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我々はTGFβで誘導され上皮間葉転換(EMT)に関与する新規長鎖ノンコーディングRNA（lncRNA）としてELIT-1 (EMT-promoting lncRNA induced by TGF-1)を見出した。ELIT-1はTGFβ刺激に反応する多種の細胞株で誘導された。ELIT-1遺伝子の上流にSmad結合配列があり、TGFβ-Smad経路を介してELIT-1は転写誘導された。ELIT-1の機能においては、ELIT-1はTGFβ-Smad経路によるSnail、N-cadherin、vimentin、等のEMT関連遺伝子の転写を促進し、EMTを正に制御していることが示唆された。ELIT-1は標的遺伝子のプロモーターへのSmad3のリクルートを促進することによりSmad3の遺伝子発現を助けるlncRNAであることが示唆された。一般に転写活性な遺伝子上ではヒストンのメチル化修飾の変動によりクロマチン構造の弛緩が誘導されるが、このエピゲノム制御の遺伝子特異性のメカニズムは不明である。我々はELIT-1がエピゲノム因子と結合して、TGFβ-Smad3経路の標的遺伝子のエピゲノム制御を担っていると考え、本研究でそれを検証している。
前年度までの解析結果から、あるH3K27脱メチル化酵素（KDM-Xとする）がELIT-1に結合することが示唆された。本年度は、まずその結果の再現性を検証した。過剰発現系でKDM-XとELIT-1が有意差を持って結合することが示された。さらに内因性のKDM-XとELIT-1が有意差を持って結合することも示された。また、RIP-seqによりKDM-Xと結合するlncRNAの網羅的解析を行い、ELIT-1の結合を確認した。結論としてKDM-XとELIT-1が特異性を持って結合することが証明された。
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