早期病変、原因およびドライバー変異に焦点をおいた肺腺癌のゲノム解析

2020 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 19H03446
• 研究機関: 国際医療福祉大学
• 研究代表者: 石川 雄一 国際医療福祉大学, 医学部, 教授 (80222975)
• 研究期間 (年度): 2019-04-01 – 2022-03-31
• キーワード: 肺がん / 腺癌 / 早期病変 / ゲノム解析

研究実績の概要

手術により切除された肺上皮内腺癌8病変を対象とし、ホルマリン固定パラフィン包埋された組織を用いた。20ミクロンに薄切された組織からDNAを抽出し、NEBNext FFPE DNA Repair Mixで修復し、NEBNext dsDNA Fragmentaseを用いて断片化した後、NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kitを用いて、次世代シークエンスにむけたライブラリ調整を行った。プローブは、xGen Exome Research Panel v2を用いて、全エクソン領域をキャプチャーするようにした。
対象とした6症例8病変およびそれぞれの症例の非腫瘍部でのシーケンス深度を調べた。各試料の平均深度（Average depth）は計23回のシーケンスのうち20回で50を超えていた。
また、腫瘍部と非腫瘍部を比較参照し、一定の基準を満たす体細胞塩基置換（somatic SNV）や体細胞挿入/欠失（somatic IN/DEL）を抽出し、腫瘍部での変異アレル頻度を算出した。その結果、0.1程度の変異アレル頻度を示す遺伝子変異が多いことが明らかとなった。一方、一部症例ではKRAS(G12C)やERBB２（D277Y）、RBP10（Q342X）など、変異アレル頻度0.25程度の遺伝子変異も検出された。これらの結果は、肺腺癌の早期病変においても、腫瘍内のゲノム変異にheterogeneityがあることを示唆している。

現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

コロナ禍のため、グループのミーティングができなかったこと、ゲノム解析は海外へ発注したが、検体の送付・受取に時間を要したこと、生データ到着の後、web上のミーティングのため、解析に時間を要したこと、共同研究者のなかに入院者が出たことなどが、主たる遅れの原因である。

今後の研究の推進方策

当初の計画では、肺腺癌の早期病変の解析のみならず、肺の病理学で長らく懸案となっているtumorletとcarcinoidとの関係、硬化性肺胞上皮種のゲノム解析も研究課題に挙げた。しかしながら、正常組織中のゲノム解析が急速に進展しており、正常組織からのずれが少ない早期病変に注目が集まりつつある。そこで、まずは、肺腺癌の早期病変に集中し、期間内に有意な結果を得るべく、全力を挙げる。

研究成果

• [雑誌論文] Monitoring epidermal growth factor receptor C797S mutation in Japanese non?small cell lung cancer patients with serial cell‐free DNA evaluation using digital droplet PCR (2021)
  • 著者名/発表者名: Ariyasu Ryo、Uchibori Ken、Sasaki Takaaki、Tsukahara Mika、Kiyotani Kazuma、Yoshida Ryohei、Ono Yusuke、Kitazono Satoru、Ninomiya Hironori、Ishikawa Yuichi、Mizukami Yusuke、Yanagitani Noriko、Fujita Naoya、Nishio Makoto、Katayama Ryohei
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: - ページ: -
  • DOI: 10.1111/cas.14879
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Novel Histologic Classification of Small Tumor Cell Nests for Lung Adenocarcinoma With Prognostic and Etiological Significance (2021)
  • 著者名/発表者名: Saito Ryoko、Ninomiya Hironori、Okumura Sakae、Mun Mingyon、Sasano Hironobu、Ishikawa Yuichi
  • 雑誌名: American Journal of Surgical Pathology 巻: 45 ページ: 604～615
  • DOI: 10.1097/PAS.0000000000001696
  • 査読あり
• [雑誌論文] Histologic Classification of Tumors of the Pleura: How Has the WHO Classification Progressed After 2015? (2021)
  • 著者名/発表者名: Ishikawa Yuichi
  • 雑誌名: "Malignant pleural mesothelioma" ed. by Nakano T, Kijima T. 巻: - ページ: 89～99
  • DOI: 10.1007/978-981-15-9158-7_8
  • 査読あり
• [雑誌論文] Frequent expression of conventional endothelial markers in pleural mesothelioma: usefulness of claudin-5 as well as combined traditional markers to distinguish mesothelioma from angiosarcoma (2020)
  • 著者名/発表者名: Nakashima Yasuhiro、Inamura Kentaro、Ninomiya Hironori、Okumura Sakae、Mun Mingyon、Kirimura Susumu、Kobayashi Masashi、Okubo Kenichi、Ishikawa Yuichi
  • 雑誌名: Lung Cancer 巻: 148 ページ: 20～27
  • DOI: 10.1016/j.lungcan.2020.07.029
  • 査読あり
• [雑誌論文] Calretinin-expressing lung adenocarcinoma: Distinct characteristics of advanced stages, smoker-type features, and rare expression of other mesothelial markers are useful to differentiate epithelioid mesothelioma (2020)
  • 著者名/発表者名: Matsuda Masanori、Ninomiya Hironori、Wakejima Ryo、Inamura Kentaro、Okumura Sakae、Mun Mingyon、Kitagawa Masanobu、Ishikawa Yuichi
  • 雑誌名: Pathology - Research and Practice 巻: 216 ページ: 152817～152817
  • DOI: 10.1016/j.prp.2020.152817
  • 査読あり
• [雑誌論文] Insulinoma-associated Protein 1 (INSM1) Is a Better Marker for the Diagnosis and Prognosis Estimation of Small Cell Lung Carcinoma Than Neuroendocrine Phenotype Markers Such as Chromogranin A, Synaptophysin, and CD56 (2020)
  • 著者名/発表者名: Sakakibara Rie、Kobayashi Maki、Takahashi Naoko、Inamura Kentaro、Ninomiya Hironori、Wakejima Ryo、Kitazono Satoru、Yanagitani Noriko、Horiike Atsushi、Ichinose Junji、Matsuura Yosuke、Nakao Masayuki、Mun Mingyon、Nishio Makoto、Okumura Sakae、Motoi Noriko、Ito Takaaki、Miyazaki Yasunari、Inase Naohiko、Ishikawa Yuichi
  • 雑誌名: American Journal of Surgical Pathology 巻: 44 ページ: 757～764
  • DOI: 10.1097/PAS.0000000000001444
  • 査読あり
• [雑誌論文] Pathogenesis of Secondary Spontaneous Pneumothorax Complicating Osteosarcoma (2020)
  • 著者名/発表者名: Matsuura Yosuke、Ninomiya Hironori、Ichinose Junji、Nakao Masayuki、Ishikawa Yuichi、Okumura Sakae、Mun Mingyon
  • 雑誌名: The Annals of Thoracic Surgery 巻: 110 ページ: e81～e83
  • DOI: 10.1016/j.athoracsur.2019.12.050
  • 査読あり
• [雑誌論文] Pulmonary mucoepidermoid carcinoma arising in a patient with Kartagener syndrome (2020)
  • 著者名/発表者名: Nagai Yoshiaki、Koyama Nobuyuki、Iwai Yuki、Tsubochi Hiroyoshi、Hiruta Masahiro、Mizushina Yoshiko、Koyama Shinichiro、Ishikawa Yuichi、Hagiwara Koichi
  • 雑誌名: BMC Pulmonary Medicine 巻: 20 ページ: 93
  • DOI: 10.1186/s12890-020-1133-y
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Impact of DNA integrity on the success rate of tissue‐based next‐generation sequencing: Lessons from nationwide cancer genome screening project SCRUM‐Japan GI‐SCREEN (2020)
  • 著者名/発表者名: Kuwata Takeshi、Wakabayashi Masashi、Hatanaka Yutaka、Morii Eiichi、Oda Yoshinao、Taguchi Kenichi、Noguchi Masayuki、Ishikawa Yuichi、Nakajima Takashi、Sekine Shigeki、Nomura Shogo、Okamoto Wataru、Fujii Satoshi、Yoshino Takayuki、SCRUM‐Japan GI‐SCREEN Pathology Group
  • 雑誌名: Pathology International 巻: 70 ページ: 932～942
  • DOI: 10.1111/pin.13029
  • 査読あり
• [雑誌論文] Impact of older age on clinicopathological and prognostic features of colon cancer in postmenopausal women (2020)
  • 著者名/発表者名: Honma Naoko、Matsuda Yoko、Arai Tomio、Kawachi Hiroshi、Akishima‐Fukasawa Yuri、Yamamoto Noriko、Ueno Masashi、Ishikawa Yuichi、Mikami Tetuo
  • 雑誌名: Pathology International 巻: 70 ページ: 433～440
  • DOI: 10.1111/pin.12936
  • 査読あり