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2021 年度 実績報告書

制御信号系列によって多機能性を実現する分子計算システムの理論とその設計基盤の構築

研究課題

研究課題/領域番号 19H04204
研究機関電気通信大学

研究代表者

小林 聡  電気通信大学, 大学院情報理工学研究科, 教授 (50251707)

研究分担者 小宮 健  国立研究開発法人海洋研究開発機構, 超先鋭研究開発部門(超先鋭研究プログラム), 研究員 (20396790)
藤本 健造  北陸先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授 (90293894)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
キーワード分子ロボティクス / 分子計算 / DNAコンピュータ
研究実績の概要

2020年度までに,生成モデルのタイプと関数計算モデルのタイプの2つの計算モデルを理論研究者と実験研究者の協調により構築し,計算モデルの理論的な解析を遂行すると同時に,計算モデルを実装するための実験系の検討とデバイスの開発・確認実験を実施してきた。
生成モデルに関しては,DNAナノ構造を生成するシステムの計算モデルとして,未知の振る舞いを持つ右線形文法を外部制御信号系列によって制御する問題の計算論的な解析を行ってきた.2021 年度は,この成果をより洗練すると同時に,消去型の場合のみの限定された成果ではあるが,生成能力を特徴づけるための重要な理論的進展を得た.関数計算モデルに関しては,Reaction System を2つの外部信号によって単調に制御して任意のブール関数を選択して計算が行える計算モデルを提案してきた.2021 年度は,1つの信号で制御する場合の計算能力を解析し,2つの信号によって制御する場合より真に計算能力が劣ることを示した.また,Reaction System に未知の振る舞いの概念を導入し,その制御問題の理論を構築した.
実験面では,理論解析の結果に基づいて設計した DNA デバイスについて,実験データの集積を行った.光応答性デバイスについては,ノイズのない精密なDNA鎖交換反応に向けて新規光応答性素子メチルピラノカルバゾール(MEPK)の合成に成功した。MEPKを挿入した光応答性DNAが相補鎖内のチミンに対して特異的に光架橋するという特性を持つことを見出した。より精密な反応操作が可能となったと考えられる.温度依存型のデバイスについては,DNA計算モデルを実装する際の実験条件を検証するため,これまでの理論を反映したシミュレーション解析を行った結果,生化学実験としては高温であるが従来の研究よりは 15℃程度低温での計算が可能であることが示唆された.

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (14件)

すべて 2022 2021

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (10件) (うち国際学会 2件、 招待講演 4件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Monotone Control of R Systems2022

    • 著者名/発表者名
      Ryutaro Yako, Daihei Ise, Ken Komiya, Kenzo Fujimoto, Satoshi Kobayashi
    • 雑誌名

      New Generation Computing

      巻: - ページ: -

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular programming2022

    • 著者名/発表者名
      Ken Komiya
    • 雑誌名

      Encyclopedia of Robotics

      巻: - ページ: -

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Photocrosslinking of DNA using 4-methylpyranocarbazole nucleoside with thymine base selectivity2021

    • 著者名/発表者名
      Jun-Ichi Mihara, Kenzo Fujimoto
    • 雑誌名

      Organic & biomolecular chemistry

      巻: 19 ページ: 9860 - 9866

    • DOI

      10.1039/d1ob01621k

    • 査読あり
  • [学会発表] 分子サイバネティクスのための上流からのRRI実践のこころみ2022

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      発動分子科学 × 分子サイバネティクス共催ワークショップ
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子ロボット技術の将来像を共創する対話と研究者の自治2022

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      分子ロボット倫理キックオフ研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] On Monotone Control of Right Linear Grammars with Unknown Behaviors2021

    • 著者名/発表者名
      Daihei Ise, Shigetaka, Nakamura, Ken Komiya, Kenzo Fujimoto, Satoshi Kobayashi
    • 学会等名
      International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
    • 国際学会
  • [学会発表] DNA Sequence Search for Temperature Dependent DNA Devices2021

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Suzuki, Ken Komiya, Satoshi Kobayashi
    • 学会等名
      International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
    • 国際学会
  • [学会発表] DNA 光架橋反応を用いたDNA 鎖置換反応の光制御2021

    • 著者名/発表者名
      平井佑宜, 橋本浩寿, 中村重孝, 小林聡, 藤本健造
    • 学会等名
      2021年度北陸地区講演会と研究発表会
  • [学会発表] Investigation of the optimal arrangement of state sequences for efficient operation of a DNA state machine2021

    • 著者名/発表者名
      Ken Komiya, Satoshi Kobayashi, Masayuki Yamamura, John A. Rose
    • 学会等名
      CBI学会2021年大会
  • [学会発表] DNAが切り拓くものつくりについて2021

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      近畿青年技術士懇談会 2021年7月度例会
    • 招待講演
  • [学会発表] Reduction of the length of state sequences for efficient operation of a DNA state machine under low temperature conditions2021

    • 著者名/発表者名
      Ken Komiya
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] 「細胞を創る」を社会に接続する素朴な対話2021

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会14.0
  • [学会発表] 分子ロボット技術の継続的なRRI実践モデルの構築2021

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      第5回分子ロボティクス年次大会
    • 招待講演
  • [図書] 分子ロボットをめぐる対話要点集2022

    • 著者名/発表者名
      小長谷 明彦,小宮 健,河原 直人,河村 賢,標葉 隆馬,瀧ノ上 正浩 ,武田 浩平,森下 翔,山村 雅幸,吉田 省子
    • 総ページ数
      108
    • 出版者
      CBI 学会出版
    • ISBN
      978-4-910628-01-1

URL: 

公開日: 2022-12-28  

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