| 研究課題/領域番号 |
19H03862
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| 研究機関 | 大阪大学 |
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研究代表者 |
久保庭 雅恵 大阪大学, 歯学研究科, 准教授 (00303983)
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| 研究分担者 |
野崎 一徳 大阪大学, 歯学部附属病院, 准教授 (40379110)
竹内 洋輝 大阪大学, 歯学研究科, 助教 (40572186)
天野 敦雄 大阪大学, 歯学研究科, 教授 (50193024)
坂中 哲人 大阪大学, 歯学研究科, 助教 (90815557)
玉川 裕夫 大阪大学, 歯学研究科, 招へい教員 (50127255)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| キーワード | 動的ネットワークバイオマーカー / 歯周病菌 / メタボロミクス / トランスクリプトミクス / トランスオミクス解析 |
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| 研究実績の概要 |
動的ネットワークバイオマーカー探索の手法は、生物の表現型が変化する直前に活性が顕著に変動する代謝経路を探索する目的にも応用できる。現在、COVID-19の流行により、臨床研究に取り組むことができない状況にあるため、まず、研究対象をヒトから口腔細菌に置き換え、メタボローム解析の経時データを用いたプロトコールの検討に取り掛かることとした。
歯周病菌Porphyromonas gingivalisのバイオフイルム形成直前に大きく変動する代謝変動を探索することに当面の目的を変更し、これまでの当グループの研究により、バイオフイルム促進効果を有することが確認されているアグマチンを異なる濃度（０、１、５、１０mM）で添加した成分既知最小培地を用いて培養し、０、１、２、６、１２、２４、４８、７２時間の各時点で経時的にサンプリングを行い、メタボローム解析を実施した。また、同様の実験系のバイオフイルム形成前後の時点でRNAを精製し、RNA sequenceを実施した。
その結果、アグマチンは16sRNA遺伝子の発現を抑制すると同時に、RNA修飾により遺伝子発現を大きく変動させ、バイオフイルム形成へと表現型を大きく変動させることが明らかとなった。現在、これらの経時的メタボロームデータセットとトランスクリプトームデータセットを組み合わせ、動的ネットワークバイオマーカー探索に用いる手法を適用して、P. gingivalisがプランクトニックからバイオフイルムへと表現型を変化させる直前に大きく変動する代謝経路の同定を試みている。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
現在、COVID-19の流行により、臨床データを採取することができない状況にあるため、まず、研究対象生物をヒトから口腔細菌に置き換えた。
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| 今後の研究の推進方策 |
現在、COVID-19の流行により、臨床データを採取することができない状況にあるため、まず、研究対象をヒトから口腔細菌に置き換え、メタボロームおよびトランスクリプトームの経時データを用いた動的ネットワークマーカー探索のプロトコールの検討に取り掛かることとした。
細菌の表現型の変化（プランクトニックからバイオフイルムへの変化）の直前に大きく変動する代謝経路の探索に動的ネットワークバイオマーカー探索の手法を適用することで、ヒト臨床試験でのメタボロームデータセットが得られた際の解析の方法論を完了させておく予定である。
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