NGSデータからの相同組換え位置特定アルゴリズムの開発および遺伝情報との関連解析

2021 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 19H03206
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 審査区分: 小区分43050:ゲノム生物学関連
• 研究機関: 東京工業大学
• 研究代表者: 伊藤 武彦 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90501106)
• 研究期間 (年度): 2019-04-01 – 2022-03-31
• キーワード: ゲノム情報解析 / 相同組換え

研究成果の概要

本研究では、各種真核生物において相同組換えの位置を網羅的に特定し、その結果を基盤とした相同組換えに関する新たな研究展開を図ることを目的としている。この目的実現のため、Illumina pair-end, mate-pairリードおよびPacBio HiFiを入力とした相同組換え位置特定プログラムの開発を実施した。またこのプログラムを用いて、マウスF1 (B6 x CAST)およびイトマキヒトデのpoolされた精子のゲノムシークエンスデータを解析し、ゲノムワイドな組換え候補位置の抽出を行い、その頻度・分布などの解析を実施した。

自由記述の分野

ゲノム情報解析

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究を通じて開発されたプログラムの使用により、bulkで取られた精子などのシークエンスデータに基づいて比較的容易にゲノムワイドな組換え位置、頻度情報が得られることが期待される。ここ1-2年で同様な解析がSingle-Cellベースで行われている事例が報告されているが、そのような方法と比べて圧倒的に簡便かつ網羅性が高いデータが得られる。今後は、相同組換えに関与するタンパク質の局在情報などと合わせて解析にしていくことで、減数分裂時の組換えの理解が一層進むことが期待される。