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2020 年度 実績報告書

複数のテンソルからの効率的なデータ構造推定

研究課題

研究課題/領域番号 19H04169
研究機関京都大学

研究代表者

馬見塚 拓  京都大学, 化学研究所, 教授 (00346107)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
キーワード機械学習
研究実績の概要

研究目的は、以下であった。すなわち、まず、現代社会のデータに急増している以下2つの点の組み合わせに着目した:1) テンソル(従来の行列のみならず高次元のテンソルが得られる)、2)複数データ(購買データのみならずSNS 等からユーザ間のリンク(隣接行列:「ユーザ×ユーザ」) 等が補助情報として得られ、モード(例えばユーザ) を共有する複数データ(行列) が得られる)。以上の2つの特徴を踏まえ、「モードを共有する複数テンソルの内在構造の効率的解析手法」構築を研究の目的とした。研究実施計画では、複数テンソルを表現(近似)可能な低ランクパラメータによるノルムを設計し、ノルムの効率的学習手法の構築及び学習誤差の解析から問題の包括・普遍的理解を目指した。一方、今年度の研究実績においては、より現実的なデータへの適用を考慮し、一般的なテンソルではなく制限のあるテンソルに関して、具体的な学習アルゴリズムを提案した。例えば、グラフの観点から、グラフのエッジ(ハイパーエッジ)が最大N個のノードを持つハイパーグラフは、N次元のテンソルとみなすことができる。従って、N次元のテンソル、すなわち、ハイパーエッジのノード数を最大Nとしたハイパーグラフの学習手法をハイパーグラフニューラルの枠組みで構築した。特に、N=3とした場合に、実データに対する適用から構築手法の性能が、特定の応用対象、すなわちバイオインフォマティクスでの非常に重要な問題である、複数薬物の副作用予測問題に対して、既存手法をはるかに凌駕する性能を挙げることが確認できた。これらの成果は、いくつかの論文としてまとめられ、特に、バイオインフォオマティクスのトップ国際会議であるISMB等に採択され、成果が世界のトップレヴェルにあることが実証できた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

研究実績の概要で述べたように、今年度までの研究では、テンソルの学習において、より現実的なデータへの適用を考慮し、一般的なテンソルではなく制限のあるテンソルに関する、実際的な学習アルゴリズムを提案した。具体的に、N次元のテンソルは、グラフの観点から、グラフのエッジ(ハイパーエッジ)が最大N個のノードを持つハイパーグラフとみなすことができるため、そのような条件(すなわち、ハイパーエッジのノード数を最大N)でのハイパーグラフの学習手法をハイパーグラフニューラルの枠組みで構築した。より具体的には、学習モデルはブロックモデルで、ブロックを構成するパラメータの値をハイパーグラフニューラルネットワークで学習する。実データに対する適用は、特に、N=3とした場合に、バイオインフォマティクスでの非常に重要な問題である、複数(2つの)薬物の副作用予測問題を考慮した。この問題において、2つの薬物と副作用が3つのノードの結合としてハイパーエッジとして表現される。ハイパーエッジのノード数を3に制限し(すなわち3次元のテンソル)、このようなブロックモデルのパラメータの学習から、実際の応用(薬物の副作用予測問題)において、既存手法をはるかに凌駕する性能を挙げることが確認できた。これらの成果は、いくつかの論文としてまとめられ、特に、バイオインフォオマティクスのトップ国際会議であるISMB等に採択され、成果が世界のトップレヴェルにあることが実証できた。

今後の研究の推進方策

本年度までの研究成果を踏まえ、今後の研究推進方法として、以下の2つが考慮される。1)テンソル学習の推進:今年度の学習ではテンソル(ハイパーグラフ)の具体的な学習手法の提案と実データへの応用を行った。特に、ハイパーグラフニューラルネットワークによる学習手法を構築し、その学習手法の性能を確認した。このような実データに即した高次元データ(テンソルやハイパーグラフ)の学習手法を提案し、実データ・実問題により、その性能を確認していく。この際に、1つのテンソルだけでなく、モードを共有する複数のテンソルに対しても、同様に高精度・高性能な機械学習手法を構築し、性能を実問題(及びデータ)で確認する。2)テンソル学習の解析:当初の研究目的により即した内容は、テンソルを表現(近似)可能な低ランクパラメータによるノルムを設計し、ノルムの効率的学習手法の構築及び学習誤差の解析等から問題の包括・普遍的理解を目指すことである。特に、モードを共有する複数のテンソルに対して、この研究を推進する。

  • 研究成果

    (23件)

すべて 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (20件) (うち国際共著 14件、 査読あり 19件、 オープンアクセス 5件)

  • [国際共同研究] Semmelweis University(ハンガリー)

    • 国名
      ハンガリー
    • 外国機関名
      Semmelweis University
  • [国際共同研究] Fudan University/XI'an Jiao Tong University(中国)

    • 国名
      中国
    • 外国機関名
      Fudan University/XI'an Jiao Tong University
  • [国際共同研究] Aalto University(フィンランド)

    • 国名
      フィンランド
    • 外国機関名
      Aalto University
  • [雑誌論文] Central-Smoothing Hypergraph Neural Networks for Predicting Drug?Drug Interactions2023

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Duc Anh、Nguyen Canh Hao、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1109/TNNLS.2023.3261860

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Sc2Mol: a scaffold-based two-step molecule generator with variational autoencoder and transformer2022

    • 著者名/発表者名
      Liao Zhirui、Xie Lei、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 39 ページ: -

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btac814

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] SPARSE: a sparse hypergraph neural network for learning multiple types of latent combinations to accurately predict drug?drug interactions2022

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Duc Anh、Nguyen Canh Hao、Petschner Peter、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 38 ページ: i333~i341

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btac250

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] DeepMHCII: a novel binding core-aware deep interaction model for accurate MHC-II peptide binding affinity prediction2022

    • 著者名/発表者名
      You Ronghui、Qu Wei、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 38 ページ: i220~i228

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btac225

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] DIVERSE: Bayesian Data IntegratiVE Learning for Precise Drug ResponSE Prediction2022

    • 著者名/発表者名
      Paltun Betul Guvenc、Kaski Samuel、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: 19 ページ: 2197~2207

    • DOI

      10.1109/TCBB.2021.3065535

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] HPODNets: deep graph convolutional networks for predicting human protein?phenotype associations2021

    • 著者名/発表者名
      Liu Lizhi、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 38 ページ: 799~808

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btab729

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Crop loss identification at field parcel scale using satellite remote sensing and machine learning2021

    • 著者名/発表者名
      Hiremath Santosh、Wittke Samantha、Palosuo Taru、Kaivosoja Jere、Tao Fulu、Proll Maximilian、Puttonen Eetu、Peltonen-Sainio Pirjo、Marttinen Pekka、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 16 ページ: e0251952

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0251952

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Machine Learning for Metabolic Identification2021

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Dai Hai、Nguyen Canh Hao、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      Creative Complex Systems

      巻: - ページ: 329~350

    • DOI

      10.1007/978-981-16-4457-3_20

  • [雑誌論文] Drug3D-DTI: Improved Drug-target Interaction Prediction by Incorporating Spatial Information of Small Molecules2021

    • 著者名/発表者名
      Liao Zhirui、Huang Xiaodi、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • 雑誌名

      Proceedings of the IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2021)

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1109/BIBM52615.2021.9669707

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Machine learning approaches for drug combination therapies2021

    • 著者名/発表者名
      G?ven??Paltun Bet?l、Kaski Samuel、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      Briefings in Bioinformatics

      巻: 22 ページ: -

    • DOI

      10.1093/bib/bbab293

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Learning subtree pattern importance for Weisfeiler-Lehman based graph kernels2021

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Dai Hai、Nguyen Canh Hao、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      Machine Learning

      巻: 110 ページ: 1585~1607

    • DOI

      10.1007/s10994-021-05991-y

    • 査読あり
  • [雑誌論文] DeepGraphGO: graph neural network for large-scale, multispecies protein function prediction2021

    • 著者名/発表者名
      You Ronghui、Yao Shuwei、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 37 ページ: i262~i271

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btab270

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] HPOFiller: identifying missing protein?phenotype associations by graph convolutional network2021

    • 著者名/発表者名
      Liu Lizhi、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 37 ページ: 3328~3336

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btab224

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] XGSEA: CROSS-species gene set enrichment analysis via domain adaptation2021

    • 著者名/発表者名
      Cai Menglan、Hao Nguyen Canh、Mamitsuka Hiroshi、Li Limin
    • 雑誌名

      Briefings in Bioinformatics

      巻: 22 ページ: -

    • DOI

      10.1093/bib/bbaa406

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Improving drug response prediction by integrating multiple data sources: matrix factorization, kernel and network-based approaches2021

    • 著者名/発表者名
      G?ven? Paltun Bet?l、Mamitsuka Hiroshi、Kaski Samuel
    • 雑誌名

      Briefings in Bioinformatics

      巻: 22 ページ: 346~359

    • DOI

      10.1093/bib/bbz153

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A survey on adverse drug reaction studies: data, tasks and machine learning methods2021

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Duc Anh、Nguyen Canh Hao、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      Briefings in Bioinformatics

      巻: 22 ページ: 164~177

    • DOI

      10.1093/bib/bbz140

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Eukaryotic virus composition can predict the efficiency of carbon export in the global ocean2021

    • 著者名/発表者名
      Kaneko Hiroto、Blanc-Mathieu Romain、Endo Hisashi、Chaffron Samuel、Delmont Tom O.、Gaia Morgan、Henry Nicolas、Hern?ndez-Vel?zquez Rodrigo、Nguyen Canh Hao、Mamitsuka Hiroshi、Forterre Patrick、Jaillon Olivier、de Vargas Colomban、Sullivan Matthew B.、Suttle Curtis A.、Guidi Lionel、Ogata Hiroyuki
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 24 ページ: 102002~102002

    • DOI

      10.1016/j.isci.2020.102002

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Reshaped tensor nuclear norms for higher order tensor completion2021

    • 著者名/発表者名
      Wimalawarne Kishan、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      Machine Learning

      巻: 110 ページ: 507~531

    • DOI

      10.1007/s10994-020-05927-y

    • 査読あり
  • [雑誌論文] BERTMeSH: deep contextual representation learning for large-scale high-performance MeSH indexing with full text2020

    • 著者名/発表者名
      You Ronghui、Liu Yuxuan、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 37 ページ: 684~692

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btaa837

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Learning on Hypergraphs with Sparsity2020

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Hao Canh、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1109/TPAMI.2020.2974746

    • 査読あり

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公開日: 2023-12-25  

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