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2021 年度 実績報告書

ネットワーク構造に基づく生命システムの恒常性創出原理の数理的解明

研究課題

研究課題/領域番号 19H03196
研究機関京都大学

研究代表者

望月 敦史  京都大学, ウイルス・再生医科学研究所, 教授 (10304726)

研究分担者 青木 一洋  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(新分野創成センター、アストロバイオロジーセンター、生命創成探究, 生命創成探究センター, 教授 (80511427)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
キーワード恒常性 / ネットワーク / 感度解析 / 分岐解析 / 数理理論 / 細胞周期 / チェックポイント制御
研究実績の概要

恒常性は外部環境のパラメータの変化に対し、システムの動態の定常解の応答が小さいこと、すなわち感度解析における頑健性と理解できる。また恒常性の破たんは、外部環境に相当するパラメータが大きく変化した時、解が質的に振る舞いを変えること、すなわち定常解の分岐として理解できる。この考え方に基づき、複数の生命システム生命システムを解析し、恒常性が生まれる原理とそれが破綻する機構をネットワーク構造から解析した。
2021年度年度は、細胞周期システムのチェックポイント制御の解明を目指して、数理解析を行った。細胞周期は複数種のCdkやサイクリンといったタンパク質の活性によって調節されており,これらの間に多くの正や負のフィードバックを含むシステムである。G1期からS期,あるいはG2期からM期へ移行するためには、それぞれ異なるCdk/サイクリン複合体の活性化が必要である。しかし、これら二種の複合体は、ネットワーク中で反応を介してつながっており、また共通の分子が双方の複合体の活性制御に寄与している。このようなシステムで、ステージ特異的な細胞周期進行がなぜ実現可能なのかは、不明であった。申請者が開発した構造感度解析を用いて、振る舞いの基本単位である「緩衝構造」を特定したところ、このネットワークにおいてG1/S期とG2/M期のサイクリン複合体は、異なる緩衝構造に含まれており、互いに全く独立に振る舞う可能性が示された。基礎生物学研究所の青木一洋教授と共同研究を行い、独立制御の条件に含まれる、Cdc2、Cig2、Cdc13遺伝子の発現量を様々に変えた変異体を作成し、Cdk/サイクリン複合体の濃度を計測することで、この予測を検証した。構造感度解析の予測の大半を実験で検証することができた。これにより、G1/S,G2/Mの2つのチェックポイントが緩衝構造によって、独立に制御されていることが明らかになった。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2021

すべて 雑誌論文 (5件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 1件、 招待講演 6件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Using linkage logic theory to control dynamics of a gene regulatory network of a chordate embryo2021

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi Kenji、Maeda Kazuki、Tokuoka Miki、Mochizuki Atsushi、Satou Yutaka
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 ページ: 4001

    • DOI

      10.1038/s41598-021-83045-y

  • [雑誌論文] The gene regulatory system for specifying germ layers in early embryos of the simple chordate2021

    • 著者名/発表者名
      Tokuoka Miki、Maeda Kazuki、Kobayashi Kenji、Mochizuki Atsushi、Satou Yutaka
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 7 ページ: -

    • DOI

      10.1126/sciadv.abf8210

  • [雑誌論文] Quantitative analyses reveal extracellular dynamics of Wnt ligands in Xenopus embryos2021

    • 著者名/発表者名
      Mii Yusuke、Nakazato Kenichi、Pack Chan-Gi、Ikeda Takafumi、Sako Yasushi、Mochizuki Atsushi、Taira Masanori、Takada Shinji
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 10 ページ: -

    • DOI

      10.7554/eLife.55108

  • [雑誌論文] Flux-augmented bifurcation analysis in chemical reaction network systems2021

    • 著者名/発表者名
      Okada Takashi、Mochizuki Atsushi、Furuta Mikio、Tsai Je-Chiang
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 103 ページ: -

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.103.062212

  • [雑誌論文] IRAK1-dependent Regnase-1-14-3-3 complex formation controls Regnase-1-mediated mRNA decay2021

    • 著者名/発表者名
      Akaki Kotaro、Ogata Kosuke、Yamauchi Yuhei、Iwai Noriki、Tse Ka Man、Hia Fabian、Mochizuki Atsushi、Ishihama Yasushi、Mino Takashi、Takeuchi Osamu
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 10 ページ: -

    • DOI

      10.7554/eLife.71966

  • [学会発表] 生命のシステムの振る舞いをネットワーク構造だけから解明する2021

    • 著者名/発表者名
      望月敦史
    • 学会等名
      明治非線形サマーセミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] 遺伝子ネットワークの構造に基づく細胞運命の操作2021

    • 著者名/発表者名
      望月敦史
    • 学会等名
      MathHuB研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] 生命のシステムの振る舞いをネットワーク構造だけから決定する2021

    • 著者名/発表者名
      望月敦史
    • 学会等名
      武蔵野大学数理工学シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] 化学反応ネットワークの構造に基づく振る舞いの解析 -基礎から生命機能まで-2021

    • 著者名/発表者名
      望月敦史
    • 学会等名
      開放系トポロジーの探求
    • 招待講演
  • [学会発表] 生命のシステムの振る舞いをネットワーク構造だけから決定する2021

    • 著者名/発表者名
      望月敦史
    • 学会等名
      第35回分子シミュレーション討論会
    • 招待講演
  • [学会発表] Controlling cell fate specification system based on network structure2021

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Mochizuki
    • 学会等名
      DARS-SWARM2021
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] 理論生物学概論2021

    • 著者名/発表者名
      望月 敦史
    • 総ページ数
      328
    • 出版者
      共立出版
    • ISBN
      978-4-320-05830-9

URL: 

公開日: 2023-12-25  

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