in chromatin subcompartments with different epigenetic modifications2021

    • 著者名/発表者名
      廣瀬 仁教, 伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] A simulation study to evaluate improvement of three-dimensional localization precision of single molecule images using adaptive optics2021

    • 著者名/発表者名
      周 翔, 伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] 生細胞プローブを用いた不活性化X染色体動態と転写制御の解析2021

    • 著者名/発表者名
      佐藤 優子, 内野 哲志, 堀 真弥子, 伊藤 由馬, 前原 一満, 大川 恭行, 徳永 万喜洋, 木村 宏
    • 学会等名
      第94回日本生化学会大会
  • [学会発表] RPL5 maintains spatial organization of the ribosomal DNA arrays through regulation of biophysical properties of the nucleolus2021

    • 著者名/発表者名
      斉藤 典子, 松森 はるか, 渡邉 健司, 立和名 博昭, 伊藤 由馬, 十川 久美子, 徳永 万喜洋, 粟津 暁紀, 中尾光善
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] 転写伸長型RNAポリメラーゼII可視化プローブによる生細胞内における 転 写伸長部位の観察2021

    • 著者名/発表者名
      内野 哲志, 伊藤 由馬, Jessica Dai, 佐藤 優子, 半田 哲也, 大川 恭行, 徳永 万喜洋, 木村 宏
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] リン酸化型RNAポリメラーゼII可視化プローブによる転写部位の生細胞観察2021

    • 著者名/発表者名
      内野 哲志, 伊藤 由馬, 佐藤 優子, 半田 哲也, 大川 恭行, 徳永 万喜洋, 木村 宏
    • 学会等名
      第39回染色体ワークショップ・第20回核ダイナミクス研究会
  • [備考] 東京工業大学 生命理工学院 徳永研究室

    • URL

      http://www.toku.bio.titech.ac.jp/

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公開日: 2022-12-28  

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