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2020 年度 実績報告書

ストレス応答生合成と化学修飾を融合した多様性天然物による難治性疾患治療薬の開発

研究課題

研究課題/領域番号 19H03701
研究機関東北大学

研究代表者

児玉 栄一  東北大学, 災害科学国際研究所, 教授 (50271151)

研究分担者 林 宏典  東北大学, 災害科学国際研究所, 助教 (00752916)
浅井 禎吾  東北大学, 薬学研究科, 教授 (60572310)
菊地 晴久  東北大学, 薬学研究科, 准教授 (90302166)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
キーワードウイルス / 薬学 / 感染症 / 天然物 / 化学合成
研究実績の概要

全く新しい骨格を持つ化合物ライブラリーと革新的スクリーニング法を開発、それらを駆使し既存薬と一線を画す新たな作用機序を有するヒット化合物の網羅的探索を目的とした。本年度は、(1) 新型コロナウイルス (SARS-CoV-2) やRSウイルス (RSV) に対する薬剤評価系を確立、(2) 天然では珍しいホスホエタノールアミン含有型の新規マクロライド、ビアリールエーテル・ビアリールアミン構造を持つ新規化合物32種の取得に成功、(3) 既存の抗菌薬とは全く異なる薬剤標的としてセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ (SHMT) を同定した。各実績の概要を以下に示す。
(1) 薬剤評価系の確立: SARS-CoV-2のワクチンは実用化されたが、未だ治療薬は存在しない。RSVは、SARS-CoV-2と同様に肺炎の原因となるが、効果的なワクチンも治療薬も存在しない。SARS-CoV-2とVeroE6/TMPRSS2細胞、RSVとHep2細胞の組み合わせを用いて生細胞数の比色評価法 (MTT法) により化合物の抗ウイルス活性測定系を構築した。
(2) 新規化合物群の取得: ホスホエタノールアミン含有型のマクロライドに関しては、ゲノムマイニングにより見出した非リボソーム型ペプチド合成酵素を含む生合成遺伝子クラスターを麹菌に移植することで生合成した。ビアリールエーテル・ビアリールアミン構造を持つ化合物は、薬用植物の抽出物に対して直接Buchward-Hartwigカップリングを行うことにより合成した。
(3) 新規抗菌薬標的の同定: ヒトのSHMT阻害剤として開発された化合物、SHIN-1がE. faeciumに対し強力な抗菌活性を発揮することを見出し、結晶構造解析を用いてSHIN-1とSHMTの結合様式を解明した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

全く新しい骨格を持つ化合物ライブラリーと革新的スクリーニング法を開発、それらを駆使し既存薬と一線を画す新たな作用機序を有するヒット化合物の網羅的探索を目的とし研究を展開した (Nat. Commun. 2020, doi:10.1038/s41467-020-15664-4)。新しい骨格を持つ化合物群として、天然では珍しいホスホエタノールアミン含有型の新規マクロライド化合物の生合成とビアリールエーテル・ビアリールアミン構造を持つ新規化合物32種の取得に成功しており、化合物ライブラリーの構築は当初の予定通り進展している。さらに、本年度の成果としてSARS-CoV-2およびRSV治療薬スクリーニング系を新たに確立し、我々のグループでは10種類以上の感染性微生物に対する治療薬探索が可能となった。すなわち、新規化合物ライブラリー開発研究と連動して相乗的に研究を発展させる体制が整った。また、SARS-CoV-2に対する対応として、国立国際医療研究センターと協力して、SARS-CoV-2由来プロテアーゼと新規化合物の構造解析を実施、より強力な活性を発揮する新薬の設計に資する結果を得た (Nat. Commun. 2021, doi: 10.1038/s41467-021-20900-6)。抗菌薬開発の分野では、腸球菌を用いて細菌の1炭素代謝経路 (one carbon metabolism) に関与する酵素であるSHMTを阻害する化合物、SHIN-1の同定に成功した。SHMTを阻害する抗菌薬はこれまで開発されておらず、新たな作用機序を持つ抗菌薬開発に重要である。本年度は、化合物ライブラリーとスクリーニング系の構築だけでなく、新規作用機序を持つ薬剤同定と、新規SARS-CoV-2薬開発へとつながる成果を挙げており、計画以上の研究進度である。

今後の研究の推進方策

独自に開発した人工天然化合物ライブラリーと薬剤アッセイ系を駆使し、SARS-CoV-2やRSVを中心に薬剤耐性菌を含むハイリスク新興再興感染症に対する治療薬の同定を進める。分担研究者と協力して以下の3テーマについて検討する。 (1) 新規天然物の創製: 独自に収集したゲノム情報ライブラリーとゲノムマイニングを駆使して糸状菌内に存在する未開拓生合成遺伝子を探索する。同定した未開拓遺伝子群を異種発現のモデルホストである麹菌に組み込み、新たな人工天然化合物の創製を試みる。さまざまなストレス環境下におかれた微生物、薬用植物からの抽出物を直接的に化学修飾し、新たな化合物群の取得を試みる。(2) 新規治療薬の同定: これまでに開発したHIV-1、ヘルペスウイルス、アデノウイルス、B型肝炎ウイルス、EBウイルス、サイトメガロウイルス、麻疹ウイルス、SARS-CoV-2、RSVや薬剤耐性菌などに対する化合物スクリーニング系を用いて抗ウイルス活性または抗菌活性を発揮する新規薬剤の同定を行う。また、SARS-CoV-2は活性評価に使用する細胞株の違いによって化合物の抗ウイルス活性が変化するため、令和2年度に構築したVeroE6/TMPRSS2細胞以外の細胞株を使用した実験系を確立する。腸球菌を用いたSHMT阻害薬のスクリーニングを実施する。(3) 作用機序解析: 同定した化合物の作用機序を解明する。薬剤耐性誘導と全ゲノム配列解析を用いた標的タンパクの同定やtime of addition法を用いた化合物の作用点の特定を行う。同定した化合物の誘導体を作成し構造活性相関を解析する。最も高い活性を発揮した化合物と標的タンパクからなる複合体の結晶構造解析を行い、タンパクと化合物の相互作用様式を特定し、より高い活性を発揮する化合物の設計へと還元する。

  • 研究成果

    (19件)

すべて 2021 2020

すべて 雑誌論文 (13件) (うち国際共著 2件、 査読あり 11件、 オープンアクセス 8件) 学会発表 (6件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Study Profile of the Tohoku Medical Megabank Community-Based Cohort Study2021

    • 著者名/発表者名
      Hozawa Atsushi、 Eiichi N kodama、et.al.
    • 雑誌名

      Journal of Epidemiology

      巻: 31 ページ: 65~76

    • DOI

      10.2188/jea.JE20190271

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A small molecule compound with an indole moiety inhibits the main protease of SARS-CoV-2 and blocks virus replication2021

    • 著者名/発表者名
      Hattori Shin-ichiro、Hayashi Hironori、Kodama Eiichi N.、et.al.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 ページ: 668

    • DOI

      10.1038/s41467-021-20900-6

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Synthetic biology based construction of biological activity-related library of fungal decalin-containing diterpenoid pyrones2020

    • 著者名/発表者名
      Tsukada Kento、Shinki Shono、Kaneko Akiho、Murakami Kazuma、Irie Kazuhiro、Murai Masatoshi、Miyoshi Hideto、Dan Shingo、Kawaji Kumi、Hayashi Hironori、Kodama Eiichi N.、Hori Aki、Salim Emil、Kuraishi Takayuki、Hirata Naoya、Kanda Yasunari、Asai Teigo
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 11 ページ: 1

    • DOI

      10.1038/s41467-020-15664-4

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Application of human lymphoid cells for the evaluation of antivirals against human adenovirus type 19: Zalcitabine has superior activity compared to cidofovir2020

    • 著者名/発表者名
      Nakagawara Kohsuke、Hayashi Hironori、Kawaji Kumi、Sasano Mina、Kodama Eiichi N
    • 雑誌名

      Antiviral Chemistry and Chemotherapy

      巻: 28 ページ: 6620921319

    • DOI

      10.1177/2040206620921319

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Design and Progress of Oral Health Examinations in the Tohoku Medical Megabank Project2020

    • 著者名/発表者名
      Tsuboi Akito、Kodama Eiichi N.、et.al.
    • 雑誌名

      The Tohoku Journal of Experimental Medicine

      巻: 251 ページ: 97~115

    • DOI

      10.1620/tjem.251.97

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Mitochondrial dysfunction underlying sporadic inclusion body myositis is ameliorated by the mitochondrial homing drug MA-52020

    • 著者名/発表者名
      Oikawa Yoshitsugu、Hayashi Hironori、Kodama Eiichi N.、et.al.
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 15 ページ: e0231064

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0231064

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Maternal Baseline Characteristics and Perinatal Outcomes: The Tohoku Medical Megabank Project Birth and Three-Generation Cohort Study2020

    • 著者名/発表者名
      Sugawara Junichi、Kodama Eiichi、e.al.
    • 雑誌名

      Journal of Epidemiology

      巻: 1 ページ: 1

    • DOI

      10.2188/jea.JE20200338

  • [雑誌論文] Implementation of evacuation measures during natural disasters under conditions of the novel coronavirus (COVID-19) pandemic based on a review of previous responses to complex disasters in Japan2020

    • 著者名/発表者名
      Sakamoto Masashi、Sasaki Daisuke、Ono Yuichi、Makino Yuko、Kodama Eiichi N.
    • 雑誌名

      Progress in Disaster Science

      巻: 8 ページ: 100127~100127

    • DOI

      10.1016/j.pdisas.2020.100127

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Matched Case-Case-Control Study of the Impact of Clinical Outcomes and Risk Factors of Patients with IMP-Type Carbapenemase-Producing Carbapenem-Resistant Enterobacteriaceae in Japan2020

    • 著者名/発表者名
      Saito Sho、Hayakawa Kayoko、Tsuzuki Shinya、Ishikane Masahiro、Nagashima Maki、Mezaki Kazuhisa、Sugiki Yuko、Tajima Taichi、Matsunaga Nobuaki、Ide Satoshi、Kinoshita Noriko、Kusama Yoshiki、Fujitomo Yumiko、Nakamoto Takato、Toda Yuta、Kaku Mitsuo、Kodama Eiichi N.、Ohmagari Norio
    • 雑誌名

      Antimicrobial Agents and Chemotherapy

      巻: 65 ページ: e01483-20

    • DOI

      10.1128/AAC.01483-20

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Downregulation of PDL1 via amide analogues of brefelamide: Alternatives to antibody?based cancer immunotherapy2020

    • 著者名/発表者名
      Zhang Jing、Yamada Osamu、Kida Shinya、Murase Shinya、Hattori Toshio、Oshima Yoshiteru、Kikuchi Haruhisa
    • 雑誌名

      Experimental and Therapeutic Medicine

      巻: 1 ページ: 3150-3158

    • DOI

      10.3892/etm.2020.8553

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Two New Terpenes Isolated from Dictyostelium Cellular Slime Molds2020

    • 著者名/発表者名
      Sasaki Hitomi、Kubohara Yuzuru、Ishigaki Hirotaka、Takahashi Katsunori、Eguchi Hiromi、Sugawara Akihiro、Oshima Yoshiteru、Kikuchi Haruhisa
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 25 ページ: 2895~2895

    • DOI

      10.3390/molecules25122895

  • [雑誌論文] Genome Mining-Based Discovery of Fungal Macrolides Modified by glycosylphosphatidylinositol (GPI)?Ethanolamine Phosphate Transferase Homologues2020

    • 著者名/発表者名
      Morishita Yohei、Aoki Yu、Ito Mei、Hagiwara Daisuke、Torimaru Kensho、Morita Daichi、Kuroda Teruo、Fukano Hanako、Hoshino Yoshihiko、Suzuki Masato、Taniguchi Tohru、Mori Keiji、Asai Teigo
    • 雑誌名

      Organic Letters

      巻: 22 ページ: 5876~5879

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.0c01975

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Single atom changes in newly synthesized HIV protease inhibitors reveal structural basis for extreme affinity, high genetic barrier, and adaptation to the HIV protease plasticity2020

    • 著者名/発表者名
      Bulut Haydar、Hattori Shin-ichiro、Aoki-Ogata Hiromi、Hayashi Hironori、Das Debananda、Aoki Manabu、Davis David A.、Rao Kalapala Venkateswara、Nyalapatla Prasanth R.、Ghosh Arun K.、Mitsuya Hiroaki
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 ページ: 10664 - 10675

    • DOI

      10.1038/s41598-020-65993-z

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] COVID-19のこれまでとこれから2021

    • 著者名/発表者名
      児玉栄一
    • 学会等名
      第35回宮城県臨床細胞学会
    • 招待講演
  • [学会発表] Pseudomonas 属細菌を栄養源として利用した細胞性粘菌由来二次代謝産物2021

    • 著者名/発表者名
      室谷拓冶,佐々木瞳,菅原章公,菊地晴久
    • 学会等名
      日本薬学会第141年会(広島)
  • [学会発表] 官能基化ヒドロシランを用いた非対称内部アルキンに対する β-E 選択的ヒドロシリル化反応2021

    • 著者名/発表者名
      惟村壮哉,菅原 章公,菊地 晴久
    • 学会等名
      日本薬学会第141年会(広島)
  • [学会発表] Chaetomium属菌のゲノム上にコードされた新規デプシペプチドの獲得2021

    • 著者名/発表者名
      本間悠人、森下陽平、塚田健人、浅井禎吾
    • 学会等名
      日本薬学会第141年会
  • [学会発表] ゲノムマイニングと麹菌異種発現系を用いたHymeglusinの生合成研究2021

    • 著者名/発表者名
      廣川瑞樹、森下陽平、塚田健人、浅井禎吾
    • 学会等名
      日本薬学会第141年会
  • [学会発表] Brefeldin A の構造に基づいたペプチドアルカロイドライブラリーの構築2020

    • 著者名/発表者名
      佐藤由希,西村壮央,志賀皓介,菅原章公,菊地晴久
    • 学会等名
      第59回日本薬学会東北支部大会

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公開日: 2021-12-27  

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